高維能量的暫時撤退，為眾人爭取了寶貴的準備時間。林峰召集核心成員，在時空穿梭艦內召開緊急會議，制定二次探索混沌區域的詳細計劃︰林峰、本源中立體、原始尊者組成 “核心解析組”，負責深入研究混沌祭壇與黑色晶體，尋找高維能量的弱點；雷暴與星辰使者帶領 “防御組”，駕駛五艘加固後的穿梭艦，在祭壇周圍建立防御圈，阻擋虛無能量的突襲；滄瀾與水瀾組成 “支援組”，留在能量穹頂，隨時通過能量網絡傳遞支援能量，同時監控高維裂縫的動態。
為應對高維能量的滲透，眾人對裝備進行全面升級︰將混沌符文融入時空穿梭艦的外殼，形成 “混沌防護層”，抵御虛無能量的侵蝕；在雙心核心中嵌入三枚核心混沌符文，增強四法則能量與混沌能量的共鳴；為每位守護者配備 “混沌能量結晶”，在能量透支時可快速補充能量，同時抵抗高維意志的壓制。
準備過程中，暗物質神域的支援隊伍終于抵達，帶來了充足的暗物質能量與新型防御武器 ——“暗物質湮滅炮”。這種武器能將暗物質能量轉化為湮滅能量，對虛無能量有極強的克制作用。“有了暗物質湮滅炮，我們的防御能力至少能提升三倍！” 雷暴興奮地測試武器威力，湮滅能量擊中模擬的虛無能量球，球體瞬間消散，沒有留下任何痕跡。
一切準備就緒，二次探索隊伍乘坐五艘時空穿梭艦，緩緩駛入混沌區域。與第一次探索不同，此次混沌區域的時空紊亂更加嚴重，周圍漂浮的混沌符文閃爍頻率加快，仿佛在傳遞某種警示信號。“大家小心！高維存在可能在暗中觀察我們的行動！” 林峰通過通訊器提醒眾人，同時將雙心核心中的混沌符文能量釋放，在穿梭艦周圍形成一道淡彩色的防護屏障。
穿梭艦行駛到一半時，突然遭遇一股強烈的高維能量滲透 —— 原本穩定的混沌防護層出現細小裂痕，艦內的儀器開始失控，屏幕上滿是雜亂的高維符文。“是高維能量在干擾我們的設備！” 星辰使者快速操作控制台，將混沌能量注入儀器，暫時恢復設備正常運行。本源中立體則釋放中立法則能量，修復防護層的裂痕︰“高維存在不想讓我們靠近祭壇，他們在通過能量滲透阻止我們！”
林峰立刻調整計劃，讓防御組的三艘穿梭艦留在後方，用暗物質湮滅炮清除周圍的高維能量，為核心解析組的穿梭艦開闢通道。湮滅炮的光芒在混沌區域中閃爍，高維能量被不斷清除，核心解析組的穿梭艦速度明顯加快，很快就抵達混沌祭壇附近。
此時的混沌祭壇與第一次探索時截然不同 —— 祭壇表面的混沌符文亮度大幅降低，黑色晶體釋放的虛無能量中，高維能量的佔比明顯增加，晶體表面甚至浮現出細小的高維符文。“高維存在在強化虛無核心的力量！” 原始尊者的臉色變得凝重，他能感受到，黑色晶體中的高維能量正在快速積累，若不及時阻止，恐怕會引發劇烈爆炸，徹底摧毀混沌祭壇。