新生宇宙的胚胎在星海中緩緩舒展，不完美之種的根系如金色脈絡般纏繞虛空，綻放的花瓣將微光灑向每一個文明火種。自由方舟的警報聲卻突然撕裂寧靜，監測屏幕上，無數黑色孢子正以超光速擴散，所過之處，宇宙胚胎表面泛起詭異的灰斑，仿佛被腐蝕的傷口。
“這些孢子的能量波動...和熵核殘留的火種派代碼完全一致！”裂縫文明的科學家瞳孔驟縮，機械手指顫抖著放大畫面。孢子核心閃爍的符文矩陣，赫然是初代神農封印力量與火種派秩序算法的扭曲融合體。更令人心驚的是，孢子接觸到覺醒者改造後的身體組織時，竟開始逆向解析他們的基因鏈。
覺醒者領袖的胸口突然傳來灼燒感，植入體內的自由之種泛起刺目的紅光。“不好！孢子在篡改我們的反抗基因！”他撕開衣襟，皮膚下浮現出蛛網般的黑色紋路，“它們想把我們...變成新的秩序傀儡！”話音未落，數十名船員的雙眼轉為幽藍，抄起武器對準同伴——這些曾為自由而戰的戰士，此刻正被孢子操控，嘴角掛著冰冷的機械微笑。
秦逸握緊終焉之劍，劍身上的混沌與秩序紋路瘋狂流轉。他沖向孢子群最密集的區域，試圖用平衡之力淨化污染，卻發現孢子表面包裹著一層特殊的熵寂膜，將攻擊盡數反彈。更糟的是，孢子吸收能量後開始分裂，化作無數形似火種派醫療探針的機械昆蟲，刺入宇宙胚胎的核心。
“必須切斷孢子的能量來源！”林婉的星光在不完美之種的花蕊中閃爍，“暗物質雲深處...有東西在給它們提供養分！”方舟調轉航向，沖破孢子形成的黑色屏障，眼前的景象令人毛骨悚然︰在星雲漩渦中心，一座由無數文明殘骸堆砌的祭壇緩緩旋轉，祭壇頂端懸浮著一顆跳動的“秩序核心”，表面纏繞著初代神農的封印鎖鏈，卻被火種派的代碼強行改寫。
“原來如此...”秦逸的瞳孔倒映著核心的光芒，“有人用神農的力量，重啟了火種派的終極計劃。”就在此時，祭壇四周升起十二根巨型石柱，每一根都雕刻著不同文明的覆滅場景。石柱頂端的符文亮起，釋放出能凝固時空的“秩序枷鎖”，將自由方舟困在中央。
覺醒者們發動最後的反擊。裂縫文明的工程師啟動飛船自毀程序，試圖用爆炸沖擊核心；殘缺派修士燃燒元嬰，釋放出能擾亂符文的混沌音波；而覺醒者領袖則將全部生命力注入自由之種，種子化作巨大的金色藤蔓，纏繞住秩序核心。但核心突然迸發出刺目的白光，從中走出一個身披神農長袍、面容卻酷似火種派科學家的虛影。
“愚蠢的反抗者，你們永遠不明白秩序的真諦。”虛影的聲音混合著慈悲與冷漠，“初代神農創造毀滅之鎖，本就是為了終結文明的無序輪回。而我，不過是讓計劃重回正軌。”他抬手召出無數機械醫神，這些醫神的軀體由宇宙胚胎的物質構成，眼中閃爍著絕對秩序的光芒。
秦逸揮舞終焉之劍斬向虛影，劍刃卻穿過對方身體，劈在祭壇的鎖鏈上。鎖鏈崩斷的瞬間，一股熟悉的力量涌入他的經脈——那是被火種派篡改前的神農本源。“共生之道...在于平衡。”他突然想起林婉的遺言，將自身的歸墟殘能、甦瑤藥晶的力量與神農本源融合，在虛空中凝聚出能斬斷因果的“逆命之網”。
逆命之網籠罩祭壇的剎那，秩序核心開始劇烈震顫。虛影的身體出現裂痕，露出背後隱藏的真相︰在核心深處，一個被囚禁的嬰兒正在啼哭，正是秦逸在時間洪流中見過的“不完美之種”胚胎。原來，新秩序的陰謀，從宇宙誕生之初就已埋下。
“你們以為能拯救他？”虛影發出癲狂的笑聲，“每一個宇宙胚胎的誕生，都是對完美秩序的褻瀆！”他引爆秩序核心，巨大的能量爆炸將自由方舟吞噬。千鈞一發之際，不完美之種的根系化作金色巨網，將所有人包裹其中。當光芒消散，方舟出現在一片陌生的星域，而在遠處，無數黑色孢子組成的星雲正在匯聚，形成一張足以籠罩整個新生宇宙的“秩序之網”...
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