一個星期後，在全球理事會的官方授權下，甦啟正式就任NERV總司令一職。
他做的第一件事，就是以總司令的身份，正式簽署了由阿斯卡起草的，針對NERV內部的全面整肅令。
所有被查實與正木敬吾關系密切的中高層管理人員，全部被解除職務，移交TPC情報部門進行進一步審查。
而那些立場搖擺，試圖阻撓阿斯卡指揮的“牆頭草”，則被全部降職或調離核心崗位。
取而代之的，是一批在這次危機中表現出色，立場堅定的年輕技術骨干和作戰人員被破格提拔。
阿斯卡，則被甦啟正式任命為NERV的作戰部總指揮官，全權負責所有EVA機體和特戰隊的日常訓練與戰時指揮。
這一系列干脆利落的任命，在最短的時間內，將正木敬吾留下的“余毒”清除，也將NERV的實際控制權，牢牢地掌握在了甦啟自己的手中。
在完成了內部整頓後，甦啟將自己關進了私人實驗室，開始了他最重要的研究。
他面前的全息屏幕上，正反復播放著他昏迷前，初號機展開AT力場的最後幾秒鐘的戰斗數據。
“以生物電場為媒介，將‘心之壁’的概念編碼釋放，通過LCL溶液共鳴放大，最終實體化為排斥一切‘非我’的絕對領域……”
甦啟喃喃自語，眼中閃爍著痴迷的光芒。
那一次在絕境中的“腦內編程”，雖然成功，但更多的是依賴于他超負荷的爆發和一絲運氣。
那是不穩定、不可控、且難以復制的。
他現在要做的，就是將這次偶然的“奇跡”，移植到EVA上，變成可以被復制的常態。
一旦EVA擁有了AT力場，那麼他們的戰斗力會得到飛躍性的提升。
同時，能夠將一切“非我”排斥出去的AT立場，也能最大程度的保護自身，不會再像這次一樣，那麼簡單的就被比佐摩入侵、操控。
遠離塞迪克島數千公里外，一艘小型的深海潛航器，正悄無聲息地向著萬米深的海溝潛去。
潛航器的駕駛者，正是失蹤了的藤野信二博士。
在正木敬吾失敗的第一時間，他就意識到等待正木敬吾的將是極為不利的局面，而他自己，作為先生最核心的下屬，也絕不可能繼續安全地待在NERV。
他必須立刻逃走，逃到一個絕對安全的地方，為未來保留一份火種，一份能將先生重新救出來的希望。
所以他趁著所有人都沒注意的情況，利用自己手中的權限，悄無聲息地抹去了所有的出入記錄，搭乘著這艘緊急逃生潛航器，來到了這里。
這里，是正木敬吾最核心、最隱秘的資產之一，一座位于萬米深海，完全獨立于NERV和塞迪克集團之外的秘密海底基地。
它的存在，只有他和正木敬吾兩個人知道。
潛航器緩緩地與基地的水下閘門對接，經過數道復雜的虹膜和基因驗證後，藤野博士走了進去。
基地內部空無一人，只有應急的紅色燈光在閃爍，充滿了死寂與冰冷的氣息。
他穿過長長的走廊，最終來到了基地的最深處，一間充滿了渾濁LCL溶液的巨大環形培養皿前。
培養皿中，一個外形與初號機G1素體極為相似的，肌肉組織完全裸露的蒼白巨人，正靜靜地懸浮著，無數早已失去動力的機械臂和電極，如同枯萎的藤蔓，包裹著它的身軀。
它就是被正木敬吾曾經的“B計劃”，代號為“M1”的EVA素體。
一個與甦啟的G5素體截然不同，沒有經過任何“人性化”改造，保留了最原始、最狂暴的怪獸基因的“怪物”。
其實，正木敬吾在M1項目上投入的精力並不多，他的主要精力，一直都放在了成為“光之巨人”這個終極目標上。
在發現神光棒的秘密後，他更是干脆將這個項目全權交給了藤野，自己則全身心地投入到了對“光”的研究之中。
而藤野博士，雖然對正木敬吾忠心耿耿，但他並沒有甦啟那種近乎妖孽般的科研能力，在一次培育M1的過程中，M1素體暴走，龐大而混亂的精神力席卷了整個基地，殺死了基地里的所有人。
于是，這座耗資巨大的秘密基地，便被封存起來。
可如今，他卻不得不重啟這座基地，將所有的希望，都寄托在這具曾經帶來毀滅的失敗品上。
藤野博士看著培養皿中那具充滿了原始暴戾感的巨人，眼中閃過一絲復雜的情緒，有恐懼，有敬畏，但更多的是一種近乎偏執的瘋狂。
他喃喃自語︰“先生......您放心，我會用您留下的技術，將這具最狂野的身體，打造成一台只屬于您的，最強大的EVA。”
“這一次，我一定會成功。”
“然後，我會用它，將您從那些凡人的囚籠中，重新迎回這個世界。”
“到那時，您將再次君臨天下，完成您未盡的宏願。”
他打開了手中的手提箱，里面靜靜地躺著的，是M1素體後續培育所需的所有核心基因數據，以及……從“光之聖殿”中緊急搶救出來的，“光遺傳因子轉換器”的部分殘骸。
甦啟對于AT立場概念武裝化的研究，正在有條不紊的進行中。
然而，就在研究漸入佳境時，一個來意料之外的通訊請求，打斷了他的計劃。
“甦啟博士，”通訊那頭，是南原參謀那張嚴肅的臉，“被我們收押的正木敬吾，提出要見你，而且……是單獨會面。”
甦啟的眉頭微微皺起，他靠在椅背上，語氣平淡地問道︰“他有說什麼事嗎？”
“沒有，”南原參謀搖了搖頭，“他只說，他必須見你。”
甦啟聞言，嘴角勾起一抹冷笑。
都成了階下囚，還這麼強勢，還必須見自己？
他現在忙得焦頭爛額，根本沒興趣去見一個已經徹底失敗的野心家，听他那些不甘的咆哮。
“告訴他，我沒空。”甦啟準備直接掛斷通訊。
“等等，博士，”南原參謀的語氣突然變得有些古怪，“就在剛才，他又傳來一句話，讓我務必轉告給你。”
“他說……如果不想讓他向全世界泄露關于‘光之巨人’的秘密，那你可以不來。”
甦啟準備掛斷通訊的手，停在了半空中。
他的眉頭，瞬間皺了起來。
這是赤裸裸的威脅！
甦啟很清楚，正木敬吾口中的“光之巨人的秘密”，指的絕不是他自己，而是大古。
雖然他不知道正木敬吾究竟掌握了多少關于大古的情報，但僅僅是“迪迦奧特曼的人間體是TPC勝利隊隊員圓大古”這個消息，一旦被他公之于眾，將會引發何等恐怖的輿論海嘯，用屁股想都能想到！
一個可以自由變身為“神”的人，生活在普通人之中，這對那些多疑的政客和民眾而言，是絕對無法接受的。
大古會變成全世界關注的焦點，變成無數勢力想要研究、控制、甚至解剖的“活體標本”。
他將永無寧日。
甦啟沉默了良久，最終，他緩緩地吐出兩個字︰
“我去。”