在失去陳岩的巨大悲痛中，林悅帶領反抗組織繼續追查生化危機的根源。通過破解深海議會殘留的數據，他們發現一切災難的背後，指向位于南美洲雨林深處的神秘組織“普羅米修斯”。這個組織表面上是致力于生態保護的國際基金會，實則在雨林腹地的地下實驗室中，進行著將人類基因與遠古生物融合的瘋狂實驗。
林悅等人深入雨林後，發現這里的生態系統已被徹底扭曲。樹木表面長滿蠕動的觸須，溪流中潛伏著形似鱷魚卻長著翅膀的“鱷翼獸”，而空氣中彌漫的孢子會讓人產生強烈的幻覺。更詭異的是，當地原住民感染病毒後，變異成了擁有預知能力的“先知者”，他們在叢林中搭建祭壇，將活人獻祭給所謂的“雨林之神”。
隨著探索的深入，小隊遭遇了普羅米修斯的精英部隊“基因獵手”。這些士兵的身體經過基因改造，不僅擁有超強的自愈能力，還能根據戰斗環境切換不同的生物特性︰有人的皮膚能瞬間硬化成甲殼，有人則能像變色龍一樣隱身。在與基因獵手的交鋒中，小雨展現出驚人的黑客天賦，她黑入對方的神經控制系統，短暫擾亂了敵人的行動節奏。
在一座古老的瑪雅神廟遺址下，林悅等人發現了普羅米修斯的核心實驗室。巨大的培養艙中浸泡著融合恐龍基因與人類dna的“始祖體”，一旦甦醒，將釋放足以毀滅大陸的遠古病毒。而實驗室的監控畫面顯示，普羅米修斯的首領——一位自稱“造物主”的神秘人，正在策劃一場全球性的“基因淨化”計劃，他妄圖通過病毒篩選出“完美人種”，重塑人類文明。
為了阻止病毒釋放，林悅帶領小隊與基因獵手展開殊死搏斗。在戰斗中，林悅發現自己的變異能力與始祖體產生了共鳴，她能感知到對方的弱點。然而，“造物主”卻啟動了實驗室的自毀程序，同時派出更強大的生化兵器“利維坦ii型”追殺眾人。這只由深海巨獸基因改造而來的怪物，不僅擁有堅不可摧的外殼，還能噴射溶解一切的強酸。
在神廟即將崩塌之際，林悅冒險進入核心艙室，利用自身的變異能量與始祖體進行對抗。小雨則在關鍵時刻破解了“造物主”的防御系統，揭露了他的真實身份——竟然是保護傘公司的創始人之一，為了實現自己扭曲的“人類進化”理念，不惜制造一場又一場災難。
最終，林悅成功摧毀了始祖體，但“造物主”卻趁亂逃脫。當小隊從爆炸的神廟中死里逃生時，他們發現雨林中的病毒已開始向周邊國家擴散。更糟糕的是，暗網流傳出一段視頻，“造物主”站在一架巨型空天母艦前，身後是密密麻麻的病毒發射艙。林悅握緊拳頭，眼神堅定地看向遠方︰“下一次，我們絕不會讓他得逞。”
陳 蕭等人摧毀靖國神社地下實驗室的行動雖重創r國生化勢力，但殘余分子與國保護傘公司迅速勾結，在北海道的無人島重啟了代號“雪風”的復仇計劃。他們利用火山地熱構建新型實驗室，將t病毒與r國特有的寒地真菌基因融合，制造出能在極寒環境中極速傳播的“霜燼病毒”——感染者會在三小時內結晶化，破碎的冰晶隨風飄散後將繼續感染新宿主。
林悅帶領的反抗組織通過暗網截獲加密信息，得知敵人計劃在冬奧會期間，利用無人機群將病毒釋放到運動員村。當小隊偽裝成維修人員潛入北海道實驗室時，發現這里已被改造成一座冰雪堡壘，走廊遍布自動機槍與低溫陷阱，牆壁中還瓖嵌著被凍成標本的感染者，他們扭曲的面容仿佛在無聲控訴。
在實驗室核心區，眾人遭遇r國秘密部隊“緋櫻”的首領——曾在靖國神社事件中僥幸逃生的軍官佐藤信介。他的左臂已替換成裝載病毒噴射器的機械義肢，周身纏繞著冰晶構成的鎧甲，自稱是“淨化遠東的執行者”。戰斗中，小雨的無人機探測到地下深處隱藏著更大的危機︰保護傘公司正在培育結合恐龍基因與人工智能的終極兵器“蒼雷龍”，其骨骼由合金與病毒結晶構成，能通過電磁脈沖癱瘓整個城市電網。
林悅在與佐藤的對決中，意外激活了體內新的變異能力——她能短暫吸收環境中的冷能，將敵人的冰霜攻擊轉化為自己的護盾。但蒼雷龍的甦醒打破了戰局平衡，這頭機械巨獸破土而出，噴射的等離子吐息瞬間融化了半座島嶼。為爭取摧毀病毒儲存庫的時間，陳 蕭駕駛改裝後的雪地摩托引開蒼雷龍，在雪原上與巨獸展開生死追逐。
當林悅終于接近病毒核心時，發現啟動裝置竟與r國皇室血脈綁定——佐藤信介作為天皇遠親，正準備親自啟動全球感染程序。千鈞一發之際，小雨破解了基因鎖的後門，林悅趁機將自身變異能量注入系統，引發病毒容器的連鎖爆炸。爆炸產生的沖擊波中，蒼雷龍被撕裂成碎片，佐藤信介也在能量風暴中灰飛煙滅。
然而，撤離時衛星監測到，已有三架裝載病毒的隱身飛機突破防線。林悅看著手機里陳岩遺留的照片，眼神變得愈發堅毅︰“他們不會得逞。”此時，反抗組織的新據點傳來消息——在歐洲阿爾卑斯山深處，出現了保護傘公司更隱秘的生化要塞，那里或許藏著徹底終結這場危機的關鍵……
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從北海道死里逃生後，林悅等人追蹤著病毒飛機的信號，直抵阿爾卑斯山脈腹地。一座被冰雪覆蓋的巨型堡壘——“寒霜要塞”赫然矗立在冰川裂縫間，這座由保護傘公司與r國軍工企業聯合打造的移動基地，底部安裝著反重力引擎，可隨時遁入萬米冰窟。衛星掃描顯示，堡壘核心正運轉著能覆蓋全球的“基因廣播塔”，一旦啟動，所有攜帶t病毒基因片段的生命體都將被強制激活。
潛入過程中，小隊遭遇新型生化守衛“雪晶傀儡”。這些由感染者骸骨改造的機械體，周身覆蓋著能折射攻擊的菱形冰晶，其關節處噴射的液態氮可瞬間凍結目標。更棘手的是，堡壘內部的空氣循環系統持續釋放抑制變異能力的麻醉劑，林悅的能量吸收能力開始變得極不穩定。關鍵時刻，小雨利用從佐藤實驗室獲取的病毒樣本，逆向研發出能短暫強化變異效果的“覺醒血清”。
在堡壘的基因數據庫中，眾人發現了更驚人的陰謀︰保護傘公司通過數十年的基因測序，已鎖定全球12名擁有特殊抗性的“天選者”，林悅赫然在列。而r國勢力妄圖捕獲這些人，將其基因注入“寒霜病毒”，制造出只針對特定人群的滅絕性武器。此時，堡壘深處傳來轟鳴——基因廣播塔啟動倒計時開始，全球通訊網絡同步彈出神秘影像︰一位戴著鐵薔薇面具的女子冷笑著宣告“人類淨化計劃”正式啟動。
為阻止廣播塔，林悅與陳 蕭兵分兩路。陳 蕭帶領爆破組深入引擎室，卻遭遇r國王牌特工“雪女”的伏擊。此人能操控寒冰制造分身，戰斗中，陳 蕭的舊傷復發，被冰刃貫穿左肩。而林悅在突破重重關卡後，直面鐵薔薇面具下的真容——她竟是威廉•柏金失蹤多年的妻子艾琳娜，其身體已與g病毒深度融合，背後生長出如薔薇花瓣般的變異觸須。
在廣播塔即將充能完畢之際，林悅注射最後一支覺醒血清，強行吸收整個堡壘的能量，引發連鎖過載。艾琳娜在能量暴走中試圖同歸于盡，卻被突然出現的神秘組織“方舟”成員狙擊。此人留下一句“天選者的命運不該在此終結”後，駕駛飛行器消失在暴風雪中。隨著寒霜要塞沉入冰淵，林悅等人劫後余生，卻發現全球已有三座城市出現不明病毒爆發。更令人不安的是，暗網流傳出一段錄像︰南極冰層下，無數發光的巨型卵囊正在緩緩蠕動……
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