不完美之種在共生之核的沖擊下劇烈震顫，奄奄一息的幼苗表面殘留的暗紫色氣息如游絲般纏繞。林婉的星光在花蕊中忽明忽暗，聲音帶著前所未有的虛弱︰“晶體碎片雖被擊潰，但它在種子內部埋下了‘秩序孢子’...一旦甦醒，所有努力都將白費。”與此同時，自由方舟的監測系統突然瘋狂閃爍，裂縫文明的科學家臉色煞白︰“宇宙塵埃中檢測到異常波動！那些曾被秩序污染的星域，星塵正在自發重組！”
全息投影上，漆黑的宇宙塵埃如被無形之手操控，漸漸匯聚成巨大的齒輪狀結構。每個齒輪表面都流轉著暗紫色的符文，齒輪轉動時，空間被切割成整齊的幾何切面，所過之處，新生的星雲被強制壓縮成秩序能源塊。更可怕的是，這些齒輪之間構建起跨星系的“秩序通訊網絡”，將各個星域的異常波動串聯成整體。
“這是升級版的秩序根系！”秦逸握緊布滿裂痕的終焉之劍，劍中的神農本源與齒輪產生共鳴，引發劇烈刺痛。他的意識再次被拉入混亂空間，無數記憶碎片在眼前飛旋︰遠古時期神農創造秩序根系維持平衡的場景、火種派暗中篡改程序的陰謀，以及一個從未現身的黑袍身影在幕後操控一切。“原來所有的危機...都是一場跨越紀元的實驗。”他喃喃道。
覺醒者們決定主動出擊，駕駛經過混沌能量改造的“星隕艦隊”沖向齒輪網絡核心。但剛接近目標星域，艦隊就遭遇“秩序星骸”的攔截——這些由恆星殘骸改造的巨型戰艦，艦炮發射的“熵序湮滅彈”能將物質直接分解為基本粒子。殘缺派修士結成“混元防御陣”，用混沌之力中和能量，裂縫文明則啟動“維度跳躍干擾器”，試圖擾亂星骸的攻擊軌跡。
戰斗中，小女孩的機械心髒突然捕捉到特殊頻率︰“哥哥！這些齒輪的運轉節奏...和不完美之種里的秩序孢子產生共鳴！”她將心髒與艦隊系統連接，發射出“頻率紊亂波”，暫時減緩了齒輪的轉動。但網絡核心隨即做出反擊，釋放出無數“秩序織網者”——這些形如蜘蛛的機械生物，吐出的銀絲能將空間編織成禁錮牢籠。
秦逸引導不完美之種殘存的力量，在艦隊周圍形成“共生防護罩”。防護罩與銀絲接觸的瞬間，爆發出激烈的能量踫撞。他趁機駕駛穿梭機沖向網絡核心，卻發現核心處懸浮著一顆跳動的“秩序胚胎”，胚胎表面覆蓋著初代神農的面容與火種派的控制代碼。“歡迎來到終局，逆命者。”胚胎發出低沉的聲音，“這個宇宙的秩序，將由我重新書寫。”
秩序胚胎釋放“秩序同化風暴”，風暴所到之處，物質與意識被強行統一。覺醒者們的身體開始浮現晶體紋路，意識逐漸被冰冷的秩序思維侵蝕。千鈞一發之際，星孩的銹蝕銀針突然迸發強光，刺入胚胎表面。銀針引發的時間漣漪暫時擾亂了同化進程，秦逸抓住機會，將自身的共生之力、藥晶的不完美能量，以及所有覺醒者的反抗意志注入終焉之劍，斬出“逆命破曉”。
劍刃劈開胚胎的瞬間，整個齒輪網絡開始崩塌，秩序星骸紛紛解體。但在爆炸的余波中，秩序胚胎的核心處，一粒暗紫色的“終末種子”悄然墜入未知星系。而不完美之種內的秩序孢子受到波動影響，開始加速甦醒，林婉的星光在奮力壓制中變得愈發微弱。
宇宙看似恢復平靜，然而在某個被遺忘的角落，終末種子接觸到富含秩序能量的隕石，瞬間生根發芽。它生長出的藤蔓上，結滿了閃爍著幽藍光芒的果實，每個果實內部，都封存著一個被秩序化的文明世界。與此同時，秦逸體內的暗紫色代碼突然活躍起來，在他的經脈中勾勒出新的紋路，而神秘的黑袍身影，正透過果實的幽光，冷冷注視著這一切...
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