當NERV的訓練基地因為內部競爭而變得熱火朝天時，一場看不見的瘟疫，正在東京這座都市的腳下，悄然蔓延。
小野田博士投下的那管“菌巢之心”，在陰暗潮濕的下水道系統中找到了最完美的溫床。
經過一段時間的發酵，淡黃色的菌絲網絡已經徹底佔據了包括東京、京都在內的數個核心版塊的地下水道系統。
它如同一張巨大的神經網絡，將城市的地下動脈徹底包裹、侵佔，悄無聲息地汲取著養分，積蓄著力量。
最初，生活在這座城市里的人們，只是從一些生活細節中，發現了一絲奇怪。
“奇怪，最近家里的下水道怎麼老是堵？”一位家庭主婦在廚房里，一邊用疏通劑費力地處理著水槽，一邊向丈夫抱怨，“通過一次，沒兩天又堵上了，水流下去的速度越來越慢。”
“是嗎？我們公司廁所也是，物業都來修了好幾次了，說是管道里長了些奇怪的滑膩膩的東西，怎麼也清理不干淨。”她的丈夫看著報紙，隨口應和道。
地鐵站內，一名清潔工正費力地擦拭著站台邊緣的地面。“真是見鬼了，這幾天地面怎麼這麼潮，拖了一遍又一遍，總感覺黏糊糊的，空氣里還有股……說不出來的土腥味。”他對著同事抱怨道。
市政廳的電話都快被打爆了，一名工作人員看著屏幕上急劇上升的報修工單，焦頭爛額︰“整個東京的排水系統流速下降了近40%！派出去的檢修隊也查不出原因，管道里什麼都沒有，就是水流得慢！”
社交媒體上，也開始出現一些零星的帖子。
“【求助】有沒有人知道，為什麼我家貓最近老是沖著廁所的地漏哈氣？跟見了鬼一樣！”
“樓上+1，我家的狗也是，半夜老是沖著牆角狂叫，以前從來沒有過。”
“你們有沒有覺得，最近街上流浪貓狗的數量好像少了很多？”
這些零散的、看似毫無關聯的異常現象，並沒有引起人們足夠的警惕。
對于一個擁有數千萬人口的超級都市而言，這些都只是再平常不過的“城市病”。
直到半個月後的一天，這份被忽略的異常，終于以一種最直觀的方式，呈現在了所有人的面前。
傍晚，東京的一棟高級公寓樓內。
一名年輕的白領結束了一天的工作，正準備洗個熱水澡。
當他走進浴室，打開花灑的瞬間，噴涌而出的，並非清澈的熱水，而是一股混雜著黃色粘液的、散發著濃烈甜腥味的渾濁液體！
“什麼東西？！”他被這突如其來的一幕嚇得連連後退。
而更恐怖的事情發生了。
從花灑的噴頭里，從洗手池的下水口，甚至是從馬桶里，一團團拳頭大小、表面覆蓋著粘液的菌絲球，開始向外涌出。
這些菌絲球在接觸到空氣後，便迅速膨脹、變形，長出了畸形的四肢，頂部則裂開，形成一張布滿了細密利齒的口器。
一只只體型如同小型犬、形態酷似變異蘑菇的“孢子獸”，就這樣，從城市的每一個角落鑽了出來！
“啊——！！！”
淒厲的慘叫聲，劃破了公寓樓的寧靜。
緊接著，相似的場景，在各個角落同步上演。
街邊的井蓋被一股力量頂開，成群結隊的孢子獸從中蜂擁而出，攻擊著路邊的行人與車輛。
商場的消防噴淋系統突然啟動，噴出的卻不是水，而是無數細小的孢子，讓整個商場的人都開始劇烈地咳嗽、皮膚紅腫。
一場突如其來的生化危機，就這樣，在霓虹最繁華的地方，徹底爆發了。
“嘀嘀嘀——！最高級別生物災害警報！”
TPC遠東總部，指揮室內的紅色警報燈瘋狂閃爍。
巨大的主屏幕上，被分割成了數十個畫面，每一個畫面里，都是A03區那如同人間煉獄般的慘狀。
“這……這是什麼東西？！”吉岡參謀看著屏幕上那些體型不大、但數量多到令人頭皮發麻的孢子獸，臉色鐵青。
“中心商業街，確認出現大量未知小型怪獸！”
“第五大道公寓樓，求救信號密集，報告稱怪獸從下水道涌出！”
“銀座地鐵站，出口被不明菌絲體堵塞，大量民眾被困！”
“通訊網絡大面積癱瘓！求救電話數量在五分鐘內突破三萬起！”
一道道緊急報告，如同雪花般涌入指揮中心。
“所有作戰人員！全員緊急出動！”居間惠隊長當機立斷，她看著屏幕上那些體型不大，卻數量驚人的“蘑菇怪”，立刻下達了最精準的指令，“全員換裝陸戰裝備，進行地面清剿！以兩人為一組，進入災區，優先疏散民眾，建立安全區，然後逐步清除目標！”
“明白！”
在包括勝利隊在內的所有作戰人員出動後，居間惠立刻向澤井總監匯報了現場情況和初步應對方案，並提議道︰“總監，這種生物災害的模式前所未見，我建議，將相關情報同步給NERV，他們的生物分析能力或許能更快找到這些怪物的弱點。”
“可以。”澤井總監沉聲同意，“讓野瑞處理。”
NERV，中央教條區。
甦啟看著個人終端上彈出的來自TPC的緊急情報共享，眉頭微微皺起。
屏幕上，是關于“孢子獸”的詳細數據和實時影像。
那如同變異蘑菇般的丑陋外形，那神出鬼沒的滲透方式，以及那被擊殺後會散播孢子的特性……這一切，都與他記憶中的任何一個迪迦怪獸對不上號。
但他並未感到奇怪。
穿越到這個世界這麼久，他早已明白，這里不是一個圍繞著主角和固定劇情運轉的舞台，而是一個無比真實的、充滿了無數未知與變量的現實世界。
你難道還能指望一部只有幾十集，面向少兒的特攝片，就把一個真實世界的所有危機和事件都講完嗎？
那才是真正的天方夜譚。
出現一些原作中沒有的的怪獸或危機，是再正常不過的事情。
他立刻調動NERV的生物分析小組，對TPC傳來的數據進行深度解析，試圖找出這些“孢子獸”的弱點。
而與此同時，總司令辦公室里，正木敬吾也收到了同樣的消息。
他看著屏幕上那片由自己親手點燃的混亂，臉上露出了一個滿意的笑容。一切，都和他預料的一模一樣。
他關閉了與藤野的秘密通訊，整理了一下制服，然後快步走出了辦公室，來到了NERV的作戰指揮中心。
“啟動一級戰備狀態！”正木敬吾的聲音沉穩而有力，“通知所有待命的特戰小隊，以及所有預備駕駛員候選人，立刻到中央機庫集合！”
“總司令？”一名作戰參謀不解地問道，“TPC已經出動了，而且……這次的敵人似乎並不需要EVA出場。”
“蠢貨！”正木敬吾厲聲呵斥道，“現在不是計較誰來解決問題的時候！我們正遭受前所未有的生化襲擊，數百萬市民的生命危在旦夕！我們NERV作為地球的守護者，難道要坐在這里袖手旁觀嗎？！”
他環視著指揮中心內所有的人，用一種充滿了正義感和使命感的語氣說道︰“我們的職責，是保護人類！現在，人類需要我們！立刻動員所有可調動的地面力量，準備前往災區，進行支援和救援工作！這是命令！”
“是！”
整個指揮中心，被他這番話瞬間點燃了。
所有人都被總司令那份“以人類安危為己任”的崇高姿態所感染，立刻以最高的效率行動起來。
甦啟通過內部監控，看到了正木敬吾這番“慷慨陳詞”的表演，眼中閃過一絲深深的，無法言喻的古怪。
他太了解正木敬吾了。這個男人，是一個極致的利己主義者和野心家，他的字典里，從來沒有“無私”、“奉獻”這些詞語。
可現在，他卻表現得如此……正常。
正常到近乎反常。
他像一個真正的、合格的、心懷大義的指揮官，在第一時間做出了最正確、最符合人道主義精神的決定。
甦啟的眉頭，緊緊地皺了起來，他隱約感覺到，這場看似偶然的“城市瘟疫”，背後似乎隱藏著某種他尚未看透的，更深層次的目的。