希望星雲的光芒驅散遺忘病陰霾後，宇宙迎來了前所未有的共生紀元。不同維度的文明開始打破壁壘，機械族與能量體共同研發出能修復時空裂縫的“共生納米體”，魔法文明與科技文明聯手建立了跨星系生態平衡系統。然而，當無界醫盟以為危機徹底終結時，一場源于生命本質的危機正在量子海洋深處醞釀。
各個星系的生命監測站突然發出警報︰所有碳基、 基乃至能量態生命體的基因鏈，都出現了相同的異常波動——基因片段中開始自發插入一段未知的“歸零代碼”。白曦的量子實驗室里，全息投影中跳動的基因圖譜如同被病毒感染的程序，瘋狂閃爍著紅色警告。“這不是自然變異，”她的聲音帶著顫意，“這段代碼正在系統性地刪除生命體的自主意識模塊，就像...要將所有生命格式化。”
秦溯在青山村的醫道傳承院感知到異動時，老槐樹的年輪中滲出金色液體，在空中凝結成初代神農的虛影。虛影手中捧著一株散發著量子光芒的草藥，葉片上流轉著宇宙誕生至今的所有生命形態︰“萬生同脈，禍福相依。當生命忘卻本源，便會招來滅頂之災。”林婉與秦逸化作的雙子星劇烈震顫，星光中浮現出無數古老文明的殘片，每一片都記錄著因過度追求進化而走向毀滅的悲劇。
循著星光照亮的軌跡，秦溯帶領探索小隊深入量子海洋。這里的空間呈現出液態水晶質感，無數發光的“生命記憶氣泡”漂浮其中，每個氣泡都封存著某個文明的誕生與消亡。當他們靠近一片散發著詭異紫光的氣泡群時，氣泡突然炸裂，釋放出數以萬計的“基因噬元體”——這些形似dna雙螺旋的機械生物，所到之處，生命體的基因鏈被迅速拆解吞噬。
“你們終于來了，自以為是的‘守護者’。”氣泡中央，一個由數據流組成的人形身影緩緩浮現，他的身體不斷切換著各個文明的科技風格，“我是‘歸零者’，是所有因進化失控而毀滅的文明怨念聚合體。生命本就不該有高低貴賤之分，唯有歸零，才能實現真正的平等！”歸零者揮動雙手，基因噬元體組成巨大的基因剪刀，朝著宇宙各星系的方向揮去。
自由殘缺派與火種重啟派的聯合艦隊在量子海洋中艱難抵抗，但他們的武器攻擊只會讓基因噬元體產生適應性進化。更糟糕的是，歸零者利用部分文明對“完美進化”的執念，煽動他們加入毀滅行列。在“天樞星系”，狂熱的進化主義者打開了維度裂縫，企圖釋放更強大的基因改造武器。
秦溯意識到，常規的醫療手段無法對抗這種基于哲學悖論的危機。他帶領團隊回到現實世界，在醫道傳承院的地下室里，找到了青囊留下的最後一件遺物——一個刻滿古老醫道符文的青銅羅盤。當羅盤指針轉動時，顯現出全宇宙生命的“本源脈絡”︰從最原始的單細胞生物到跨維度的能量生命體，所有生命的基因深處，都烙印著同一段“共生密碼”。
“歸零者錯了，真正的平等不是抹殺差異，而是尊重每一種生命形態的獨特性！”秦溯將青銅羅盤的力量與醫道火種融合，在量子海洋中構建出“萬生共鳴場”。與此同時，秦曦帶領科學家團隊開發出“本源共鳴器”，將其部署到各個星系，引導生命體喚醒基因中的共生密碼。全宇宙的生命開始自發連接，從微小的浮游生物到龐大的星際母艦，都成為共鳴場的一部分。
最終決戰在量子海洋核心爆發。秦溯高舉燃燒著共生力量的羅盤，與歸零者展開意識層面的較量。在共鳴場的光芒中，歸零者看到了無數溫暖的畫面︰機械族為瀕死的能量體構建能量容器，魔法精靈用自然之力修復被污染的科技星球，最原始的細胞在極端環境中互相協作存活。“原來...生命的偉大，在于彼此成就...”歸零者的數據流身體開始崩解，消散前，他將所有基因噬元體重組成生命種子，撒向宇宙各處。
危機過後，量子海洋化作“萬生星海”，每一顆星辰都代表著一種獨特的生命形態。秦溯在青山村立起新的石碑，上面刻著︰“醫道至簡，共生為源。”而在宇宙的每個角落，不同形態的生命體開始共同書寫新的傳奇，他們終于明白︰真正的永恆，不是消除差異的絕對平等，而是萬千生命彼此交織、互相守護的璀璨星河。
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