在徹底平定江南之後，大明朝的版圖之上，舊有的秩序已被肅清，崇禎皇帝朱由檢開始著手進行一場自國朝建立以來，最為深刻、也最為徹底的軍事改革。這場改革，旨在完全摒棄早已腐朽不堪的衛所制度，建立一套全新的、足以支撐帝國未來百年征伐的強大武裝力量。
這套全新的體系，如同一座高聳入雲的金字塔，其塔尖，亦是整個結構的基石，便是那些完全效忠于皇帝本人、由他親自締造和掌控的中央嫡系武裝。
在這支力量的最頂端，是嫡系中的嫡系——【神武軍】。
神武軍是皇帝的宿衛親軍，總編制員現額為四萬人系統給的，未來根據系統會擴編沒有上限）。其兵員的選拔、訓練、乃至裝備的制式，都與大明任何一支傳統軍隊截然不同，其戰力之強，遠超當世人的想象。神武軍下轄三營︰
龍驤營︰神武軍的騎兵部隊，由一代騎將曹變蛟擔任統帥。這支騎兵，裝備著最精良的甲冑與戰馬，是皇帝手中最鋒利的突擊長矛。
射聲營︰神武軍的射手部隊，其主將之位，皇帝計劃在未來，授予戰功卓著的左良玉左良玉善射，可以持雙弓左右開工射擊，百發百中）。這支部隊，裝備著特制的強弓硬弩，是帝國進行遠程壓制與精準打擊的核心。
虎賁營︰神武軍的步兵部隊，其主將之位，則為勞苦功高的孫傳庭所預留。待其功勛與資歷足夠，便可執掌這支戰無不勝的重裝步兵軍團。
在神武軍之外，皇帝還組建了三支規模更為龐大的嫡系野戰軍團，他們是帝國發動大規模戰役的主力。
【天雄軍】︰由盧象升統帥，編制五萬戰兵。天雄軍以紀律嚴明、作戰頑強著稱。為了進一步強化其戰力，皇帝特別為其增配了一支千人規模的精銳“標營”，這支親衛部隊的裝備與戰法，與神武軍同源，是天雄軍戰陣中的核心與刀尖。
【忠貞營】︰由李自成統帥，員額五萬人。這是皇帝“不拘一格用人才”的最大膽的嘗試，用以收編和改造那些在亂世中被證明了戰斗力的精銳流寇。同樣，皇帝也為其配備了一支千人的精銳騎兵“標營”，既是尖刀，也是監軍。
【淮右軍】︰由皇帝的心腹大將梅錚統領，編制五萬人。作為皇帝老家的軍隊，這支軍隊忠誠度最高，在未來，也將獲得一支千人規模的精銳“標營”作為賞賜。
最後，在這支核心武裝的規劃中，還有一個最為特殊的編制——【羽林衛】。
這支部隊的兵員，全部是皇帝在歷次戰亂中，收養的戰爭孤兒。他們自幼便被集中撫養，接受最嚴格的訓練和思想教育。羽林衛尚在培育階段，預計至少還需要五年時間，方能成軍。他們的使命，並非守衛大明，而是為帝國未來的全球征服計劃，儲備的一支最具潛力的遠征力量。
在規劃完這些直屬于皇權的“利劍”之後，皇帝的目光，投向了更廣闊的領域。他需要一種力量，來將帝國上層階級的野心，從內部引向外部。
于是，【儒林衛】便應運而生。
儒林衛不屬于國家常備軍序列，其數量不做任何限制。它是一種“國家授權的私人武裝開拓集團”。天下所有具備財力、且懷有野心的士紳、將領子弟，都可以向朝廷申請，組建自己的儒林衛，自籌糧餉，自募兵員。他們的任務，便是響應皇帝的“出海敕令”，前往海外開拓未知之地。對于其中最成功者，皇帝將冊封其為海外的“實封諸侯”，以世襲罔替的王國作為最終獎勵。
處理完中央與開拓軍團，接下來便是對舊有軍事體系的徹底改造。
舊有的“衛所”被廢除，改立新的地方守備機構——【武安司】。原衛所軍戶中，老弱病殘被剝離軍籍，分發田地，變為自耕農；精壯者則被保留下來，組成“武安司軍”。他們的職責，被限定于維持地方治安、剿匪、守城，一般情況下不用參與任何大規模野戰。
而漫長的九邊防線，原有的“邊軍”，則被統一改編為【九邊鎮戍軍】。他們的任務，不再是主動出擊，而是依托長城和堡壘，進行純粹的戰略防御，成為帝國疆域最穩固的盾牌。
最後，為了保證這套龐大軍事體系的人才供給，皇帝為功勛將領的子弟們，規劃了兩條清晰的職業道路︰
願意為國效力者，可憑借父輩功勛，考入新設立的【皇家講武堂】，接受正規軍事教育，畢業後派往各大嫡系軍團，從基層軍官做起，憑戰功晉升，此為【入仕之途】。
而更具冒險精神、家底豐厚者，則可說服家族，組建一支自己的【儒林衛】，去海外，為自己和家族，搏一個裂土封侯的未來，此為【封侯之路】。
通過這套全新的軍事體系，朱由檢將整個大明的武裝力量，都納入了自己設計的軌道之中。一支層次分明、目的明確、賞罰清晰的強大戰爭機器，已然成型，正等待著他的一聲令下，向整個世界，發起征服。