當焚滅艦隊的殘骸還在星空中飄蕩，林婉與秦逸已駕駛涅盤方舟，循著晶毒軌跡向新生宇宙核心進發。星圖上，目標坐標閃爍著詭異的血紅色光芒，如同宇宙胚胎上潰爛的傷口。方舟的警報系統持續尖嘯，顯示前方空間存在劇烈的熵值波動，連甦瑤晶化體改造的船體都開始出現細微裂痕。
“檢測到活體星球信號。”星孩突然開口，太初醫匙在他掌心劇烈震顫，投射出全息影像︰十二顆表面布滿血管狀紋路的星球，正以詭異的頻率相互共鳴，它們之間的虛空漂浮著無數透明培養艙，艙內沉睡著形態各異的生命體，胸口都烙印著初代實驗室的徽記。林婉的晶化經絡驟然亮起，她在意識海中捕捉到初代道侶的記憶殘片——這里，正是一切災難的源頭。
方舟突破外層防護罩的瞬間，培養艙內的實驗體紛紛甦醒。這些融合了機械、魔法與血肉的怪物發出非人的嘶吼，它們的攻擊方式顛覆了常規認知︰有的能將醫療射線轉化為腐蝕光束，有的揮動著由《黃帝內經》文字組成的利刃。秦逸甩出銀針組成“周天星斗陣”，卻發現怪物的傷口能自動復制他的針法，轉而攻擊己方。
“它們的核心是醫療悖論！”林婉突然喊道，失明的雙目泛起微光，“用自相矛盾的治療邏輯制造混亂！”她引導艦隊釋放無差別治愈波，怪物們在同時接受治療與傷害的矛盾指令中陷入癱瘓。但危機並未解除，方舟前方，一座由億萬根骸骨堆砌的巨型金字塔緩緩升起，塔頂懸浮的水晶棺中，沉睡著初代道侶的克隆體，她胸口瓖嵌的能量核心，赫然與星孩的太初醫匙同源。
克隆體睜開雙眼，聲音卻分裂成無數個意識的重疊︰“你們以為能終結歸墟？從初代實驗室建立的那一刻起，醫道與熵增本就是同一場實驗的兩面。”她抬手召喚，金字塔表面浮現出塵封的歷史投影︰遠古時期，初代道侶為對抗宇宙熵增，抽取自身意識創造歸墟引擎，卻在實驗中發現，絕對的治愈終將導致生命失去進化動力，于是故意留下病毒種子，讓疾病與治愈永恆博弈。
“歸墟之主，就是失控的實驗！”秦逸的銀針在震驚中微微顫抖。但真相帶來的沖擊尚未消散，克隆體已發動致命攻擊。她將金字塔化作巨大的醫療熔爐，企圖把眾人煉化成新的實驗樣本。千鈞一發之際，星孩舉起太初醫匙，符文與能量核心產生共鳴，竟解鎖了克隆體的記憶封印——在海量信息中，林婉看到了更可怕的事實︰歸墟引擎的最終形態，是將整個宇宙轉化為單一意識體。
“必須摧毀核心！”林婉不顧秦逸阻攔，以殘存的晶化經絡為引，強行與克隆體意識鏈接。在意識的混沌戰場中，她遭遇無數個“自己”——每個都代表著不同選擇的可能性︰成為歸墟之主的傀儡、毀滅所有文明的暴君、或是放棄抵抗的旁觀者。而在最深層，她終于直面初代道侶的真實意識，對方的聲音充滿疲憊︰“孩子，打破這場循環的鑰匙，從來不在外部……”
現實中，克隆體的攻擊越來越猛烈，涅盤方舟的能量護盾即將崩潰。星孩突然領悟到什麼，將太初醫匙刺入自己胸口，釋放出純粹的歸墟能量。能量洪流中，金字塔開始分解，水晶棺里的克隆體露出解脫的微笑。但當眾人以為勝利在望時，宇宙深處傳來一陣低沉的轟鳴，初代實驗室的最深處，一個由熵海與醫道力量交織的巨眼緩緩睜開，歸墟之主的真正形態，終于顯露端倪。
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