在小羽熟練的操持下，鍋鏟在爐灶前靈活舞動。僅僅半個小時，一桌豐盛的四菜一湯就新鮮出爐了。為何能如此迅速？原來小羽巧妙地同時啟用兩口鍋進行翻炒，雙手配合默契，食材在鍋中上下翻飛，烹飪節奏緊湊又有序。
很快，熱氣騰騰的飯菜被端上了桌。大木博士望著這一桌五顏六色的菜品，不禁眼前一亮。那盤火爆脆腸，色澤紅亮，脆腸被炒得恰到好處，光是看著就讓人垂涎欲滴；拍黃瓜清爽翠綠，散發著淡淡的蒜香；虎皮尖椒皮蛋獨具特色，尖椒的虎皮色與皮蛋的黝黑相互映襯，別具一番風味；脫衣花生顆顆飽滿，散發著誘人的香氣；還有那碗番茄蛋湯，金黃的蛋花與紅彤彤的番茄相互交融，湯汁濃郁，看著就十分開胃。
眼前這一桌精心烹制的菜肴，每一道都色香味俱全，散發著誘人的香氣，讓人光是看著，就已迫不及待地想要大快朵頤。大木博士也難掩期待，急忙拿起筷子，夾起一塊脆腸放入口中。剎那間，那美妙的滋味在口腔中散開，瞬間征服了他的味蕾。大木博士滿臉陶醉，不禁對小羽的廚藝贊不絕口。
兩人一邊品嘗美食，一邊愉快地聊天，氣氛輕松而融洽。就在這時，一陣急促的敲門聲突然響起，打破了這份愜意的氛圍。小羽起身去開門，只見門口站著氣喘吁吁的助手。助手一臉焦急，趕忙說道︰“盟主好！博士，研究所那邊出了緊急狀況，有幾只寶可夢突然陷入了奇怪的昏睡狀態！”
大木博士听聞，臉色瞬間變得凝重起來。他放下手中的筷子，匆匆對小羽說道︰“小羽，實在抱歉，看來這美食分享計劃得先暫停一下了，研究所那邊情況緊急，我得趕緊過去看看。”
小羽十分理解地點點頭，說道︰“爺爺，您先去忙，工作要緊。等您解決了問題，咱們再接著好好聊。”大木博士感激地看了小羽一眼，隨後便和助手快步離開了。
小羽望著他們離去的背影，默默收拾好餐桌。他心里想著，等大木博士回來，一定要再為爺爺做更多美味的菜肴，好好盡到自己作為孫子的責任。而大木博士在前往研究所的路上，腦海中還回味著剛剛那頓美食的味道，滿心期待著改日能再次品嘗到小羽為自己做的佳肴。
“想不到最後還是只有自己一個人。”小羽輕輕舉杯，發出一聲感慨。與此同時，研究所里正上演著一場驚心動魄的危機。
令人意想不到的是，“啟世”組織竟悄無聲息地安插了一名奸細潛入研究所。此人趁著寶可夢們在精靈球內提升實力之際，對它們下了毒。這一惡行讓整個研究所陷入混亂。大木博士和科研團隊們滿心疑惑，下毒之人究竟是如何突破精靈球的阻隔，精準地對球內的寶可夢下毒的呢？大家感覺有力無處使，個個愁眉不展。
那些不幸中毒的寶可夢，情況萬分危急。它們被困在精靈球里，根本無法脫身，身體機能還在持續下降。隨著時間的推移，寶可夢們的生命跡象越來越微弱。照這樣的形勢發展下去，它們很可能就會在精靈球中死去。這不僅是寶可夢們的悲劇，更是研究所科研事業的重大挫折，整個研究所都被一層沉重的陰霾所籠罩。
就在眾人都被難題困住，全然束手無策之時，小羽邁著沉穩的步伐走了進來。他一眼就瞧見大家個個愁眉不展，氣氛壓抑得厲害。小羽沒有多問，徑直走到一個精靈球跟前，緩緩伸手將其拿起。緊接著，他運轉起常磐之力，開始集中精神感應。
很快，小羽察覺到精靈球內的異樣。原來，里面的寶可夢體內積郁著一股陰森的黑氣。這股黑氣如同一頭貪婪的惡獸，正一點一點地蠶食著寶可夢的生機，照此下去，寶可夢必死無疑。
小羽心中一驚，這股黑氣竟讓他有種似曾相識之感。他微微皺眉，陷入沉思。沒過一會兒，他的眼神陡然一亮，終于想起來了。這不正是自己在帕底亞地區旅行途中，經過一處封印著某只寶可夢的地方時，所感受到的那股邪惡氣息嗎？那股氣息，當時就給他留下了深刻印象，如今再次察覺，背後究竟隱藏著什麼秘密呢 ？ 小羽決心探尋黑氣背後隱藏謎團他深知，若不弄清楚這股黑氣的來歷和解決辦法，將會有更多寶可夢遭受厄運。小羽平復了一下情緒，將精靈球小心放下，然後把自己的發現和曾經的經歷詳細地告知在場眾人。
這時，大木博士和南波博士提出要前往那個地方進行考察。然而，提議剛一出口，便被小羽果斷拒絕了。小羽神情嚴肅地表示，如今帕底亞地區已全線淪陷，完全被“啟世”勢力佔領。並且，“啟世”在當地部署的守衛力量不容小覷，他們甚至將災厄寶可夢釋放出來供自己驅使。這無疑讓前往帕底亞地區考察變得極為危險。
就在眾人圍繞此事爭吵不休時，阿克羅瑪憑借著他的細心，察覺到有幾個精靈球正在劇烈晃動。這一異常現象引起了他的注意，他趕忙招呼大家過來一同查看。精靈球的劇烈晃動究竟意味著什麼？眾人的目光紛紛投向那幾個晃動的精靈球，緊張的氣氛在空氣中蔓延開來，大家都期待著能從這一異常現象中找到新的線索。 眾人圍過來，看著晃動的精靈球滿心疑惑，不知即將從中出現的會是何種狀況 。
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小羽見狀，立刻施展常磐之力仔細查探。這一探，著實讓他心頭一驚。只見那幾個精靈球中的寶可夢，不知遭遇了何事，通體變得漆黑如墨，絲絲細微卻又令人膽寒的嗜殺之氣從它們身上彌漫開來。微微睜開的眼眸中，凶光閃爍，透著一股詭異而危險的氣息。
小羽瞬間反應過來，意識到這絕非普通的讓寶可夢死亡的毒，而是一種極其邪惡的病毒——能將己方寶可夢轉化為黑暗寶可夢的病毒。這幕後黑手的心思簡直惡毒到了極點，其心可誅！
小羽不敢想象，若是自己在毫不知情的狀況下，己方的戰士們自信滿滿地扔出精靈球，那些本應並肩作戰的寶可夢卻突然回頭，對自己的訓練家發起攻擊，那將會是多麼可怕的場景。這不僅會讓訓練家們措手不及，甚至可能帶來無法挽回的慘重後果。
就在眾人震驚之時，那幾個精靈球突然爆開，漆黑的寶可夢沖了出來，瘋狂地向周圍發起攻擊。研究所內瞬間陷入一片混亂，玻璃破碎聲、寶可夢的咆哮聲和人們的驚呼聲交織在一起。
他大喊道︰“大家別慌，一起想辦法對付它們！”
大木博士和其他科研人員也紛紛拿出自己的寶可夢投入戰斗。然而，黑暗寶可夢的力量十分強大，普通的攻擊對它們效果甚微。
小羽瞅準混亂時機，迅速從系統背包中掏出鴻鳴刀。緊接著，他施展出霸王色霸氣，如洶涌浪潮般朝著那群失控的黑暗寶可夢碾壓過去。剎那間，黑暗寶可夢們紛紛失神。就在這關鍵瞬間，小羽施展《傲寒六訣》中的“驚寒一瞥”，縱身躍至半空，居高臨下，匯聚全身力量猛地砍下，毫不猶豫地斬殺了一頭黑暗化的尼多王。
就在此時，超夢的身影出現在研究所里。原來是超夢察覺到了小羽釋放的霸王色霸氣，回想起小羽曾對它說過，一旦釋放霸王色霸氣，就讓它前來支援。于是，超夢憑借瞬間移動及時趕到。沒過多久，騎拉帝納和達克萊伊也匆匆趕來，這讓小羽所承受的壓力頓時減輕不少。與此同時，一同前來的蒼炎刃鬼肩負起保護一眾博士撤離的重任，它身姿矯健，時刻警惕著周圍的危險，守護著博士們安全離開這片混亂之地 。
沙奈朵也一同跟了過來。不過，它並未像超夢、騎拉帝納和達克萊伊那樣，直接投身與黑暗寶可夢的激烈戰斗之中，而是默默守護在小羽身旁，機警地觀察著四周的一舉一動。
就在此時，又有幾個精靈球“砰”地爆開。瞬間，一只黑暗耿鬼、一只黑暗雷丘、一只黑暗九尾以及一只黑暗拉達從球中竄出。原本剛剛稍有緩和的緊張戰局，剎那間又緊繃起來。
這四只新出現的黑暗寶可夢，氣勢洶洶地準備發動進攻。就在這千鈞一發之際，及時趕到的水君口中噴射出冰凍光束，精準地將它們凍結在原地。然而，冰凍的效果並未持續太久，沒過一會兒，這幾只黑暗寶可夢憑借自身強大的力量掙脫了冰塊的束縛。戰場上的形勢愈發嚴峻，各方的對峙也更加膠著，後續究竟會如何發展，誰也無法預料 。 黑暗寶可夢掙脫束縛後再次發起攻擊，超夢等全力迎敵，沙奈朵則守護小羽，戰況愈發激烈。
就在這千鈞一發之際，巨金怪、電擊魔獸和鴨嘴炎獸匆忙趕來。它們身姿矯健，毫不猶豫地沖入敵陣，與那些張牙舞爪的黑暗寶可夢纏斗在一起。激烈的戰斗瞬間爆發，寶可夢們的技能光芒交錯，吼聲震天。
小羽身處一旁，目光緊緊盯著戰場，心中十分焦急。他深知，一味地戰斗並非長久之計，必須從根源上解決問題。思索片刻後，小羽靈機一動，腦海中浮現出一個辦法——毀掉那些尚未轉化的黑暗寶可夢。只要阻止更多寶可夢被黑暗力量侵蝕，這場危機或許就能得到緩解。
于是，小羽緊握著鴻鳴刀，緩緩朝著精靈球走去。他目光堅定，卻又透著一絲復雜。走到近前，小羽猛地揮刀斬下，鋒利的鴻鳴刀將精靈球瞬間斬開。剎那間，里面的寶可夢現身了。小羽這才發現，這只寶可夢尚未完全轉化成黑暗寶可夢，它的神情滿是痛苦與掙扎。小羽高高舉起的刀，就這麼停在了半空，最終緩緩放下。他實在狠不下心對這痛苦的生靈下手，可理智又告訴他，若不除掉，這對己方無疑是個巨大的隱患。
就在小羽陷入兩難的猶豫之時，身後的沙奈朵突然行動了。它在自己面前畫出一個橘紅色的火焰圓環，緊接著，從口中噴射出紅橙色的熾熱火焰，直直朝著那只寶可夢攻去。火焰如洶涌的熱浪，持續不斷地包裹住寶可夢。沒過多久，寶可夢就在這強大的火焰中失去了生機。在生命的最後一刻，它用飽含感激的眼神看向沙奈朵，隨後緩緩咽下了最後一口氣 。
小羽愣。看著寶可夢徹底沒了動靜，他心里五味雜陳。沙奈朵靜靜地站在一旁，似乎明白小羽心中所想。這場面，讓小羽一時間有些不知所措，剛剛發生的一切太過突然。他緩緩蹲下，輕撫著地面，似乎想從這里找到一絲慰藉。鴻鳴刀還在一旁，刀身沾染的些許灰塵，見證著剛剛發生的激烈一幕。
小羽突然發出一聲長嘯，這突如其來的聲響把他自己的寶可夢都嚇了一跳。寶可夢們還以為小羽遭遇了什麼不測，瞬間分了神。就在這關鍵時刻，那些虎視眈眈的黑暗寶可夢瞅準時機，猛地發動攻擊，小羽的寶可夢們猝不及防，紛紛中招，受到了不同程度的傷勢。
此時，沙奈朵並未停下破壞精靈球的行動，一心專注于完成任務。而小羽呢，每當有寶可夢從精靈球里放出來，他便果斷將其擊殺。然而，局勢愈發棘手，期間又有幾只黑暗寶可夢從精靈球中竄出，讓場面更加混亂。就在小羽和他的寶可夢們陷入危機之時，風速狗如疾風般趕到，巨鉗螳螂揮舞著有力的鉗子，路卡利歐散發著強大的氣場，僕刀將軍也氣勢洶洶地沖了過來，它們毫不猶豫地加入戰斗，與小羽和他受傷的寶可夢們並肩作戰，共同對抗黑暗寶可夢的威脅。 它們憑借強大實力，與黑暗寶可夢展開一場激烈的殊死搏斗 。
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