萬生星海的光芒持續閃耀千年後，宇宙的時間法則突然出現裂縫。無界醫盟的時空監測網顯示，多個星系出現“時間逆流”現象——古老的恐龍在科技都市中咆哮，蒸汽朋克飛船與量子戰艦在空中對峙，不同時代的文明在同一時空踫撞。更詭異的是，所有時間紊亂區域的中心，都指向宇宙邊緣一片被稱為“溯時之墟”的神秘地帶。
秦溯在醫道傳承院察覺到異常時，老槐樹的根系突然破土而出，纏繞成一個巨大的沙漏形狀。沙漏中流淌的不是沙子，而是泛著微光的記憶碎片，每一片都映照著宇宙歷史上最關鍵的抉擇時刻。神農虛影再次顯現，手中握著一支由星光編織的筆︰“時間的輪回從未真正停止，當遺忘侵蝕記憶的基石，歷史將重復它的軌跡。”
與此同時，秦曦的實驗室被時間亂流侵襲。正在研究的量子計算機突然自行運轉，屏幕上跳出一串來自遠古文明的警告代碼︰“溯時者已醒，萬物將歸初始。”分析結果顯示，這些代碼與繭中紀元、歸墟引擎等歷次危機存在著深層的量子糾纏，仿佛所有災難本就是同一事件的不同切面。
當探索小隊抵達溯時之墟，眼前的景象顛覆了所有認知。這里懸浮著數以萬計的“時間繭”，每個繭都包裹著一段被封印的歷史——既有文明的輝煌時刻，也有毀滅的慘烈瞬間。繭殼表面流轉著詭異的金色紋路，與秦溯手中青銅羅盤的符文產生共鳴。突然，繭群中央的巨型繭轟然裂開，走出一個身著古樸長袍，卻散發著未來科技氣息的身影——他自稱“溯時者”，是時間長河的守護者，卻因目睹太多文明的興衰，決心重啟宇宙時鐘。
“秦逸、林婉，還有你們這些繼承者，”溯時者的聲音帶著歲月的滄桑，“你們以為一次次拯救就能改變命運？每一次危機的平息，不過是為下一次災難埋下種子。唯有讓時間倒流，讓一切回歸原點，才能打破這永無止境的輪回。”他揮動手中的“溯時之杖”，時間繭紛紛破裂，釋放出被封印的歷史人物與戰爭機器。
自由殘缺派與火種重啟派的聯軍在時間亂流中節節敗退。他們面對的不僅是強大的敵人，更是來自過去的自己——某個戰士不得不與年輕時被欲望支配的自己戰斗，而科學家則要對抗曾經因傲慢創造出的毀滅武器。秦溯發現，普通攻擊只會加速時間紊亂，唯有承載著特定歷史記憶的物品，才能對溯時者的造物造成傷害。
在混亂中，秦溯意外進入了一段特殊的時間繭，里面封存著秦逸與林婉在熵淵之戰的記憶。透過他們的視角，他看到初代神農與織夢者在創造繭中紀元時，曾設下一個“終局之鑰”——當時間輪回達到臨界點，唯有讓所有文明的記憶產生共鳴，才能解開時間枷鎖。秦溯立刻聯系秦曦，在全宇宙發起“記憶共鳴計劃”。
各個星系的生命體紛紛響應，他們將自己文明最珍貴的記憶片段上傳至量子網絡︰原始部落圍著火堆講述的創世傳說，星際文明跨越光年的愛情信物，甚至是孩童第一次學會走路的瞬間。這些記憶匯聚成璀璨的“記憶長河”，注入秦溯手中的青銅羅盤。
最終決戰在時間的源頭展開。秦溯高舉燃燒著記憶力量的羅盤，與溯時者展開時空博弈。在記憶長河的光芒中，溯時者看到了無數被他忽視的畫面︰即使在最黑暗的時刻，生命依然會相互扶持；每一次危機過後，文明都會綻放出更堅韌的光芒。“原來...時間的意義不在于重復，而在于生命在輪回中不斷超越自我...”溯時者的身影開始消散，他將溯時之杖化作修復時間裂縫的能量。
危機過後，溯時之墟化作“時光燈塔”，每一層塔身都記錄著一個文明的成長史。秦溯在青山村的石碑上新增銘文︰“輪回非囚籠，記憶即曙光。”宇宙中的生命體們終于明白，歷史的輪回並非詛咒，而是生命不斷學習、進化的階梯。而在時光的盡頭，秦逸與林婉的星光始終閃耀，見證著萬物在輪回中永恆生長。
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