新那美克星的歡慶之夜，布爾瑪的緊急通訊突然打破了難得的寧靜。全息投影中，膠囊公司的實驗室警報閃爍，布爾瑪的臉色蒼白如紙︰“檢測到一股未知能量正以超光速向地球逼近！能量圖譜...和之前的暗物質完全不同，但破壞力卻呈指數級增長！”
悟空將手中的那美克星果放下，金色瞳孔泛起警惕的光芒︰“又是新的敵人？看來我們連喘口氣的時間都沒有。”貝吉塔擦拭著嘴角殘留的銀色能量，冷笑一聲︰“正好，本王子還沒打夠！”悟飯握緊拳頭，紫金色紋路微微發燙，比克則望向宇宙深處，綠色皮膚下的氣開始躁動。
就在眾人準備啟程時，一個裹著銀色斗篷的神秘人突然出現在新那美克星的廣場。他手中握著古樸的青銅羅盤，羅盤指針瘋狂旋轉，指向遙遠的星系。“尋找神仙大人的宇宙船？你們需要先解開雲澤比特的謎題。”神秘人的聲音沙啞而飄忽，斗篷下露出的半張臉布滿奇異的星圖紋路。
“你是誰？！”貝吉塔瞬間出現在神秘人面前，銀色氣焰卷起碎石，“少在這里故弄玄虛！”神秘人卻不慌不忙地掀開斗篷，露出胸前瓖嵌的翡翠色水晶，水晶中隱約浮現出一艘流光溢彩的宇宙飛船︰“我是雲澤比特的引路人，只有通過我的考驗，才能找到能對抗未知威脅的‘聖輝方舟’——那是神仙大人遺留的終極兵器。”
悟空走上前，眼神中帶著好奇與謹慎︰“考驗？具體是什麼？”神秘人輕揮羅盤，地面突然升起十二座刻滿古老文字的石碑︰“每座石碑對應一道謎題，關乎宇宙的起源、生命的真諦、力量的本質。解開全部謎題，方舟的坐標自然顯現。但記住...一旦失敗，你們的意識將永遠困在謎題空間。”
克林撓撓頭，苦笑道︰“怎麼感覺比和敵人戰斗還難？”但眾人沒有退縮，決定分頭破解謎題。悟飯走向刻著“生命”字樣的石碑，手掌剛觸踫到碑文，周圍的空間突然扭曲，他置身于一片荒蕪的星球，無數瀕死的生物向他伸出手。紫金色紋路自動亮起，悟飯感受到內心深處的共鳴︰“生命的意義...是守護與傳承。”隨著光芒閃過，石碑上的文字化作流光融入羅盤。
另一邊，貝吉塔面對“力量”的謎題。他被傳送到重力千萬倍的空間，暗物質怪物不斷襲來。王子怒吼著將銀色氣焰提升到極致，卻發現攻擊毫無效果。當他放下驕傲，開始思考如何與環境協作時，空間突然崩塌，謎題解開的提示音響起。“哼，力量不是蠻力，而是智慧與意志的結合。”貝吉塔擦去嘴角的血跡，眼神中多了一絲思索。
最棘手的是“時間”謎題。特蘭克斯踏入石碑空間後，發現自己回到了過去的地球，弗利薩的艦隊正在肆虐。他本能地想要變身戰斗，卻發現時光機的能量正在飛速流逝。“不能改變歷史...但可以找到關鍵線索！”特蘭克斯利用對歷史的了解，在弗利薩的飛船上找到了一枚古老的時間寶石，成功破解謎題。
當最後一座石碑的光芒融入羅盤，神秘人發出滿意的笑聲。他將羅盤高舉過頭頂，翡翠水晶迸發出耀眼的光芒，宇宙星圖在眾人眼前展開。“你們通過了考驗，聖輝方舟位于人馬座旋臂的裂縫深處。但記住，那里被時空亂流和混沌結界包圍，就算找到了飛船，沒有相應的鑰匙...”神秘人話音未落，突然化作光點消散，只留下一塊刻著“希望”二字的金屬牌。
眾人不敢耽擱，立刻啟程。穿越時空亂流時，貝吉塔的銀色紋路多次被撕裂，悟空的界王拳引發的後遺癥也開始復發。但當他們終于看到懸浮在裂縫中的聖輝方舟時，所有疲憊都化作了震撼——那艘飛船通體散發著柔和的金色光芒，船身雕刻著與神殿相似的符文，船頭瓖嵌的水晶球中，隱約可見神仙大人的虛影。
“就是這里！”悟飯正要靠近，飛船周圍突然升起混沌結界，無數暗物質觸手將眾人困住。更糟的是，之前檢測到的未知能量體提前抵達，一個渾身纏繞著暗紫色閃電的巨人出現在眾人面前。他的身體由液態金屬構成，每一次揮動手臂，都能引發空間折疊。
“渺小的蟲子們，妄想用方舟對抗我？”巨人的聲音如同重金屬踫撞，“我是混沌仲裁者•澤諾斯，來收割你們的宇宙！”他抬手凝聚出足以吞噬星系的能量球，而此時的眾人，還在與混沌結界苦苦掙扎。
千鈞一發之際，悟飯手中的“希望”金屬牌突然發光。聖輝方舟的水晶球與之共鳴，一道金色光柱將眾人籠罩。當光芒散去，悟空、貝吉塔、悟飯等人的身上浮現出與飛船符文相同的鎧甲，手中各自出現一把散發著神聖氣息的武器。
“這是...方舟的認可？！”悟空握緊金色長槍，感受到體內涌動的力量。貝吉塔撫摸著銀色光刃，嘴角勾起久違的瘋狂笑容︰“澤諾斯，準備好承受賽亞人的怒火吧！”悟飯的紫金色紋路與鎧甲融為一體，他的背後展開巨大的光翼，眼神中充滿必勝的信念。
戰斗在時空裂縫中爆發。澤諾斯的暗紫色閃電與眾人的神聖光芒激烈踫撞，聖輝方舟也啟動了防御系統，發射出淨化光束。但澤諾斯的力量遠超想象，他的身體在攻擊中不斷重組，甚至吸收了部分方舟的能量。
“這樣下去不行！”悟空突然大喊，“大家把力量集中到悟飯身上！他的紫金色力量能淨化混沌！”眾人會意，金色、銀色、藍色的能量如潮水般涌入悟飯體內。少年的光翼暴漲到百米之長，他將所有力量匯聚成一把巨大的光劍，沖向澤諾斯︰“為了地球，為了新那美克星，還有所有的生命——給我消失！！”
光劍斬下的瞬間，時空裂縫開始崩塌。澤諾斯發出不甘的怒吼，身體在淨化之力下灰飛煙滅。聖輝方舟的艙門緩緩打開，一個神秘的聲音在眾人腦海中響起︰“歡迎，宇宙的守護者們。是時候讓方舟的力量，再次閃耀銀河了...”
而在宇宙的另一頭，那雙始終窺視著一切的巨眼再次轉動。更龐大的暗物質軍團正在集結，新的危機，正披著神秘的面紗，緩緩向z戰士們逼近...