自由方舟在歸墟殘能風暴中劇烈震顫，船體的量子護盾在能量亂流沖擊下泛起刺目的紅光。林婉的石化軀體已蔓延至脖頸，她的指尖深深嵌入控制台，每一道裂痕都滲出微光——那是維系方舟航線的最後能量。覺醒者們圍聚在“不完美之種”培育艙旁，甦瑤藥晶的碎片懸浮在種子上方，與歸墟殘能交織成詭異的紫色漩渦。
“能量讀數突破臨界值！”裂縫文明的領航員大喊，全息屏幕上，風暴核心的暗物質雲正在凝聚成巨大的漩渦，“這不是自然形成的風暴，是某種力量在故意阻攔我們！”話音未落，無數由熵寂能量構成的“時間觸手”從漩渦中探出，纏繞住方舟的引擎。被觸及的金屬表面瞬間銹蝕，時間流速在局部區域開始逆向流轉。
秦逸的意識突然被拽入混亂的時空裂隙。他看到了平行宇宙中無數個結局︰有的世界里，火種派的機械醫神統治一切，生命體淪為精密的醫療儀器；有的宇宙中，菌裔徹底吞噬文明，星球化作巨大的共生體；還有的時空里，自由方舟在風暴中解體，不完美之種墜入無盡虛空。“這些都是可能的未來...”林婉的聲音在意識深處響起，她的虛影透明如蟬翼，“但還有一個結局，需要你親自去改寫。”
方舟內部，林婉的石化速度突然加快。她望向培育艙中的不完美之種，輕聲吟唱古老的醫道歌謠。隨著歌聲，她的發絲化作流光融入種子，原本停滯的幼苗突然開始生長，葉片上浮現出與白發鎖鏈相同的紋路。“以我為引，溯流而上。”她的嘴角揚起微笑，整個人化作一道金色光束，射向風暴核心的漩渦。
覺醒者領袖握緊手中的“自由之種”，將其嵌入胸口︰“全體听令！用我們的生命為林婉開路！”他帶領眾人啟動“痛覺共鳴裝置”，將體內殘留的歸墟殘能與甦瑤藥晶的力量融合，爆發出足以撕裂時空的聲波。聲波所到之處，時間觸手寸寸崩解，風暴的漩渦中心顯露出真相——那里懸浮著一顆巨大的“熵核”，表面鐫刻著初代神農的部分意識與火種派的終極代碼。
“你們以為能逃脫宿命？”熵核發出混合著初代神農與火種派科學家的聲音，“從醫道誕生的那一刻起，文明的興衰就早已注定。”但就在此時，星孩的銹蝕銀針突然從虛空中浮現，貫穿熵核表面的符文。銀針上殘留的時間之力引發連鎖反應，熵核開始逆向坍縮，釋放出被封印的“時間洪流”。
秦逸在洪流中穿梭，目睹了醫道文明的全部歷史︰初代神農創造毀滅之鎖時的決絕，火種派墮落的瞬間，林婉每一次犧牲時的無悔。當他觸及時間洪流的源頭，赫然發現一個嬰兒正在星雲中沉睡，嬰兒的襁褓上繡著“不完美之種”的圖案——那是宇宙誕生之初，為對抗絕對秩序而埋下的反抗基因。
方舟在林婉的光束牽引下，終于沖破風暴。眾人眼前的景象令呼吸停滯︰無數散發著微光的宇宙胚胎漂浮在星海中，每個胚胎都蘊含著不同的文明火種。不完美之種在新宇宙的引力下破土而出，根系扎根虛空，枝葉間閃爍著林婉的星光。覺醒者們將融合的歸墟殘能與藥晶之力注入幼苗，花朵綻放的剎那，所有平行宇宙的結局開始重疊、重組。
在時空的夾縫中，初代神農的虛影與林婉的星光相擁。“你做到了，打破了醫道的輪回。”神農的聲音帶著釋然，“但真正的自由，才剛剛開始。”此時，方舟上的覺醒者們發現，他們的身體開始褪去晶化與機械的痕跡，重新擁有了選擇生命形態的權利。
然而，在宇宙胚胎的陰影處，一團黑色物質正在悄然凝聚。它吸收著風暴殘留的歸墟殘能，表面浮現出與熵核同源的符文。當它睜開眼楮的瞬間，整個新宇宙的引力場都為之震顫——那是比火種派、深淵意志更古老的存在，它的低語在虛空中回蕩︰“平衡已被打破，新的秩序...需要重建。” 而在自由方舟的觀測室里，秦逸握緊手中的終焉之劍，劍身上的紋路與不完美之種產生共鳴，一場新的博弈，即將拉開帷幕。
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