刺馬案的第三種說法和湘軍有關，畢竟馬新貽是被派去徹查湘軍中飽私囊太平天國財富的，馬新貽在江寧期間，自然讓那些就地留在本地、手上掌握大筆財富的原湘軍退伍軍人戰戰兢兢地不已。這一旦查出來，可是殺頭的大罪。
鮑超（1828年—1886年），初字春亭，後改春霆，夔州安坪藕塘（今重慶奉節）人，清朝晚期湘軍著名將領，絕對是百戰百勝的兵王。
行伍出身。先從向榮赴廣西鎮壓太平天國運動，後調充湘軍水師哨長。先後戰岳州、武昌、金口，賜號“壯勇巴圖魯”、官記名水師總兵。咸豐六年（1856年）募湘勇創立霆字五營，改領陸軍。轉戰湖北、安徽、江西、浙江、廣東、河南、陝西各地，再賜“博通額巴圖魯”名號，歷官湖南綏靖鎮總兵至浙江提督，封一等子爵加一雲騎尉世職。同治六年（1867年）率部赴陝西鎮壓捻軍，在安陸之戰中被劾誤期，辭官。光緒六年（1880年）起任湖南提督，再募軍駐直隸樂亭防備俄國。光緒十年（1884年），中法戰爭爆發，率部駐防雲南白馬關外備戰。鮑超一生參加過500場以上戰役，身被傷108處。光緒十二年（1886年）逝世，謚忠壯。
傳聞說，張文祥曾經是湘軍鮑超部下。鮑超是有名的湘軍將領，其部號稱“霆字營”，為湘軍主力，不過軍紀敗壞，經常公然掠奪地方民眾，號稱“所過殘滅如項羽”。張文祥加入霆字營後，由于作戰勇猛，受到鮑超賞識，被提拔為新兵營哨官。當時湘軍內部時興結盟自保，不少人都是哥老會成員，霆字營也有哥老會組織，張文祥加入了哥老會，並成為一個小頭目。
哥老會，起源于湖南和湖北，是近代中國活躍于長江流域，聲勢和影響都很大的一個秘密結社組織。在四川和重慶的哥老會被稱為袍哥。
哥老會是下層群眾自發結成的社會群體，是民間秘密結社。有關哥老會的源流問題，是長期困擾歷史學工作者的一個難解之謎。究其原因，與天地會起源問題相似。其一，哥老會是下層群眾的自發結合組織。不一定有準確的成立時間，成立時也不會留下可靠的資料；其二是辛亥革命時，革命黨人為了聯絡和引導哥老會，大力宣傳哥老會乃太平天國李秀成、李世賢等派洪門中人潛入湘軍而創立；其三，晚清及民國年間，洪門、青幫與哥老會互相滲透與融合，一些幫會中人便竭力宣揚洪門、漢留(哥老會)源出一家，皆為鄭成功首創之說，難道是為了反清復明？
湘軍後期，霆字營受哥老會煽動，在湖北金口鬧餉，發生嘩變。張文祥趁亂逃到天目山，躲進一座寺廟里。剛好寺廟長老是天地會首領，以出家人的身份做掩護，指揮山下的天地會從事反清復明的活動。張文祥知道真相後，加入了天地會。後來馬新貽任浙江巡撫，在寧波、台州大肆“剿匪”，捕殺了不少天地會成員。寺廟長老十分痛心，便委托張文祥殺馬新貽為天地會會友報仇。
有關此案的小說兩種。一是平江不肖生的《刺馬詳情》選自他的名著《江湖奇俠傳》。據平江不肖生說，他對本案的詳情，是從鄭敦謹的女婿口中所得。而鄭敦謹的女婿，則在鄭敦謹審問張文祥時，在屏風後面偷听到的。其真實程度如何，不得而知，但讀來娓娓動听，合情合理。讀者不僅可以借以知道刺馬案的詳情，還可同時知道火燒紅蓮寺的來龍去脈，真是一舉兩得。
另一種是佚名著《張文祥刺馬》，所述與平江不肖生的大同小異。兩個故事和這個版本的很相似。
還有一種說法是，馬新貽是被洋人買凶殺死的。傳聞說，馬新貽在上海與小刀會作戰時受了傷，在董家渡醫院治療時受洗加入了天主教。他上任兩江總督後，與法國天主教江南教區的主教郎懷仁來往密切，關系極為特殊。安慶教案發生後，法國駐華公使羅淑亞到江寧同馬新貽交涉，馬新貽對羅淑亞極其友好，一切照法國人的要求辦理。事後，馬新貽與安徽巡撫英翰聯餃發布告示，極力宣揚天主教的善行，勸人維護外教，並勒石豎碑保衛天主教。馬新貽又派兵保護在江寧等地的天主教堂。同治九年（1870），江寧發生反洋教活動，組織者是提督陳國瑞。陳國瑞還得到了江甦布政使梅啟照的暗中支持，幫助印刷了大量宣傳傳教士殘殺中國幼童的材料。馬新貽知道後十分生氣，派兵捉拿陳國瑞。陳國瑞逃離江寧，經揚州到天津，參加了反洋教的活動，並得到了醇親王奕的支持。天津教案發生後，法國傳教士及駐華公使公開以武力威脅，要求懲辦陳國瑞，但由于醇親王的庇護，被軍機處敷衍過去。馬新貽被刺殺後，傳教士反應強烈，鎮江城里的傳教士還公然為他搞悼念活動。剛好張文祥供詞中有“養兵千日，用兵一時”的說法，又因為如沒有內線指引，張文祥根本就無法進入馬新貽由校場回署的箭道，不可能在光天化日之下、在刀槍林立之中，一刀殺了兩江總督大人。于是，江寧城中又流傳著是醇親王奕和陳國瑞指使張文祥刺殺了馬新貽。而更為離奇的是，陳國瑞後來被發往黑龍江齊齊哈爾當差，于光緒八年離奇死于黑龍江戍所，風傳他是被人殺死。
最後一種傳聞說，是江甦巡撫丁日昌花三千兩銀子買通張文祥，謀殺了馬新貽。
江甦巡撫為兩江總督下屬，管轄甦州、松江、常州、鎮江四府和太倉直隸州，駐在甦州。之前，太湖水師哨勇徐有得、劉步標陪同哨官王有明到甦州看病。當晚，徐有得、劉步標二人閑逛妓院，剛好遇到丁日昌族人都司丁炳、範貴等人。雙方因為爭奪一名美貌妓女起了沖突，打起架來。剛好甦州親兵營游擊薛蔭榜帶兵巡夜，將滋事的雙方都抓了起來，各打四十軍棍，以示警戒。偏偏徐有得很不服氣，結果又被加打了四十軍棍。
不料四天後，徐有得傷重而死，事情一下子就鬧大了。江甦巡撫丁日昌為了表示自己公正，主動上奏，自請議處。此時他還不知道當天晚上在妓院參與打架的還有自己的兒子丁蕙蘅（時為候補道員）和佷子丁繼祖，後來知道事情經過後，後悔莫及，但也無可奈何。
朝廷將案件交給了兩江總督馬新貽處理。馬新貽接案後，倒也十分認真地秉公處理，但丁蕙蘅始終不肯來江寧投案，派人前去傳喚，丁日昌則推托說兒子夜里越牆逃匿，不知去向。而實際上，許多人親眼見到丁蕙蘅在巡撫衙門進進出出，毫無顧忌。這期間，丁日昌多次向馬新貽請托，希望他高抬貴手。馬新貽擺官架子，認為丁蕙蘅拒不投案是故意藐視自己，又因丁日昌是曾國藩親信，十分警惕，置之不理。
由于丁蕙蘅拒不到案，此案拖了將近一年也無法結案。馬新貽十分惱怒，決定強行結案，將丁炳、薛蔭榜、丁蕙蘅、丁繼祖等人都處以革職，並判出款一萬兩白銀以安置死者。丁蕙蘅仗著父親是江甦巡撫，堅持不肯歸案，馬新貽也有辦法處理，上奏請交朝廷議處。
四十天後，馬新貽遇刺。最可疑的是，馬新貽遇刺當天的閱射，按照慣例總督和巡撫都要參加，但江甦巡撫丁日昌卻並未到場。他已經在刺馬案發生前夕自甦州趕赴天津。不過，丁日昌趕赴天津卻是奉旨所為。當時，曾國藩處理天津教案不力，被全國上下痛罵，曾國藩感到難以支撐，便上奏請求另派大臣赴津協同辦案。于是清廷選中了有“洋務能員”之稱的江甦巡撫丁日昌。六月二十八日，清廷下諭令命江甦巡撫丁日昌赴津辦理教案，因其路遠，難以速至，又命工部尚書毛昶熙先赴天津。
奇怪的是，丁日昌接到諭令後，沒有立即趕赴天津，而是一直拖到七月十四日。當時，從甦州到達天津需要十天左右，也就是說，丁日昌是在馬新貽遇刺前十天就離開了甦州，並且剛好在刺馬案發生的前一天——也就是七月二十五日到達了天津。一下船，丁日昌便直奔直隸督署，與曾國藩密談良久。正是在當天，江寧大雨，馬新貽閱射未能成行。
第二天，七月二十六日上午，身在江寧的馬新貽被張文祥刺殺于回府衙的路上的時候，在天津，曾國藩正趕去回訪丁日昌，秘密交談了近一天。
第三天下午，馬新貽因傷勢過重而死時，曾國藩正在午睡，還在日記中記錄當時的心情是“心不能靜”。丁日昌隨後趕到直隸督署，二人又是一番密談，直到深夜。
刺馬案後，丁日昌一直滯留在天津，直到朝廷讓曾國藩回任兩江總督的上諭到達。當時曾國藩處理天津教案不當，“殘民媚外”，備受中外抨擊，回任兩江總督能夠將他從泥潭中拉出來，絕對是一件好事。但曾國藩與心腹反復商議後，決定以身體多病為理由，固辭兩江總督。不料朝廷的態度十分堅決，有病也必須去兩江。
曾國藩處理天津教案，其實是挺公正的，但當時那種漢人處處被洋人欺壓的氛圍之下，一代重臣也只能淪為了炮灰，為自己輝煌的履歷表上留下了一記敗筆。
1870年（同治九年）4、5月間，天津發生多起兒童失蹤綁架的事件。6月初，天氣炎熱，疫病流行，育嬰堂中有三、四十名孤兒患病而死，每天有數百人到墳地圍觀，挖出孩子的尸體查看。于是民間開始傳言“外國修女以育嬰堂為晃子，實則綁架殺死孩童作為藥材之用”等荒謬謠言。
1870年6月20日，一名被居民扭送官府的匪徒武蘭珍口供中又牽連到教民王三及望海樓天主堂。于是民情激憤，士紳集會，書院停課，反洋教情緒高漲。第二天清晨，天津知縣劉杰帶人犯武蘭珍去教堂對質，發現該堂並無王三其人，也沒有武蘭珍所供的席棚柵欄，“遍傳堂中之人，該犯並不認識，無從指證”。故證明，以為對教堂和仁慈堂的誤解誤會，但此時群眾已經無從分辨真假。
回到刺馬案上來，日復一日，刺馬案的頭緒也越來越多，盤根錯節，牽涉太廣。僅以上五種傳聞，就牽扯上了回王、湘軍、天地會、洋教士、陳國瑞、醇親王以及丁日昌。
張文祥又一直反復在翻供，見著誰咬誰，審理案件的人又不敢用大刑，畢竟這事已經捅破了天，搞得全天下的人都知道了，上面又不停的在催問，是想弄清楚，也不想弄清楚，最後不得不草草結案，至于最後，大家誰都不知道誰是幕後的真凶，此案就那麼不了了之。
同治十年（1871）二月十五日，離馬新貽刺殺的日期--清同治九年（1870）七月二十六日，整整過了半年之後，曾國藩奉旨監斬，在江寧小營刑場將張文祥凌遲處死，並摘心致祭。馬新貽四弟馬新 為了增加張文祥的痛苦，定制了一把刀、一把鉤，交給劊子手作行刑之用。凌遲重刑，數十年難得一見，有人說只“扎八刀”，有點臠割的意思就行了，有人說要用“魚鱗剮”，一片片細切。而張文祥則是介乎其間，用定制的鉤子 住皮肉往上一拉，快刀割切，鉤一下，割一下，自辰至未，方始完事。
在殘酷的處刑過程中，張文祥始終未出一言，視死如歸，頗有英雄氣概。他的名字卻在史籍中被刻意改為“張汶祥”，“文”字加水，表示其江洋大盜的身份，有蔑視他的意思。
刺馬案受到牽連的還有不少人。張文祥的兒子張長福時年十二歲，也受到牽連，被閹割後發往新疆為奴。其女張寶珍、張秀珍因許嫁已定，並不知情，各歸本夫。督標中軍副將喻吉三因疏于防護，被革去提督餃，降二級調用。把總唐得金等人均因失職罪名被斥革。
刺馬案久審不能結案，刺客供詞閃爍，主審官員含糊其辭，前後審案官員多達五十余人，每次奏結均疑點重重，無法自圓其說。所以一時流言紛紛，各種傳聞迭起，飛短流長，更使得案情撲朔迷離。當年袁世凱年僅十五歲，竟然也十分好奇地去向參與會審的嗣父袁保慶（本為袁世凱叔父，袁世凱被過繼給他為子）探詢。（m.101novel.com）