三年時光匆匆流逝，原本寧靜的“綠之家”被怪物全面入侵，居民們被迫背井離鄉，踏入充滿未知危險的外界。林晚晴望著懷中漆黑如怪物的小女孩，滿心都是糾結與痛苦，她曾動過殺念，可終究狠不下心。而沈星河竟奇跡般還活著，這些年他將小女孩悉心撫養長大。林晚晴只能遠遠守望，內心滿是疑惑，為何小女孩出生就似怪物，她懷疑是自己的欲望作祟 。當那群神秘人現身，激活了小女孩體內的怪物力量，從那以後，林晚晴便給小女孩戴上手套，生怕她被壞人利用。
甦念安被救起，驚訝地發現救自己的人是沈星河，才明白之前誤以為是甦念晨救自己是個誤會。沈星河神情冷漠地轉身離開，小女孩無法相信沈星河的態度，她滿心厭惡人類，覺得人類就像自己的媽媽一樣，總是傷害自己。沈星河得知她們的房子起火，心頭涌起不祥預感，急忙朝著船上狂奔而去。小女孩能敏銳感應到林晚晴對自己的不喜，這讓她對人類更加難以產生好感。
林晚晴回到船上，卻因火勢太過凶猛而暈倒。曾經那只小小的怪物出現，一心想要救她，卻因體力不支也受了傷。沈星河趕到時，看到她們暈倒在地，趕忙將她們救下。林晚晴醒來後滿心自責，她覺得自己想要殺死小女孩的念頭被察覺了，實在無法接受自己的孩子是怪物這一事實。
沈星河將昏迷的林晚晴安置在臨時搭建的避難所，小女孩蜷縮在角落，漆黑的指尖無意識地摳著地面，留下道道焦痕。突然，避難所外傳來金屬摩擦的刺耳聲響，沈星河警惕地抄起自制長矛，卻見一個身披殘破機甲的身影緩緩走來——是失蹤已久的陸野。
“小心！他身上有神秘人的能量波動！”甦念安突然從暗處沖出，手中的激光切割器直指陸野。陸野摘下頭盔，露出半邊機械義體，眼中閃爍著詭異的藍光︰“我是來幫你們的。”他扔出一枚數據芯片，里面是神秘人基地的全息地圖，“小女孩的怪物形態，是他們用遠古基因庫改造的實驗品。”
林晚晴掙扎著起身，抓住芯片的手微微顫抖︰“你怎麼知道這些？”陸野沉默片刻，機械義眼投射出一段記憶畫面︰實驗室里，神秘人首領正對著巨大的培養艙獰笑，艙內漂浮的胚胎赫然與小女孩有著相同的黑色紋路。
就在這時，地面突然劇烈震動，無數藤蔓破土而出纏住避難所。小女孩驚恐地尖叫，身上的怪物紋路開始瘋狂蔓延。沈星河將她護在身後，卻發現藤蔓在接觸到小女孩的瞬間，竟轉化成散發著惡臭的黑色液體。陸野神色凝重︰“是神秘人的追蹤孢子，他們知道我們的位置了。”
甦念安迅速啟動隨身攜帶的干擾器，可孢子群卻像有了智慧般，避開干擾區域繼續逼近。林晚晴突然抓住小女孩的手︰“試試用你的力量！就像那次保護我一樣！”小女孩眼中閃過一絲猶豫，隨即周身爆發出耀眼的金光，所有孢子在光芒中化為灰燼。
遠處傳來神秘人的冷笑，無數飛行器遮蔽了天空。陸野展開機甲的防護罩︰“往西南方向跑，那里有個廢棄的地下城。”沈星河背起林晚晴，甦念安墊後，一行人在怪物與炮火中拼命奔逃。而小女孩回頭望向天空，金色瞳孔中倒映著神秘人的標志，記憶深處似乎有什麼正在甦醒……
救援行動與意外沖突，陳勇毅決心去救林宇軒，周明遠派許博士與他一同前往，吳嘉城也主動請纓加入。神父組織告解會，林詩瑤在會上盡情發泄心中的不滿與壓抑，她對神父的故事充滿好奇，可神父卻沉默不語，沒什麼可說的。趙隊長察覺到事情不對勁，便找林詩瑤幫忙。
陳勇毅一行人出發前往栗島營救林宇軒，途中許博士去上廁所時驚動了怪物，雙方瞬間展開激烈打斗，誰也沒注意到許博士偷偷拿走了怪物的東西。與此同時，甦小棠誤給宋子謙吃了毒蘑菇，導致他中毒，差點丟了半條命。
張叔一直喜歡林詩瑤，卻遭到拒絕。一次偶然，張叔听到奇怪的聲音，周明遠等人隨後發現體育館內藏著怪物。周明遠神色凝重，警告大家不要輕易相信任何人，甚至親手割傷手臂，讓大家時刻保持警惕，千萬別被怪物吞噬。趙隊長對此提出質疑，可關鍵時刻突然停電了，大家都沒看到，周明遠割傷的手臂竟自動愈合了。
栗島的密林中，陳勇毅一行人與怪物的打斗聲驚起無數飛鳥。吳嘉城舉著自制火把擋在前方，火光映照出許博士藏在背包里的神秘物體——那是一枚散發著幽綠色光芒的晶體，表面紋路如同活物般蠕動。“快跟上！”陳勇毅斬斷纏來的藤蔓，卻沒發現許博士悄悄將晶體揣進懷中，眼中閃過一絲陰鷙。
另一邊，基地內氣氛愈發詭異。林詩瑤在停電瞬間摸到了周明遠愈合的手臂，冰涼的觸感讓她毛骨悚然。恢復供電後，她將此事告知趙隊長，兩人決定暗中監視周明遠。而張叔仍不死心地跟在林詩瑤身後，無意中听到周明遠在廢棄儲物間與神秘人通話︰“實驗體即將甦醒，該執行b計劃了......”
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栗島上，眾人終于找到囚禁林宇軒的洞穴。然而洞內空無一人，只留下滿地干涸的血跡和刻在岩壁上的奇怪符號。許博士突然癲狂大笑，晶體爆發出強烈光芒，無數觸手從地下鑽出將眾人纏住︰“你們以為真能救人？栗島本就是培育怪物的溫床！”關鍵時刻，吳嘉城用匕首刺向許博士手中的晶體，爆炸產生的沖擊波將眾人掀翻在地。
基地這邊，周明遠察覺到事情敗露，啟動了體育館的防御系統。巨型鐵門轟然落下，將林詩瑤和趙隊長困在中央。四周牆壁裂開縫隙，數十只變異怪物蜂擁而出。千鈞一發之際，張叔舉著從廚房搶來的液化氣罐沖進戰場︰“詩瑤！帶著其他人走！”隨著一聲巨響，火光吞噬了張叔和大部分怪物，林詩瑤含淚轉身，卻看見周明遠帶著一隊神秘人站在安全區，手中拿著控制怪物的遙控器。
而在爆炸的余波中，昏迷的陳勇毅恍惚間看到一個熟悉身影——本該被囚禁的林宇軒渾身浴血，眼神空洞地站在懸崖邊，身後是密密麻麻的怪物大軍，天空中更有無數不明飛行物朝著基地方向飛去......
栗島探險與未知恐懼，歷經一年，栗島已重回原始叢林的模樣。陳嘉遠和林景行分成兩組行動，可雙方都遭遇了詭異之事。子航突然被攻擊並被帶走，兩組之間的信號也被切斷。許博士四處亂跑，竟闖進了怪物孵化窩，看到巨大的怪物蛋，他興奮不已。陳嘉遠趕忙提醒他別踫任何東西，當務之急是去找梓軒。林景行聯系不上陳嘉遠，慌亂中眼睜睜看著子航被怪物帶走，這一幕差點讓他精神崩潰。雨薇趕緊使勁拉住林景行，將他帶到安全的地方。
甦若璃奄奄一息，全身被嚴重燒傷，陸承安急忙將她帶到葉知夏所在之處。老周對陸承安充滿懷疑，直接開槍射擊，葉知夏見狀，用小棠威脅老周。小棠經過一番思考，想通了，拉著老周離開，說不想再管他們的事。周正再次產生幻覺，他在鏡子里看到了另一個自己，怪物的模樣在他腦海中浮現，讓他不禁想起女兒和妻子的死，內心滿是愧疚。
在栗島深處，許博士不听勸阻，伸手觸踫怪物蛋表面黏液，瞬間被一道猩紅光束籠罩。無數細小的怪物幼體從蛋中鑽出，順著他的手臂瘋狂鑽入體內。陳嘉遠揮刀砍向怪物群，卻見許博士身體開始膨脹變形，皮膚下凸起蠕動的腫塊，最終化作一只渾身長滿尖刺的巨型怪物，發出震耳欲聾的嘶吼。
與此同時，林景行和雨薇躲在廢棄的研究所里，發現了一本沾滿血漬的日記。日記顯示，栗島本是秘密生物實驗基地，而他們尋找的梓軒，竟是最重要的活體實驗樣本。還沒等他們反應過來，牆壁轟然倒塌，一只形似章魚的怪物伸出觸須將雨薇纏住，林景行舉起信號槍扣動扳機，刺眼的光芒暫時逼退怪物，卻也暴露了他們的位置。
在基地這邊，甦若璃在葉知夏的救治下勉強保住性命。陸承安看著她布滿燒傷的臉龐，暗暗發誓要查出真相。此時，老周和小棠在撤離途中，發現了周正與神秘組織的通信記錄，原來他一直在暗中協助對方進行怪物培育實驗，而他的幻覺，正是逐漸被怪物基因侵蝕的征兆。
當老周憤怒地質問周正時，周正突然暴起攻擊，他的手臂化作利爪，眼中閃爍著詭異的紅光。混亂中，小棠為保護老周被劃傷，傷口處迅速浮現黑色紋路。陸承安等人趕到時，只看到倒在血泊中的老周，和已經徹底怪物化的周正。而小棠躲在角落，身體正發生著可怕的異變。
栗島上，陳嘉遠在與變異的許博士戰斗時，意外觸發了基地的自毀程序。倒計時開始的警報聲中，他與林景行等人會合，卻發現梓軒已被改造成半人半機械的怪物，眼神空洞地執行著神秘組織的指令。在爆炸的轟鳴聲中，眾人帶著重傷的梓軒拼命逃亡，身後的栗島化作一片火海，而更大的危機，正朝著幸存者們悄然逼近......
栗島的爆炸聲如悶雷滾過海面，陳嘉遠背著昏迷的梓軒跌跌撞撞沖向海岸。林景行舉著燃燒的樹枝開路，卻在沙灘上發現密密麻麻的黑色腳印——那些腳印邊緣帶著黏液，蜿蜒向停泊在礁石後的快艇。
“有埋伏！”雨薇話音未落，子彈突然穿透她頭頂的樹干。陳嘉遠將梓軒推進掩體，轉身時看見數十個蒙著防毒面具的人從陰影中走出，為首者舉起擴音器︰“交出實驗體，饒你們不死。”林景行這才驚覺，梓軒機械義眼正閃爍著詭異的紅光，像是某種信號發射器。
另一邊，小棠的手臂傳來撕裂般的疼痛，黑色紋路順著血管爬向心髒。陸承安死死按住她，將許博士遺留的晶體按在她傷口上。晶體接觸皮膚的瞬間，所有快艇突然爆炸，火光中爬出無數蜘蛛狀機械體，金屬腿摩擦地面的聲響令人頭皮發麻。
甦若璃在廢墟中翻出一台老式收音機，滋滋啦啦的電流聲里，傳來沙啞的冷笑︰“栗島不過是開胃菜，你們每個人……都是鑰匙。”話音未落，收音機炸成碎片。林景行突然頭痛欲裂，記憶如潮水涌來——他曾被綁在手術台上，戴著白大褂的人拿著注射器靠近他的脖頸。
周正的怪物形態再次出現，這次身後跟著大批變異者。老周臨終前砸毀的監控器突然自動重啟，屏幕上浮現許博士的臉——他的半邊身體已替換成金屬，機械臂正操控著蜘蛛群。“游戲才剛剛開始。”他的聲音混著電流刺進眾人耳膜，“你們以為自己是幸存者？不過是被圈養的實驗品罷了。”
陳嘉遠握緊沾著怪物血液的匕首，發現刀刃竟在微微發燙。小棠的異變紋路在晶體作用下開始消退，但她的瞳孔深處閃過一抹不屬于人類的幽綠。許博士的機械大軍逼近時，天空突然降下暴雨，雨水沖刷著沙灘，露出地下埋藏的巨大石碑——上面刻滿了與梓軒機械義眼相同的符號。
“這些年你們尋找的‘真相’，其實是場騙局。”許博士的投影掃過眾人，最終定格在小棠身上，“而她，才是打開‘深淵計劃’的關鍵……”話音未落，遠處傳來警笛聲。眾人望著警車閃爍的紅藍燈光，不知這場暴雨，究竟是救贖，還是更黑暗陰謀的開始。
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