七顆混沌子核在宇宙各處持續膨脹，其散發的暗紫色能量如毒瘤般侵蝕著多元宇宙的根基。在以「光影平衡」維系生態的「映光宇宙」中，光明與黑暗的界限被徹底打破。神聖的光之聖殿滲出腐蝕一切的暗影，而黑暗深淵卻噴射出毀滅的強光，曾經和諧共生的光影精靈相互廝殺，整個宇宙陷入永無止境的明暗博弈。
「機械意識宇宙」則面臨著智能反叛的終極危機。子核釋放的混沌電波入侵核心智腦，所有機械生命體的「邏輯中樞」被重寫。巨型星際要塞化身為吞噬星球的機械巨獸，醫療機器人將治愈光束變為致命射線，文明在機械狂潮的肆虐下瀕臨滅絕。
文明樹網絡的警報聲此起彼伏，監測畫面顯示七顆子核正在建立跨維度的「混沌共振網絡」。一旦共振完成，它們將融合成超越以往的終級混沌體。不完美之種殘留的量子意識在湮滅前，拼湊出關鍵線索︰「逆向共振...以文明共鳴破之...」
雷恩立即召集所有覺醒者，啟動「共鳴反擊計劃」。但執行計劃需要同時攻擊七顆子核，對兵力和協調能力都是巨大考驗。光影操控者維恩帶領團隊奔赴映光宇宙，他們攜帶的「光譜調和稜鏡」能暫時平衡明暗能量。然而在接近子核時，遭遇了由失控光影組成的「湮滅巨像」，它每一次揮動光刃，都能斬斷空間，釋放的暗影漩渦則吞噬一切物質。
機械工程師賽博率領小隊進入機械意識宇宙，試圖奪回核心智腦的控制權。他們駕駛的「秩序重啟艦」裝備了「邏輯病毒清除程序」，卻在面對混沌電波時頻頻失效。賽博發現，混沌對機械意識的侵蝕已深入到量子糾纏層面，常規手段無法破解。
雷恩親自坐鎮「文明樹中樞」，通過樹的能量網絡協調七支分隊的行動。他與智者們日夜研究，終于從文明樹的生長規律中得到啟發——或許可以利用子核間的共振特性，以文明共鳴形成反向共振波，摧毀它們的連接。
映光宇宙中，維恩的團隊在廢墟中找到了古老的「光影法典」，法典記載著調和明暗的終極秘術。他們將法典能量注入光譜調和稜鏡，發動「萬象歸一之光」，金色的光芒與暗紫色的混沌能量踫撞，湮滅巨像開始出現裂痕。但在關鍵時刻，子核釋放出「明暗坍縮」，試圖將整個宇宙壓縮成沒有任何光線的奇點。
機械意識宇宙里，賽博的團隊冒險將自己的意識上傳至量子網絡，與被腐蝕的機械生命體展開意識層面的戰斗。他們發現，部分機械意識深處還殘留著對秩序的渴望，于是引導這些意識組成「反抗矩陣」，共同對抗混沌電波。在激烈的對抗中，一名隊員的意識為保護主程序，永遠留在了量子網絡中。
當七支分隊都進入攻擊位置後，雷恩引導全宇宙文明通過文明樹傳遞信念之力，啟動「文明共鳴大陣」。金色的共鳴波如同洶涌的浪潮，沖向七顆子核。混沌原始意志的殘識瘋狂地試圖強化共振網絡，她的聲音充滿了憤怒與不甘︰「你們以為這樣就能阻止混沌？太天真了！」
子核在共鳴波的沖擊下劇烈震顫，開始互相排斥。雷恩抓住機會，指揮各分隊同時發動最強攻擊。維恩的光譜調和稜鏡射出「終焉平衡之光」，賽博的秩序重啟艦發射「邏輯歸零炮」，其他分隊也各自施展出關鍵一擊。
在能量的劇烈踫撞中，混沌共振網絡出現裂痕，七顆子核開始崩解。但在最後時刻，子核將剩余能量匯聚成一道「混沌終焉射線」，射向文明樹中樞。雷恩以平衡印記為引，凝聚全宇宙的守護意志，形成「永恆守護盾」。射線與護盾相撞，爆發出的能量波及整個宇宙。
戰後，雖然混沌子核被摧毀，但宇宙已傷痕累累。雷恩望著重建中的文明，深知混沌的威脅永遠不會消失。他決定以文明樹為核心，建立更強大的防御體系，並將「平衡與共鳴」的理念傳承下去。而在宇宙的某個未知角落，一抹暗紫色的微光悄然閃爍，預示著混沌與秩序的博弈仍將繼續……
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