晶毒事件余波未平，新生宇宙的病灶卻如野草般瘋長。林婉在水晶塔的星圖前佇立，感知到被病毒感染的文明正以指數級速度異變。翡翠星的樹人開始分泌腐化黏液，將土壤化作黑色沼澤；靈械文明的機械體表面凸起肉瘤，扭曲成詭異的宗教圖騰。更令人心驚的是，這些異變不再是無序擴散，反而呈現出某種精密的陣列，如同歸墟之主在宇宙畫布上勾勒的邪惡圖騰。
“常規治療已無法遏制。”林婉的聲音冰冷如鐵，她的晶化經絡在皮膚下劇烈跳動，“必須啟動‘淨世行動’。”所謂淨世，是動用寂滅醫花的力量，將感染區域徹底焚毀，以烈焰淨化病毒。但這一方案遭到眾多醫者反對，一位來自自然文明的長老在全息會議中憤怒嘶吼︰“這是屠殺！我們醫者的使命是拯救，不是毀滅！”
然而，局勢的惡化遠超想象。當晶瞳教團佔領機械文明的核心星港，將數百萬居民改造成“活體兵器”時，林婉終于下定決心。她集結所有掌握寂滅醫花之力的醫者，組成“焚滅艦隊”。每艘戰艦的炮口都瓖嵌著由甦瑤晶化體碎片改造的發射器，能將醫花的能量轉化為淨化光束。
首戰在岩晶文明展開。這個曾以璀璨水晶建築聞名的星球，如今被晶毒侵蝕得千瘡百孔。巨大的晶體生物在城市中橫沖直撞，它們的身體內部跳動著暗紫色的病毒核心。焚滅艦隊的淨化光束劃破天際，所到之處，晶體瞬間被高溫汽化，化作漫天星塵。但詭異的是，火焰中不斷浮現初代道侶的虛影，她的聲音帶著悲憫回蕩在星空中︰“如此殺戮，終將喚醒歸墟的深層詛咒……”
淨世行動引發宇宙分裂。以機械文明和魔法文明為首的“守序同盟”宣布支持林婉，他們派出艦隊協助焚滅工作；而自然文明與靈械文明組成“共生聯盟”，堅決反對這種極端手段。當焚滅艦隊抵達賽博星域時，共生聯盟的戰艦早已嚴陣以待。“你們才是真正的劊子手！”賽博文明的領袖通過量子通訊咆哮，他的機械義眼閃爍著憤怒的紅光，“這些被感染的同胞，本可以找到共生的方法！”
雙方的對峙很快演變成激戰。淨化光束與能量護盾相撞，爆發出耀眼的光芒。混戰中，星孩的惡體趁機操控銹蝕銀針，潛入賽博星域的核心主機。他激活了自毀程序，整個星域的能量反應堆開始過載，數百萬機械生命面臨滅頂之災。林婉與秦逸被迫停止攻擊，聯手施展“乾坤回春陣”，試圖穩定反應堆。
就在局勢千鈞一發之際，甦醒的星孩突然出現在戰場。他手握太初醫匙，光芒所及之處，晶毒開始消退，被異化的機械生命逐漸恢復理智。但這一舉動也暴露了他的位置，惡體操控銀針如流星般射向星孩。關鍵時刻，林婉撲上前去，用晶化經絡擋下致命一擊，她的右臂瞬間化為齏粉。
淨世行動雖然暫時化解了危機，但也付出了慘痛的代價。無數被感染的文明在烈焰中消亡，焚滅艦隊的醫者們背負著沉重的道德枷鎖。林婉在戰後的廢墟中沉思，她的失明雙目流下血淚。而在宇宙的黑暗角落，逆醫文明的首領望著燃燒的星系，露出滿意的笑容︰“憤怒與仇恨，才是喚醒歸墟之主的最佳燃料……”
這場浩劫過後，林婉和秦逸意識到，單純的毀滅無法解決問題。他們在星圖上標記出所有異變的源頭，發現這些點竟連成一條指向初代實驗室的路徑。“那里一定藏著控制晶毒的關鍵，還有歸墟之主的真相。”林婉握緊拳頭，殘存的晶化經絡亮起堅定的光芒，“無論前方有多少危險，我們都必須走下去。”而星孩手中的太初醫匙，也開始發出奇異的共鳴，仿佛在呼應即將到來的最終決戰。
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