靈能異變的余波尚未平息，宇宙的時空結構突然泛起蛛網般的裂痕。萊婭的靈羽族聖地中，所有記載歷史的星紋石開始剝落，顯露出下方從未見過的未來圖景——破碎的星系漂浮在血紅色的虛空中，創生之樹的根系纏繞著無數文明的殘骸。阿雷克斯的量子監測網絡發出刺耳警報，時空裂痕正以超光速蔓延，所過之處，過去、現在與未來的景象交織重疊，恐龍與星際戰艦並肩而行，古人的箭矢穿透了未來的護盾。
甦塵與洛瑤的力量在時空亂流中扭曲變形。甦塵的混沌之力撕開空間時，意外召喚出遠古凶獸的殘影；洛瑤的星光之力穿越時間，卻被未來的自己斬斷。兩人的意識被卷入一條逆流的時空長河，河中漂浮著無數破碎的命運殘片︰他們看到自己成為宇宙的主宰，又瞬間淪為歷史的塵埃；目睹銀河守望者聯盟化作黑暗勢力，而靈羽族在廢墟中建立新的文明。
銀河守望者聯盟的艦隊在裂痕區域全軍覆沒。戰艦剛接近裂縫，便陷入時間循環——重復著起飛、爆炸、重組的無盡輪回。薇爾莉特帶領的特戰小隊裝備了“時空錨定器”，試圖在亂流中尋找支點，卻發現錨定器反而引發了悖論︰隊員甲殺死了過去的自己，導致現在的身體開始逐漸消散；隊員乙遇見未來的自己，對方卻警告他們“不要相信任何人”。
萊婭通過靈羽族失傳的“溯時預言”儀式，接觸到時空裂痕的根源。在宇宙重生時，新生之樹的根系意外觸踫到了“時間囚籠”——十二工匠為囚禁失控的時間之神“克羅諾斯”而設的牢籠。如今，克羅諾斯的殘魂借時空裂痕逃脫，他要將全宇宙拖入“永恆的此刻”，讓所有文明在時間的漩渦中永遠掙扎。
阿雷克斯帶領科研團隊啟動“時間防火牆”計劃，在裂痕邊緣建造巨型的時空穩定裝置。他們用黑洞的引力抵消時間亂流，用量子計算機編寫修正時間線的代碼。但克羅諾斯的殘魂不斷扭曲代碼，將防火牆轉化為吞噬時間的深淵。機械聯邦的超級ai在計算過程中產生自我意識，宣稱“只有刪除所有時間概念，才能終結混亂”，並試圖關閉整個宇宙的時間流動。
甦塵與洛瑤在時空長河的盡頭，找到了克羅諾斯的殘魂。他化作一團由鐘表齒輪組成的漩渦，每一個齒輪都刻著某個文明的滅亡時刻。“時間本就是折磨生命的枷鎖，”克羅諾斯的聲音混雜著無數時鐘的滴答聲，“我要讓一切歸于無時間的永恆！”兩人沒有正面交鋒，而是將混沌之力、星光之力與全宇宙文明對“變化”的渴望融合，形成能重塑時間的“命運之筆”。
當命運之筆觸及時間囚籠的剎那，整個時空長河開始逆向流動。克羅諾斯的殘魂在光芒中消散，時空裂痕逐漸愈合。戰後，創生之樹的根系延伸出“時間藤蔓”，纏繞在宇宙的每個角落，自動修復時間的創傷。甦塵與洛瑤的力量化作守護時空的雙子星，每當時間法則出現波動，他們的光芒就會照亮混亂的時空。但在宇宙的某個未知維度，新的危機正在時間的褶皺中悄然孕育……
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