兩年後，小羽的“零”組織在短時間內迅速崛起，與熔岩隊和海洋隊形成了三足鼎立的局面。武藏小次郎等人憑借小羽提供的寶可夢，很快在組織中立足，並逐漸嶄露頭角。隨著小羽和雅典娜的加入，“零”組織步入了飛速發展的軌道，猶如一顆新星在黑暗中閃耀。
在這期間小羽的寶可夢也添加了4名新成員，分別為叉字蝠閃光）、凱羅斯閃光）有進化石）、沙漠蜻蜓閃光）、狡猾天狗閃光）。
叉字蝠全身都是粉紅色，而翼的內側卻是青綠色的，翼上可以見到三個爪子。它的頭與腹部都結合在一起。它有兩對翅膀，形成一個“x”形。它下面的翅膀比上面的要小一些。它的眼楮是黃色的，瞳孔是橙色的，嘴巴則是一個三角形，頭上有兩個向後的耳朵。
【精靈】叉字蝠閃光）
閃光叉字蝠
【性別】♂
【等級】6521006500）
【屬性】毒、飛行
【資質】冠軍
【特性】精神力
【隱藏特性】穿透可以獲得穿過對面的的一種能力。）
【技能】十字毒刃、順風、劇毒、刺耳聲、吸取、超聲波、驚嚇、黑色目光、劇毒牙、快速防守、空氣利刃、咬住、黑霧、毒液沖擊、奇異之光、空氣斬、吸血、燕返、勇鳥猛攻、污泥炸彈、毒液陷阱
凱羅斯的身體是紫色的，頭上有二個大且長著小刺的角。它的牙齒是左右各一排牙刷狀的，每只手腳都有三個指甲。
【精靈】凱羅斯閃光）
異色凱羅斯
【性別】♂
【等級】6254006200）
【屬性】蟲
【資質】冠軍
【特性】怪力鉗物攻等級不會被弱化。）、破格無視對方特性效果，進行攻擊。）
【隱藏特性】自信過度
【技能】夾住、變硬、聚氣、綁緊、地球上投、蟲咬、山嵐摔、二連擊、借力摔、十字剪、怪力、劍舞、地獄翻滾、極落鉗、蠻力、劈瓦、守住、影子分身、居合斬、破壞光線、電光一閃
沙漠蜻蜓通體大致是綠色，頭上有著兩條藍色的觸角。他有著兩片綠色的翅膀，翅膀邊緣則是橙色的。尾巴有八節，由淺綠色和藍色交替構成。它的眼楮上還附有橙色的半球體構造，橙色的罩子可以保護眼楮不受沙子傷害。
【精靈】沙漠蜻蜓閃光）
閃光沙漠蜻蜓
【性別】♀
【等級】6814006800）
【屬性】地面、龍
【資質】冠軍
【特性】漂浮
【技能】逆鱗、龍之舞、挖洞、咬碎、撥沙、龍息、佯攻、驚嚇、地裂、蠻力、超音波、磨礪、咬住、重踏、龍爪、擲泥、流沙地獄、龍尾、刺耳聲、蟲鳴、沙暴、大地之力、地震、吵鬧、龍之俯沖、爆音波、流星群、熱沙大地
狡猾天狗的身體是棕色的，它長而毛茸茸的黃色鬃毛覆蓋了它臉的大部分。它有著長長的耳朵、很長且尖的鼻子和一張大嘴，里面有著總在咬緊的牙齒。它的眼楮是渾濁的黃色，有黑色的鞏膜和瞳仁。它的手是三片寬大的葉子，並且上面還有褐色的輻條。它的腳樣子很特別，外觀上類似高腳木屐。
【精靈】狡猾天狗閃光）
閃光狡猾天狗雄性）
【性別】♂
【等級】6528006500）
【屬性】草、惡
【資質】冠軍
【特性】葉綠素、乘風不受風的招式影響，當被風的招式擊中時，提升1級攻擊。）
【隱藏特性】順手牽羊受到直接攻擊時，它可以偷走攻擊者持有的道具。）
【技能】變硬、驚嚇、撞擊、光合作用、飛葉快刀、暴風、吹飛、葉刃、生長、滾動、神通力、超級吸收、擊掌奇襲、青草攪拌器、空氣利刃、吸取、突襲、大晴天、無理取鬧、大爆炸、以牙還牙、虛張聲勢、自然之力、日光束、飛葉風暴、地獄突刺、青草場地、種子機關槍
小羽在一片荒蕪的孤島上建立了名為“零”的基地。這個基地耗費了小羽巨大的財力，而今呈現出一座固若金湯的堡壘。它擁有眾多秘密的通道和龐大的地下系統，宛如一座迷宮。此外，這座神秘的基地還包括一個寶可夢訓練中心，其中設置了各種寶可夢的生活環境，猶如一個生態寶庫。同時，這里還配備有寶可夢研究所和精靈中心等設施，可以說是一應俱全。
在過去的兩年中，小羽與阿蓮娜、雅典娜一同游歷各地，收獲了不少簽到驚喜，同時也成功完成了許多系統發布的任務。最令他欣喜的無疑是將武藏和阿雅納入後宮，如今的小羽的實力已經極為強大。
【宿主】大木羽
【年齡】17
【等級】掌門偽）
【特殊能力】六勾玉輪回寫輪眼
【技能】頂級三色霸氣、水火風雷土陰陽忍術、木遁忍術、六道仙術、須佐能乎、飛雷神之術、飛天御劍流劍術
【精靈】騎拉帝納閃光）、班吉拉斯閃光）、大針蜂閃光）、巨鉗螳螂閃光）、暴鯉龍閃光）、暴飛龍閃光）、電擊魔獸閃光）、美納斯閃光）、快龍、風速狗閃光）、胡地閃光）、路卡利歐閃光）、洛奇亞、冰伊布閃光）、閃電鳥、巨金怪閃光）、鴨嘴炎獸閃光）、水君、化石翼龍閃光）、叉字蝠閃光）、凱羅斯閃光）、沙漠蜻蜓閃光）、狡猾天狗閃光）
【背包】大師球50、超級球680、神奇糖果200、經驗共享器、安撫之鈴、鴻鳴刀、傳說中的廚具八件套、手里劍∞、苦無∞
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