某天，柯南在整理信件時，發現了一封寄給自己的信，原來是有名的建築師--森谷帝二邀請新一去參加他舉辦的茶會。
沒辦法以新一身份去參加的柯南，打電話要小蘭等人代替他去，但小蘭開出另一個條件，要新一和她在5月3日晚上十點一起去看電影。
原來5月4日那天是自己的生日啊!柯南都把這件事給忘了。
在茶會上小蘭和森谷帝二談起要和新一約會的事。
到了5月3日當天下午，小蘭便出門了，柯南在無可奈何之際，看見新聞說火藥庫的火藥被竊，而且最近發生了許多縱火事件，似乎都出自同一人之手。
而後這個犯人打電話給新一，聲稱手里有炸彈，要新一馬上到堤向津川綠地公園，不然就會有人死。
柯南用劃板迅速趕往公園，發現偵探團的孩子正在玩一架來由不明的轟炸機。
雖然柯南擊毀了飛機，但還是發生了爆炸。
這時罪犯又來電話，說3點在米花車站廣場會有炸彈爆炸，提示是在樹下。
柯南來到車站，發現原來炸彈是放在一個裝貓的寵物籃內，因為日語樹根和貓同音，但籃子被人拿走了。
柯南好不容易才追到籃子，可只剩20秒了，在倒數16秒這時記時器突然停了，但柯南剛把炸彈帶走一會兒就又開始跳動。
柯南將炸彈帶離人群，但炸彈還是爆炸了，他也受了傷，進了醫院。
在醫院里大家懷疑是新一的仇家干的，新一曾破的最有影響的案子是前西多摩市的岡本市長開車撞人案，那個市長因為此案而下台，西多摩市的市政建設計劃也因此而取消了……
不久犯人又來電話，聲稱在東京都環狀線上裝了5顆炸彈，在下午4點後，行駛的列車速度不滿60公里，或太陽下山了，那麼就會爆炸，提示是炸彈在“xx之x“，而偵探團的孩子也在車上。
柯南從太陽能想到，炸彈是在“鐵軌之間“，但事後發現用去的炸藥只是被偷的1/4。
白鳥警官發現幾處被破壞的建築都是森谷帝二30歲前設計的，大家來到森谷帝二家調查，柯南在他家的作品展覽室發現了西多摩市的市鎮建設計劃模型……沒多久柯南就使犯人露出了原形。
看似結束的事件卻尚未結束，犯人說他已把最大的炸彈放置在米花市政廳中了，而且……那不是小蘭正處在的地方嗎!此時離爆炸時間已所剩不多了……柯南盡全力來到大樓內，用電話聯系小蘭教她如何拆炸彈。
最後，只剩下兩條電線，到底應該剪哪條呢?是剪有小蘭和新一的幸運色的那條?還是……此時時間是5月4日零點!
柯南突然想到森谷帝二說的“三分鐘“才知道是帝二給他過生日的時間。
這時柯南無意中想起小蘭在帝二前說的她與新一的幸運色，一時才發現原來紅色的那根才是引爆線。
可是因為大樓的突然爆炸，使柯南被撞出門外，警員又踫巧救出柯南。
而最終小蘭剪掉了藍色的線，因為紅色的線是小蘭和新一最喜歡的顏色，她不想剪斷……”
任務世界︰名偵探柯南•引爆摩天樓。”
世界等級︰e級。”
類型︰戰斗、系統。”
痛覺削弱度︰0。”
個人能力強化度︰0。”
目前場景探索度︰001。”
提示︰目前世界為e級世界，無法使用超過e級的能力。”
提示︰目前世界為系統世界，宿主將代替原主角進行任務。”
世界任務︰拆除炸彈並保證相關人員存活。”
世界任務完成後將返回現實世界進行評價及獎勵結算。”
……
黑川先生一邊喝酒一邊打字的時候，卻被人從背後重擊頭部而死，凶器應該就是死者身旁的這個銅像……”
這時，林游周圍也是響起了一陣聲音，隨後他就發現周圍的人都好高大……額，好吧，又變成小孩子模樣了，而且還是替換了死神小學生的存在，嗯，回去後會不會帶上死神的特性，走哪哪死人？
但是有一點無法理解，這似乎是被害人留下的死亡訊息。”
這時的目暮警官也是站起身看著面前的電腦說道。
只是這個‘j’‘u’‘n’是什麼意思呢？”
哼哼……那當然實在說凶手！”
這時，一旁的毛利小五郎也是笑了笑說道。
什麼？！”
目暮警官很是驚訝。
而且凶手就在那三個人當中！”
毛利小五郎轉過頭看著對面的三人一臉自信道。
听著這話的三人也是一驚。
也就是，夫人黑川三奈女士，長子黑川大介先生以及女佣中澤真奈美，凶手就在這三人之中！”
很好，毛利老弟！”
听到這話的目暮警官也是大喜道︰“那麼，凶手到底是誰？”
殺害黑川大造的凶手就是……你！”
毛利小五郎指著黑川三奈女士大聲道，對此林游不由翻了個白眼，果然還是一如既往的不靠譜啊……
黑川先生留下的‘j’‘u’‘n’三個字母，就是英文的六月‘june’這個單詞的縮寫……”
毛利小五郎依舊一臉自信的解釋道︰“因為六月經常缺水，又名‘水無月’，也就是‘atsuki’，因此所指的就是三奈‘a’女士，而且你還……”
就算我實在六月出生，那又能證明什麼？你憑什麼說水無月就是指三奈？難道你想用這種無稽之談來指認我是凶手嗎！”
毛利小五郎還未說完，黑川三奈女士就是氣勢洶洶的對著他質問了起來。
那個，不是的……這只是基于理論上的推理……”
毛利小五郎也是尷尬道。
快要死的人有那閑工夫去做那麼麻煩的事嗎？”
這時目暮警官也是說道︰“要是我的話就直接寫下凶手的名字了。”
怎麼連目暮警官你也……”
毛利小五郎一臉我看錯你了的樣子看著目暮警官。
嘛嘛，果然最後還是要我這個主角登場……”
(本章完)