喬應甲案如同投入死水潭的巨石，漣漪持續擴散，攪動了整個大明朝堂的格局。然而，身處風暴中心的朱由檢卻並未沉浸在初戰告捷的喜悅中，他深知，這僅僅是撕開了一道口子，真正的考驗還在後面。他必須利用這短暫的震懾效應，盡快布局，穩固自己的權力基礎，並應對迫在眉睫的外部危機。
罷黜馮銓後，戶部尚書之位空缺，成為各方勢力角逐的焦點。東林黨人自然希望推舉自己人上位，以便掌控錢袋，推行主張。閹黨雖遭打擊，但百足之蟲死而不僵，魏忠賢絕不會輕易放棄對這一要害部門的控制。連日來，各方推薦的名單、試探的奏疏，絡繹不絕地送到御前。
朱由檢對此心知肚明。他既不能完全倒向東林，讓黨爭失控，也不能讓閹黨繼續把持戶部，使整頓財政淪為空談。他需要的是一個相對中立，或至少能被他掌控，並且具備一定理財能力的人。
他在記憶中搜尋，也在暗中觀察。最終，他的目光停留在了一個有些出乎意料的名字上——畢自嚴。
畢自嚴並非東林核心，也與閹黨關聯不深，此人以精明干練、熟悉財政事務著稱，歷任戶部主事、郎中，曾在地方督餉，對漕運、鹽政皆有涉獵，是明末少有的財政專家。天啟朝時，他因不附閹黨而被排擠，調任南京閑職。用他，既能打破閹黨對戶部的壟斷，又不會過分刺激東林黨，更重要的是，此人專業能力過硬，或能真正為拮據的國庫想些辦法。
“擬旨，”朱由檢對侍立一旁的王承恩吩咐道，“起復畢自嚴，授戶部尚書，加太子少保餃，令其即刻赴京任職。”
王承恩心中微訝，但不敢多問，連忙應下起草詔書。這道任命，無疑又是一記巧妙的平衡手。
與此同時，朱由檢並未忘記對魏忠賢的“安撫”與“利用”。在畢自嚴的任命詔書下發的同時，另一道密旨也送到了司禮監值房。
旨意中，朱由檢對魏忠賢“主動”呈報喬應甲罪證（盡管皇帝用了其他渠道的證據）的行為表示了“嘉許”，並重申了對他“繼續為朕監察朝野”的信任。但緊接著，話鋒一轉，提到了另一件迫在眉睫的大事。
“……然，國事蜩螗，非止于內。近接遼東督師袁崇煥急報，建虜今冬雖無大舉，然小股斥候頻繁越邊窺探，其心叵測。陝西流寇之勢亦未平息，竄入山西者，有與當地土寇合流之象。朕心甚憂。廠衛耳目靈通，于邊鎮軍情、流寇動向，尤需加意偵探，旦夕奏報，不得有誤。若有玩忽懈怠，或隱瞞不報者，朕唯爾是問！”
這道旨意，既給了魏忠賢一顆定心丸，承認其“監察”之權，又將更繁重、更敏感的任務壓給了他——監控邊鎮和流寇。這既是利用廠衛體系獲取真實情報，也是一種無形的鞭策和警告︰若在這些關乎國本的大事上出了紕漏，皇帝絕不會輕饒。
魏忠賢接到密旨，心情復雜。皇帝的信任有限且附帶條件，但他眼下別無選擇，只能更加賣力地經營廠衛，確保邊情寇蹤能及時準確地報給皇帝，以證明自己的價值。
在處理朝堂人事和駕馭權閹的同時，朱由檢也開始了他的“育才”計劃。孫傳庭被外放為山西按察使司僉事，分巡冀寧道。這是一個位于對抗流寇前線的職位，品級不高，但擁有一定的兵備之權，足以讓孫傳庭施展拳腳，積累經驗。這道任命混雜在大量日常人事調動中，並未引起太多注意。
此外，朱由檢以籌備經筵、咨詢典章為名，陸續召見了翰林院中一些名聲不顯，但在他看來頗有潛力的年輕官員，如後來在南京殉國的倪元璐、吳甘來等人。他與他們討論經史，間或問及對時局的看法，不動聲色地考察著他們的才具與心性，在心中默默構建著未來可能倚重的班底名單。
這些舉措，如同春雨，潤物細無聲。朱由檢就像一個耐心的園丁，在布滿荊棘的土壤里，小心翼翼地播下希望的種子。他深知，這些種子需要時間才能發芽、成長，而他，必須為它們爭取到足夠的時間。