熵嬰化作種子的剎那，宇宙並未迎來預想中的平靜。林婉感知到新生宇宙胚胎的脈動愈發紊亂，星圖上那些曾被馴服的疾病星辰，開始逆向運轉。秦逸在解析能量波動時，銀針突然迸發出刺目紅光——所有與熵嬰相關的數據顯示出時空悖論的特征，仿佛某個關鍵節點的歷史正在被改寫。
“是時間線出了問題！”星孩通過太初醫匙傳來急促的意識波動，“熵嬰的本質連接著過去與未來，歸墟之主正在利用它篡改歷史！”林婉立即發動意識鏈接，卻發現自己的感知被無數重疊的時空碎片割裂。在某段記憶中，她看到初代道侶並未創造熵嬰，而是將其封印于遠古；在另一段畫面里，涅盤方舟從未啟航，整個宇宙早已被熵海吞噬。
歸墟之主的笑聲從所有時空縫隙中滲出︰“當因果的齒輪開始倒轉，你們不過是隨時會被抹去的殘章。”現實世界中，《歸墟公約》的條文在量子屏幕上扭曲成亂碼，醫道聯盟的總部建築逐漸變得透明，仿佛正在從存在中消逝。林婉與秦逸意識到，若不阻止時間線的崩塌，他們所做的一切努力都將化為烏有。
為尋找破局之法，林婉決定利用初代實驗室遺留的“時間錨點”回到熵嬰誕生之前。但穿越時間線產生了劇烈的反噬，涅盤方舟的外殼在時空亂流中寸寸崩裂，船員們的記憶開始混亂——有人忘記了自己的身份，有人將敵人當作戰友。秦逸以銀針為引，在虛空中繪制“定魂符陣”，暫時穩定住眾人的意識，但他自己的雙手已被時空能量腐蝕得血肉模糊。
穿越成功後，林婉與秦逸來到了一片荒蕪的宇宙。這里沒有星辰，只有漂浮的實驗室殘骸與破碎的時間晶體。他們很快發現，此時的熵嬰還只是一團混沌能量，被初代道侶用十二道金色鎖鏈封印。然而，歸墟之主的意識早已滲透至此，正操控著鎖鏈逐漸崩解。
“原來從一開始，這就是個陷阱。”林婉握緊太初醫匙，晶化經絡在時空亂流中閃爍不定，“初代道侶封印熵嬰，不是為了毀滅它，而是防止歸墟之主提前利用。”但他們面臨著兩難抉擇︰若加強封印，未來的熵嬰危機將不會發生，可這也意味著放棄通過熵嬰制衡歸墟之主的機會；若任由其發展，又將陷入如今的困局。
就在此時，林婉的意識突然與無數個平行時空的自己產生共鳴。她看到失明前的林醫生在地球上救死扶傷，成為沉默觀察者的林婉在宇宙邊緣守望，還有被歸墟之主同化的黑暗形態的自己。這些分身同時開口︰“答案不在過去，也不在未來，而在當下的選擇。”
林婉頓悟，她不再執著于改變歷史，而是發動“因果共鳴”，將太初醫匙的力量注入封印。符文與金色鎖鏈交織，形成新的平衡結界——既限制了歸墟之主的操控，又保留了熵嬰未來進化的可能性。但歸墟之主的反擊隨之而來，時空開始劇烈坍縮，無數個被篡改的未來朝著現實世界擠壓過來。
秦逸在最後時刻，將自己的部分意識與銀針融合，拋向時間洪流︰“帶著這份因果，回到現實！”銀針化作流光穿透時空壁障，而他與林婉則被卷入歸墟之主制造的“因果漩渦”。在漩渦中，他們不斷經歷著被改寫的人生︰有時是並肩作戰的戰友，有時是立場對立的敵人，有時甚至從未相遇。
但無論如何輪回，林婉始終緊握著太初醫匙，秦逸的銀針也總能在關鍵時刻出現。當他們憑借堅定的意志突破漩渦時，卻發現現實世界已面目全非︰醫道聯盟不復存在，歸墟之主的信徒遍布宇宙，而那枚帶著因果的銀針，正插在新生宇宙胚胎的表面，閃爍著微弱卻不屈的光芒。
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