混沌子核崩解後的宇宙，在文明樹的庇護下艱難復甦。然而，暗紫色的能量余燼如同蟄伏的星火，在宇宙的裂縫中悄然復燃。在以「記憶鏡像」為文明核心的「溯影宇宙」，儲存集體記憶的「鏡像回廊」突然滲出暗紫色黏液，所有的歷史影像開始扭曲。英雄的功績被篡改成陰謀，和平的年代被替換成永無休止的戰爭，居民們的自我認知在虛假記憶的沖擊下瀕臨崩潰。
「元素循環宇宙」則遭遇了生態鏈的徹底斷裂。維系宇宙運轉的「元素輪盤」被暗紫色物質侵蝕，地、水、火、風四大元素失去平衡。火山噴發的熔岩不再冷卻凝固，而是化作吞噬一切的流動火焰；海洋掀起的巨浪不再退去，而是在空中懸停形成壓迫眾生的水幕。元素精靈們陷入瘋狂，彼此攻擊，整個宇宙的生態瀕臨毀滅。
文明樹網絡的監測系統頻繁發出刺耳警報，量子掃描顯示︰那些散落的暗紫色余燼正在通過宇宙暗物質層傳遞信號，它們逐漸匯聚成七個小型的「混沌火種」。不完美之種最後的意識碎片在消散前，投射出警告︰「火種聚合...混沌重生倒計時...」
雷恩緊急召集新一代覺醒者，啟動「余燼清除計劃」。但經歷多次大戰後，文明的力量尚未完全恢復，資源調配捉襟見肘。記憶修復師艾琳帶領團隊奔赴溯影宇宙，他們攜帶的「記憶校準羅盤」在面對變異的鏡像回廊時頻頻失靈。深入核心區域後，團隊遭遇了由虛假記憶具象化的「幻影守衛」，這些守衛能將攻擊轉化為記憶中的創傷，直擊心靈最脆弱的角落。艾琳發現，唯有找到埋藏在記憶深處的「真實之核」，才能打破這場記憶迷局。
元素使長萊昂率領小隊進入元素循環宇宙，試圖重新校準元素輪盤。他們駕駛的「元素調和艦」在失控的元素風暴中搖搖欲墜，萊昂在與暴走元素的對抗中，意外發現暗紫色物質會干擾元素精靈之間的共鳴頻率。他決定利用元素相生相克的特性，構建新的共鳴回路。
雷恩親自帶領精銳部隊，追蹤混沌火種的聚合軌跡。在一片被稱為「虛空墳場」的死寂星域，他們發現七團暗紫色火焰正在向中心匯聚，火焰中隱約浮現出混沌原始意志的虛影︰「雷恩，混沌是宇宙的底色，你們的抵抗不過是螳臂當車！」
溯影宇宙中，艾琳的團隊在記憶回廊的最深處，歷經艱難險阻終于找到了真實之核。當他們將校準羅盤與真實之核連接時，金色的記憶之光與暗紫色的虛假迷霧激烈踫撞，幻影守衛在光芒中逐漸消散。但在摧毀鏡像回廊核心的暗紫色黏液源時，黏液突然分裂成無數孢子，試圖將整個宇宙的記憶徹底污染。
元素循環宇宙里，萊昂的小隊成功構建出臨時的元素共鳴回路，暫時穩定了部分區域的元素平衡。然而在接近元素輪盤核心時，暗紫色物質突然暴走，將四大元素融合成具有毀滅性的「混沌元素體」。一名元素使為了保護調和艦，犧牲自己化作元素屏障，擋住了混沌元素體的致命一擊。
雷恩在虛空墳場與混沌意志展開激戰，他揮動凝聚文明之力的存在之劍，卻發現攻擊被混沌火種吸收轉化為更強大的火焰。關鍵時刻，他引導全宇宙文明對真實與平衡的渴望，凝聚成「真實之火」。當火焰觸及混沌火種時，整個星域劇烈震顫，火種開始出現裂痕。
混沌意志在狂笑聲中強行加速火種聚合，暗紫色的火焰瞬間暴漲，形成一個巨大的「混沌火核」。火核釋放出的高溫開始融化空間，雷恩深知這是生死存亡的時刻。他通過文明樹網絡，號召全宇宙文明將最後的力量注入存在之劍，準備發動決定勝負的一擊。而混沌火核表面的紋路不斷跳動，預示著新一輪的毀滅即將降臨。
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