終末螺旋逆轉後的宇宙，在千瘡百孔中艱難喘息，卻仍未能擺脫混沌的陰影。以「能量守恆」為根基的「恆源宇宙」里，維持星系運轉的巨型能量矩陣突然開始逆向運行，恆星的光芒被暗紫色的熵寂霧靄吞噬，行星的核心能源急速流失，化作漂浮在宇宙中的冰冷殘骸。能源工程師們驚恐地發現，矩陣核心竟長出暗紫色晶體，將吸收的能量轉化為加速宇宙熵增的腐蝕力。
「夢境織造宇宙」同樣陷入絕境。夢境河流被暗紫色的噩夢淤泥堵塞，美好的夢境被扭曲成吞噬意識的深淵。織夢師們的銀梭沾染混沌之力，編織出的不再是希望圖景，而是將人困在永恆恐懼中的牢籠。現實世界里，大量居民陷入深度昏迷，他們的意識被困在噩夢循環中，身體逐漸干癟，淪為承載混沌的軀殼。
文明聯盟的量子監測網在頻繁過載中瀕臨報廢，最後的監測畫面顯示︰宇宙各處殘留的暗紫色能量正在進行「熵化共鳴」，它們以一種超越時空的方式連接，在宇宙深處構建出一個巨大的「熵寂引擎」。不完美之種最後的意識殘片閃爍著微弱光芒，傳遞出最後的訊息︰「熵寂終章...一切歸于虛無...」
雷恩召集殘存的覺醒者，啟動「逆熵方舟」計劃。但經歷多次大戰後，資源與人力已極度匱乏。能源專家艾琳帶領團隊奔赴恆源宇宙，他們駕駛著改裝後的「熵減號」飛船，攜帶能中和暗紫色晶體的「秩序催化彈」。然而在靠近能量矩陣時，遭遇了由熵增能量凝聚而成的「熵骸守衛」，這些守衛能將任何能量攻擊轉化為加速熵增的力量，飛船的防御系統在攻擊下迅速崩潰。
夢境守護者萊昂率領小隊深入夢境織造宇宙，試圖淨化被污染的夢境河流。他們攜帶的「心光羅盤」能指引純淨夢境的方向，卻在逆流而上時，不斷遭遇噩夢具象化的怪物。其中最可怕的「夢魘巨鱷」，能將觸踫到的一切卷入無盡的黑暗夢境。萊昂發現，唯有收集散落在夢境廢墟中的「希望螢火」，才能削弱怪物的力量。
雷恩親自帶領精銳部隊，前往熵寂引擎的所在地——一片被稱為「混沌墳場」的死寂星域。這里漂浮著無數文明的殘骸，暗紫色的能量如同潮水般涌動，熵寂引擎巨大的輪廓在能量漩渦中若隱若現。混沌原始意志的殘識再次凝聚，她的形態與熵寂引擎融為一體，發出冰冷的笑聲︰「雷恩，熵寂是所有文明的宿命，你們的掙扎不過是在譜寫最後的挽歌！」
恆源宇宙中，艾琳的團隊在能量矩陣外圍發現了暗紫色晶體的能量傳輸節點。他們冒險啟動「秩序催化彈」，卻引發晶體的劇烈反噬。關鍵時刻，一名隊員犧牲自己，用身體堵住能量暴走的缺口，為清除晶體爭取了時間。最終，能量矩陣的熵化趨勢被暫時遏制，但矩陣核心已布滿裂痕。
夢境織造宇宙里，萊昂的小隊歷經艱難險阻，收集到足夠的希望螢火。他們將螢火注入心光羅盤，發動「萬夢歸一淨化術」。金色的光芒驅散了噩夢淤泥，被困在夢境中的居民陸續甦醒。但在清理最後一片噩夢區域時，夢魘巨鱷突然暴走，張開血盆大口欲將整個宇宙的夢境吞噬。
雷恩在混沌墳場與混沌意志展開生死對決，他揮動存在之劍，每一次攻擊都被熵寂引擎吸收轉化。千鈞一發之際，他引導全宇宙文明對生命的眷戀與對希望的執著，凝聚成「生機洪流」。當洪流沖擊熵寂引擎時，整個宇宙產生劇烈震顫，引擎表面出現裂痕。混沌意志瘋狂地啟動引擎的自毀程序，試圖與宇宙同歸于盡。
雷恩拼盡最後的力量，以平衡印記為引，構建出「永恆守護結界」。在結界的保護下，熵寂引擎的爆炸余波被擋在宇宙之外。但戰斗結束後，覺醒者們發現，宇宙中仍殘留著大量暗紫色的熵化因子。雷恩望著傷痕累累的宇宙，深知熵寂的威脅從未真正解除。他下令在全宇宙建立「熵值監測站」，並著手培養新一代守護者。而在宇宙的暗處，那些未被清除的熵化因子正在悄然聚集，等待著下一次將文明拖入永恆黑暗的機會。
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