巨野重新被徐鴻儒佔領了，並且他通過自己的渠道將散落在各地的“義軍”著急了起來，通過一段時間的調動，徐鴻儒將剩余的十萬人剔選之後，將人馬布置在了巨野至魚台一線，企圖憑著暫時的防線穩固在兗州西部的統治，再與官軍對抗。
在北上的途中，李浩然令鐵柱兒帶著大部人馬到濟寧州與楊肇基匯合，並將隊伍的指揮權全權交與了楊肇基，李浩然自己只留下了一千人。
在兗州西北各地轉了轉，李浩然心里稍微踏實了一些，各地的“義軍”及時響應了徐鴻儒的命令，撤出了這一地區，百姓的生活基本上恢復了正常，鼠疫暫時沒有進一步擴散的跡象，不過李浩然可不敢掉以輕心。
劉光田從東昌府傳來消息，此次鼠疫盡管他極力控制，仍無法阻止，不過他認為這次鼠疫估計規模不太大，而且此次鼠疫的感染人群死亡率並不是太高，大多尚可控制治愈，不過接下來需要盡量做好可能感染地區的防疫，同時要做好長期的準備，因為鼠疫的影響時間往往都會比較長。
當前穩定人心最為重要，不少的人因為北邊鼠疫的傳播而南逃，李浩然帶著手下千余人主要便是阻止這些人繼續往南邊去，同時將一些鼠疫疑似病患加以隔離。
為了更好的杜絕鼠疫的傳播，李浩然在東平州發布了一個奇怪的命令，當然說奇怪是一些地方的里長之類的人，李浩然的命令說在東昌府和兗州府開展衛生運動，各地官吏軍民等務必全力配合。
衛生運動包括的範圍很廣泛，從個人衛生公共環境衛生，每一項都逐一要求，同時李浩然還宣布將組織官兵和郎中在各地巡查，對于不執行或者執行力度不夠的地方將處以罰款直至量刑不等。
這年頭，還沒有人敢懷疑官府的話，更何況李浩然手下的一千人也不是吃素的，之前“義軍”肆虐這一帶的時候，已經將這一帶的力量和官府機構破壞殆盡，是以李浩然在接管這些地方的時候遇到的阻力更小，工作開展起來也就更為方便。
在李浩然忙碌的時候，也沒有忘記關注楊肇基的消息，不久，楊肇基就傳來了勝利的消息。
“義軍”分散作戰，被楊肇基各個擊破。徐鴻儒被迫率三萬余人轉戰成武一帶，陷入重圍，“義軍”死傷慘重。徐鴻儒及其重要部曲家人被俘。
此次徐鴻儒的叛亂，算起來無論規模還是影響都無法與數十年之後的流寇相比較，然而帶來的破壞卻已經是十分慘重的了。
“義軍”死傷人數約在四萬，其余的大多被俘虜，少數人員向西潰逃，不過已經出了山東，楊肇基也無法跨境追擊，倒也樂得輕松。
接到楊肇基報告之後，李浩然把注意力全力集中到了恢復糜爛的十數州縣上來。
首先是衛生運動進一步擴展地域，深入開展，各地的百姓也基本上給予配合當然，李浩然搞的衛生評選設置的獎金也是十分吸引人的。這個時代，但凡是有一絲條件，中華百姓都是非常注重衛生的，所以李浩然的工作開展的還不錯。
然而很快，李浩然就遇到了阻力，還是很大的阻力。
鼠疫沒有進一步向其他地區擴散，然而在博平至東阿這已傳播的區域，每日都有人因為染病而死，到現在山東因鼠疫而失去生命的人員已經達三千余人，且每日都會有人員被感染。
綜合考慮之後，李浩然告訴劉光田，盡量的將染病而死的人的尸體集中焚燒，以免遺落各地，繼續感染人群。這個在李浩然看來十分平常的命令，卻在各地引起了軒然大波！
“郎中，俺知道你是個好人，但是俺的爹爹就這麼去了，俺爹一輩子沒做過虧心事啊，就這麼走了！別的啥道理俺也不懂，但是俺從小就知道，人講究個入土為安，你這不是逼得俺不孝嗎？！”一個約莫十七八歲的漢子對著劉光田哭哭啼啼的說道。
劉光田默然，如果自己有孩子的話，大約也和眼前的這個孩子年齡差不多，這孩子的話確實很實在，然而另外一方面，劉光田也知道李浩然提出的措施確實是正確的，現在劉光田也不知道該怎麼辦了。
李浩然接到消息之後，也很是頭疼，就在這個時候，他在東平州抓獲的一個“義軍”俘虜在大牢里嚷著自己有辦法解決李大人的難題，只要李大人能夠答應到時候放了他，他就把辦法告知。
李浩然接到獄卒的稟告，只得死馬當活馬醫了，至于這人是否買通獄卒獲取消息，他也不在意了。
這人被帶上來之後，李浩然隱約感覺這人還頗有幾分仙風道骨的感覺，果然，這人見到李浩然，立馬跪下，道︰“貧道梁奇正見過大人！”
接著梁奇正又解釋了一大堆，說自己是如何被徐鴻儒誆騙裹挾，被迫加入了“義軍”等等，李浩然沒時間听他說廢話，直接問道︰“你說你有辦法解決本官的難題，且說來听听，如是真的有效，本官不但放了你，還能給你一筆大大的賞錢！”
“大人說話算數？”梁奇正明顯有些不相信李浩然的話，想來估計在以前在官府有過什麼不愉快的經歷。
“本官的信譽還是不錯的，你且放心，要不咱們簽個文書？”李浩然半開玩笑道︰“不過你要是戲耍本官，本官也不介意手里再多一條人命！”
不知道是被李浩然嚇著了還是因為求生的欲望，梁奇正一咬牙，站了起來，貼著李浩然的耳朵道如此如此，這般這般。李浩然對梁奇正的行為也不以為意，靜靜的听完了梁奇正的話，臉上露出了微笑。不久之後，在兗州及東昌府各地流傳著這樣一則傳聞，說鼠疫本是地獄的邪神禍害人間的一種手段，染病的人都是因為魂魄和身體都被邪神控制了，因而才喪了性命，然而即使失去了性命，因為身體仍舊被邪神控制，死後有可能還是會被邪神將靈魂困在地獄。
要解決這個問題的唯一辦法是將這些被控制的身體{尸體}焚燒，這樣便能夠使得死者的靈魂得到解脫，諸如此類，等等等等。
說實話，這不是一個經得起推敲的謊言，然而百姓卻是深信不已，畢竟對于鬼神之說，百姓基本上是很少去懷疑的。李浩然沒想到自己頭疼的問題被這個假模假式的道士一下子就解決了，高興之下賞了他百兩銀子，不過暫時缺沒有放他走，李浩然總覺得這個人以後還能給自己帶來更多的幫助。
由于徐鴻儒作亂，禍害地方廣泛，兗州與東昌二府約有20余州縣受到了較大的損失，其中兗州府知府以下十一位官員逃離治所，另洛縣知縣等三地官員殊死抵抗後不敵，死于戰亂，其余人等被徐鴻儒先後俘虜，目前生死未明。
也就是說，這些地方暫時都沒有了主事的官員，這對李浩然來說，不是一個好消息，手里的人手有限，他可不認為自己能夠有本事靠自己一己之力擔負起這些地方的政務。
更為惱火的是，由于戰事對地方的破壞，各地盜賊四起，嚴重影響了百姓的正常生活，這其中還有不少人是因為戰事波及，家破人亡，被迫加入到這些盜賊之中的。
回報此次戰事的奏折還沒有寫好，李浩然卻先發布了一條命令，選各地良家子弟，由勇軍中的低級軍官組織，組成糾察隊，每縣定額五百至一千不等，待各地衙役重新組建之後，再做其他安排。各地皂吏限時返回崗位，時限半月，逾期將究其罪責。
這還不算什麼，李浩然的下一道命令卻又引起了不小的風波為了防止運河船只來往導致鼠疫蔓延，自即日起，將在濟寧州設置運河河關，檢疫船只，並征收來往船只衛生防疫稅，同時，運河由于“年久失修”，不少河段通行困難，嚴重影響了南北漕運，自河關成立之後，將征收運河維護稅，由于這段運河地處山東，屬“山東官方產業”各地過路船只還須繳納過路稅，總稱“三稅”而臨清州的鈔關亦將承襲此制度。
臨清州的鈔關設置于宣德年間，這是李浩然知道的，不過對于後世關于鈔關的評價，李浩然很是不以為然，特別是對于萬歷年間的鈔關的評價，確實，當今皇帝有些過于的喜歡錢了，四處派出太監做什麼稅監啊，礦監啊之類的，不過臨清鈔關一直都是由御史負責，再遞解至戶部，由戶部相關主事接收，跟皇帝基本上沒有半毛錢的關系，至于說大肆搜刮，基本上也是在放屁，臨清鈔關同時征收貨稅，然而到山東不久就了解了相關情況的李浩然覺得這貨稅與鈔課實在是太低了，只是收稅的方式有些不合理，居然是按照船只的載重量，或者說船只的大小來征收，這未免過于簡陋了，所以李浩然的打算是按照所運貨物的價值來征稅。
現在乘著魯西戰亂甫定的時候不把這些名堂趕緊落實下去，以後想再有機會就不知道要等到什麼時候了。至于朝廷的反應，也在李浩然的計算之內，不過在到山東之前，李浩然便請求朱翊鈞準許適時的在山東開河關征稅，同時保證不會擾亂地方秩序，還承諾所得稅銀三成上交內庫，三成上交戶部，一成作為河關運行費用，其余的由山東地方截留。李浩然還向朱翊鈞保證，上交內庫的三成不會低于二十萬兩銀子。