超夢是在一座孤島的研究所里，由從化石中重新取得的夢幻（一種極為珍稀並一度被認為已經滅絕的神奇寶貝）的dna創造出來的。
超夢對于自己無非是一個試驗產品的觀念感到痛苦並摧毀了實驗室。
緊接著它遇到了火箭隊的首領阪木，後者提議超夢為其捕獲神奇寶貝，而作為交換阪木將幫助超夢控制其力量。
在接下來的數月里，超夢不斷被訓練，于阪木的道館中與挑戰者對戰並于野外控制神奇寶貝們以便于火箭隊捕捉。
超夢最終意識到阪木無非是將它當作了工具，隨即超夢摧毀了火箭隊總部。
在擊敗阪木後，超夢回到了它被創造出的島嶼並開始密謀對人類實施報復。
同時，小智一行人收到一封由快龍送來的神秘招待券。
招待券里面寫著‘你們是最被看好、最有前途的神奇寶貝訓練家，我以最強的神奇寶貝訓練家的身份，邀請你們來參加我的宴會’，于是好奇的小智一行向新島的神奇寶貝城出發。
當一行人到達港口時，卻因為天候不佳，前往新島的船只暫停行駛。
港口管理員波佳為了不讓神奇寶貝和他們遭到任何的意外，堅決不讓眾人出航，女警君莎也贊同波佳的看法。
海男、空男和小甜三人則是打算搭乘神奇寶貝渡海。
正當小智煩惱無法前往新島之際，港口出現了一艘小船，船上維京人打扮的船家答應在小智他們渡海。
正當眾人在海中央之時，突然一個大浪打來，讓操縱小船的船家露出了火箭隊的真面目。
小船被大浪打翻，小智和小霞趕緊叫出杰尼龜和寶石海星讓眾人抓住，向新島游去。
來到新島，超夢揭露了事實，小智一行人和另外三名訓練家超夢被選為‘最強的神奇寶貝訓練家’，後者制造了風暴來考驗他們的意志。
超夢斥責了他們與各自神奇寶貝的關系，小智和其余訓練家在目睹了超夢出于個人目的綁架了喬伊小姐後使用對超夢進行了挑戰。
超夢使用對應的克隆神奇寶貝輕易的打敗了他們，並開始使用特殊的神奇寶貝球對其進行了收服。
小智追逐著四處躲避的皮卡丘來到了小島的深處，並發現、摧毀了克隆機器。
爆炸使得所有克隆品被釋放，與此同時超夢下令它的神奇寶貝大軍擊敗所有島上的人類。
小智出于激憤攻擊了超夢，後者將其推開並打飛，緊接著之前偶爾出現並為超夢所吸引的夢幻救起了小智。
此時訓練家們的神奇寶貝們與其克隆品的野蠻戰斗徹底爆發，但小智的皮卡丘拒絕爭斗並訴諸于掌擊對手。
即使超夢與夢幻厭倦了拉鋸戰，訓練家們仍舊無法容忍這種殘酷無情的暴力。
為了速戰速決，超夢和夢幻積聚起所有剩余的力量拼死一搏。
但就在他們開火時，小智來到勇敢但絕望地來到場地中央試圖阻止戰斗。
兩者的致命一擊同時命中，小智化為石塊倒地不起。
在眾人束手無策之時皮卡丘使用了電擊，多次電擊無果，皮卡丘因力竭不得不停下。
意識到小智已逝，皮卡丘同在場的所有神奇寶貝們流下了眼淚。
他們的淚水匯聚在小智身上，神奇的治愈力量復甦了小智。
對于重聚欣喜若狂，皮卡丘擁入了小智懷中。
每個人都皆大歡喜，小智為救其他神奇寶貝們無私的義舉使超夢頓悟人與神奇寶貝相處的真諦，認識個體出生的方式不同並不意味著高下之分。
抹除了所有人的恐怖記憶後，它同夢幻、克隆的神奇寶貝們離開了小島……”
……
任務世界︰神奇寶貝•超夢的逆襲。”
世界等級︰s級。”
類型︰戰斗、系統。”
痛覺削弱度︰0。”
個人能力強化度︰0。”
目前場景探索度︰001。”
提示︰目前世界為s級世界，無法使用超過s級的能力。”
提示︰目前世界為系統世界，宿主將代替原主角進行任務。”
世界任務︰擊敗超夢，使其放棄復仇。”
世界任務完成後將返回現實世界進行評價及獎勵結算。”
……
系統提示結束後，林游而也是發現自己正在海邊的一座小島上休息，旁邊還有著哼著歌似乎很高興的小霞，以及正在煮著湯的小剛。
皮卡~”
jiogi~jiogi~”
哦，對了，還有兩只正在鬧騰著的神奇寶貝，比卡丘和波克比。
我說林游，你不要就這麼看著好不好，一起來幫忙啊。”
這時看著林游一直坐在椅子上一動不動的，小霞也是抱怨了一句。
嘛嘛！小剛對這種事可是很專注和自信的，我還是不要去打攪他了。”
林游笑道。
我看你就是懶！”
小霞直接道︰“真是無可救藥了你！”
明明料理做的那麼好吃的……”
而她的心里卻是在這麼想著。
不要一直麻煩林游了，有時候也該我來動動手了，煮湯和培養小精靈一樣，必須慢慢來，只有這樣才能讓湯的味道全部融入到每一滴湯汁中……”
小攤蹲在地上，慢慢的搖動著手中湯勺，不急不緩的說道。
我看等你煮好的話，我們都要餓死了……”
听著這話，看著這一幕的小霞也是再次抱怨了起來，唉，怎麼就攤上這麼兩個不靠譜的家伙了，像我小霞這樣的青春美少女，陪著這兩個家伙旅行就算了，現在吃個飯都要等……
喂！那邊的少年！”
這時，一道聲音突然從一旁響了起來。
林游轉身望去，就見到一個帶著紅頭巾、穿著黃色衣服的路人甲正指著林游這邊。
你就是那獲得了八枚徽章，來自真新鎮的林游吧！”
是這樣沒錯了。”
那麼，來一場小精靈對戰吧！”
嗯，好吧。”
林游點了點頭，站了起來。
剛才喊你那麼多次懶得動，現在怎麼起來了，真是太不把我小霞這個美少女放在眼里了！”
看著這一幕的小霞也是不爽道。
嘛嘛！別人都找上門來了，總不能拒絕吧，正好讓你們看看我之前新獲得的小精靈。”
(本章完)