時空之戰結束後，宇宙並未迎來預想中的平靜。被修復的時間線雖暫時遏制了歸墟之主的陰謀，但散落各處的熵毒孢子持續變異，催生出融合不同文明特質的新型威脅。機械文明的廢墟中爬出由報廢醫療機器人重組的“熵械獸”，魔法文明的森林里生長出會釋放詛咒迷霧的“病源花”，這些怪物的核心都跳動著暗紫色的熵核，散發著令人作嘔的治愈光芒。
面對愈演愈烈的危機，宇宙各文明被迫聯合，但聯盟會議上卻陷入激烈爭吵。科技文明代表拍案而起︰“必須用軌道炮徹底清掃感染區域，任何與熵能接觸的存在都該被抹除！”自然文明的長老則憤怒反駁︰“盲目毀滅只會制造更多廢墟，我們應嘗試淨化而非殺戮！”林婉與秦逸的意識融合體在會議上空閃爍，他們的聲音帶著歷經時空的滄桑︰“對抗熵增的關鍵，從來不是非黑即白的選擇。”
在翡翠星的無醫書院，明淵帶領學徒們日夜研究對抗方案。他們發現，單純的治愈或毀滅手段都只會刺激熵核進化，唯有找到與熵能共生的平衡點，才能打破僵局。林婉與秦逸引導眾人將共生樹的枝條與秦逸的銀針熔鑄，培育出一株特殊的“共生荊棘”——其藤蔓既能纏繞並淨化熵毒，尖刺又能釋放麻痹敵人的神經毒素，花朵綻放時更會散發出安撫生命體的香氣。
當第一支裝備共生荊棘的聯合部隊出征時，他們遭遇了前所未有的戰斗。在半機械文明的銹鐵星，熵械獸的合金利爪輕易撕裂普通武器的攻擊，卻被共生荊棘的藤蔓纏繞後，表面的腐蝕紋路逐漸消退；在魔法文明的迷霧島，病源花釋放的詛咒迷霧讓士兵們互相攻擊，而荊棘花朵的香氣卻能喚醒他們的理智。然而，隨著戰斗推進，歸墟之主似乎察覺到了威脅，熵核開始進化出對抗共生能量的特性。
更棘手的是，聯盟內部的矛盾因戰果分歧再度激化。激進派秘密啟動“歸零計劃”，意圖用反物質炸彈摧毀所有感染星系；溫和派則暗中與部分變異生命體接觸，試圖談判和解。明淵在追蹤情報時，意外發現歸墟之主的意識正在利用這些矛盾，他通過熵核向不同陣營傳遞虛假信息，進一步加劇對立。
林婉與秦逸決定采取破局行動。他們引導共生樹的根系突破空間限制，在各文明的核心區域生長出“共鳴節點”。當激進派的艦隊即將發射反物質炸彈時，節點釋放的能量波干擾了武器系統；而在溫和派的談判現場，荊棘藤蔓突然顯現，將偽裝成和平使者的逆醫首領捆綁。這些行動讓各文明意識到，他們正被歸墟之主玩弄于股掌之間。
在翡翠星的書院廣場，林婉與秦逸的意識融合體凝聚成實體虛影。他們將共生荊棘的種子分發給各文明代表︰“真正的共生，不是被動接受，而是主動創造平衡。”科技文明將種子嵌入星際戰艦的能量核心，使其既能吸收熵毒作為燃料，又能釋放淨化脈沖；自然文明將種子種在邊境防線，荊棘自動形成能識別敵我的活體屏障；魔法文明則將種子煉化成符文，刻在武器與護盾上。
歸墟之主對這種轉變暴跳如雷，他操控所有熵核同時暴走，引發了一場覆蓋三十個星系的“熵潮”。黑色的能量浪濤中，無數變異怪物如蝗蟲般涌來，所到之處，星球的生態系統被迅速改寫。但這一次，聯合部隊不再各自為戰。他們以共生荊棘為紐帶，構建起橫跨星系的“共生網絡”——科技文明的戰艦提供火力支援，自然文明的荊棘森林減緩熵潮推進，魔法文明的咒語則加固防線。
在戰斗的關鍵時刻，明淵發現熵潮的核心存在一個由歸墟之主親自操控的“熵源核心”。他帶領精英小隊駕駛搭載共生荊棘主炮的飛船，沖破重重阻攔。當主炮發射的瞬間，所有共生荊棘產生共鳴，金色的光芒與暗紫色的熵能激烈踫撞。歸墟之主的怒吼響徹宇宙，但熵潮的推進終于開始減緩……這場共生之戰，不僅是對抗外敵的勝利，更讓宇宙文明領悟到︰唯有接納矛盾，才能在熵增的洪流中找到屬于生命的答案。
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