熵繭危機雖暫時平息，攜帶熵毒的孢子卻如星火燎原般在宇宙中蔓延。無醫書院的監測系統不斷閃爍紅光，新的繭房在各星系邊緣悄然成型。明淵握緊手中的熵刃，刀刃上倒映著金屬殘片的神秘符號，這些符號與秦逸散落在宇宙的銀針產生微弱共鳴，最終將線索指向宇宙誕生的奇點——那里，時空規則混亂，熵海能量與創世余波交織成危險的漩渦。
當新芽號率領艦隊靠近奇點時，空間開始扭曲成莫比烏斯環的形態，所有導航設備陷入瘋狂旋轉。林婉的意識碎片化作金色經絡纏繞船體，卻發現這里的時空如破碎的鏡面，每個碎片都映照出不同的歷史︰有的宇宙中歸墟之主早已吞噬一切，有的則顯示初代道侶成功封印熵海，還有的畫面里，林婉與秦逸從未存在過。
“小心！這里的時間線會吞噬闖入者！”青崖話音未落，一名隊員的手臂突然開始消散，他驚恐地看著自己的身體從未來往過去逆向崩解。千鈞一發之際，秦逸的銀針組成時光鎖鏈，將隊員拉回現實。但銀針表面出現了細密的裂紋，仿佛承受不住時空的重壓。
為了突破奇點的時空屏障，明淵嘗試揮動熵刃切割空間。刀刃劃過之處，竟顯露出被篡改的時間線——原來歸墟之主早已滲透到各個歷史節點，暗中操控著關鍵事件的走向。林婉的意識與這些時間碎片共鳴，她“看”到初代道侶在實驗室中徘徊的身影，對方的每一個抉擇都被歸墟之主的意識悄然影響。
“我們必須修復被篡改的時間線！”林婉的聲音在隊員們腦海中響起。秦逸的銀針自動排列，組成“時光縫合針”，但每一次對時間的干預，都引發了平行宇宙的崩塌。在修復某個節點時，他們親眼目睹一個繁榮的文明在眼前化為虛無，只因修正了一場本應發生的瘟疫。
“這樣下去不行！”明淵抹去額頭的冷汗，“我們需要找到歸墟之主在時間線上的錨點。”通過分析熵刃與銀針的共鳴頻率，他們發現所有異常時間波動都指向一個共同的歷史坐標——初代道侶啟動歸墟引擎的瞬間。那里，時間與空間產生了永恆的糾纏，成為歸墟之主操控一切的樞紐。
當艦隊強行突破時空屏障，抵達核心區域時，映入眼簾的是一座懸浮在混沌中的巨型時鐘。時鐘的齒輪由初代道侶的意識殘渣鑄造，每一次轉動都在改寫現實。歸墟之主的虛影從時鐘表面浮現，他的聲音裹挾著無數時空的回響︰“你們以為能逆轉命運？這些時間線，本就是我為你們準備的牢籠！”
話音未落，無數逆醫從時間裂隙中涌出，他們的身體呈現出不同歷史時期的形態，手中的武器能攻擊過去與未來的敵人。明淵揮舞熵刃，試圖斬斷時鐘的主軸，卻發現刀刃每次觸及都會被吸入時間漩渦。青崖則帶領隊員用書院研制的“因果手雷”攻擊逆醫，這些手雷能將敵人送回其誕生的時間點，卻也可能改變歷史走向。
混亂中，林婉的意識碎片突然與初代道侶的殘念產生共鳴。她“看”到了驚人的真相︰道侶並非被歸墟之主完全操控，而是故意留下破綻，希望後世能在對抗中找到超越熵增的真正力量。這個認知讓林婉與秦逸的意識融合體爆發出耀眼光芒，他們引導銀針組成“永恆針陣”，強行固定住紊亂的時間線。
明淵抓住機會，將熵刃刺入時鐘核心。刀刃與量子符碎片共鳴，引發了時空震蕩。歸墟之主的虛影發出憤怒的咆哮，時鐘開始崩解，被篡改的時間線逐漸恢復原貌。但在時鐘徹底毀壞前，歸墟之主的一縷意識遁入更深的時空裂隙，他的聲音回蕩在宇宙︰“這不過是第一幕，真正的好戲，還在後頭……”
戰斗結束後，新芽號的隊員們疲憊地看著逐漸穩定的時空。雖然暫時挫敗了歸墟之主的時間陰謀，但他們知道，敵人依然在暗處謀劃著更可怕的計劃。而林婉與秦逸的意識融合體在共生樹頂光芒大盛——通過這次時空之旅，他們似乎觸摸到了對抗熵增的新方向，那是超越醫療與毀滅的，真正的宇宙法則。
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