沙漠之戰結束後，三界迎來了短暫的安寧。陳陽四人回到混元宗修養，卻發現體內的靈力運轉依舊滯澀——混沌之力雖被驅逐，但殘留的暗傷如附骨之疽，始終難以痊愈。更令人不安的是，甦清瑤在推演天機時，玉簫頻頻發出悲鳴，預示著平靜之下正醞釀著新的危機。
果不其然，三日後，東海突然出現一座懸浮于海面的神秘大陣。大陣由九根刻滿古老符文的青銅巨柱支撐，柱身纏繞著若隱若現的暗紫色流光，每一次脈動都引發海水倒灌，沿海宗門紛紛派出弟子探查，卻無人生還。消息傳開後，三界震動，各大勢力蠢蠢欲動，都想爭奪這座蘊含強大力量的古陣。
"這股氣息......與混沌古樹有關。"陳陽握緊混元劍，劍身符文與遠處大陣產生共鳴，隱隱發燙。林婉望著翻滾的海面，青鸞真火在指尖躍動︰"不管是什麼陰謀，我們絕不能讓混沌之力再次蔓延。"四人不再耽擱，御劍朝著大陣疾馳而去。
然而靠近大陣時，他們卻被一股無形的力量阻攔。甦清瑤吹奏玉簫，音波觸踫到屏障的瞬間，青銅巨柱突然噴射出暗紫色光束，在空中交織成一張巨大的網，將四人困在其中。"這是上古困仙陣的變種！"秦逸揮動雷鞭試圖劈開光網，卻發現雷力被光束吸收，轉化為更強大的禁錮之力。
就在四人陷入困境時，虛空中傳來一陣陰笑，黑袍人的身影緩緩浮現——確切地說，是一團由混沌之力凝聚而成的虛影。"混元四杰，別來無恙？"虛影手中把玩著一塊陌生的玉牌，牌面刻著與大陣相同的符文，"這座"九淵歸墟陣"，正是為你們準備的葬身之地。"
陳陽運轉混元之力，試圖沖破禁錮，卻發現體內殘留的混沌暗傷突然發作，靈力如潮水般潰散。黑袍人見狀，笑得愈發張狂︰"在沙漠之戰時，我就將一絲本源之力種入你們體內。現在這陣法與你們體內的力量共鳴，就算是天道親臨，也救不了你們！"
林婉怒喝一聲，青鸞真火全力爆發，試圖焚燒光網。但火焰接觸暗紫色光束的剎那，竟詭異逆流，灼傷她的手臂。秦逸雷鞭狂舞，引動的雷霆被光束吞噬後，反而化作暗雷反擊。甦清瑤吹奏出破陣音波，卻見音波在空中扭曲成黑袍人的模樣，反過來攻擊自己。
千鈞一發之際，陳陽突然想起混元樹的古老記憶。他強忍著體內劇痛，將混元之力與淨世珠的淨化之力融合，在掌心凝聚出一道金色符文。符文閃爍間，與陣中的秩序符文產生共鳴，光網出現了一絲裂痕。"快！攻擊符文節點！"他大喊一聲，將符文打入最近的青銅巨柱。
林婉的軟劍、秦逸的雷鞭、甦清瑤的音波同時攻向巨柱上的符文。劇烈的爆炸聲中，一根巨柱轟然倒塌，光網出現了缺口。四人抓住機會，拼盡全力沖出了大陣。但黑袍人並未罷休，他揮動玉牌，剩余的青銅巨柱開始旋轉，大陣中央緩緩升起一個巨大的漩渦，漩渦深處，隱隱可見混沌古樹的虛影。
"你們以為逃得掉？"黑袍人獰笑著，"九淵歸墟陣一旦啟動，必將吞噬方圓萬里的靈氣，重新凝聚混沌本源。而你們......"他話音未落，陳陽已施展出混元瞬移，出現在他身後，混元劍帶著開天闢地之勢斬下。然而黑袍人的虛影卻如煙霧般消散，只留下一句話在虛空中回蕩︰"真正的好戲，才剛剛開始。"
大陣的威脅迫在眉睫，陳陽四人深知不能坐以待斃。他們開始研究破解之法，卻發現九淵歸墟陣與混沌古樹的本源緊密相連，唯有集齊四塊秩序殘章，再借助混元樹的力量，才有可能將其摧毀。但此時，另外兩塊殘章分別被神秘勢力掌控，一場圍繞秩序殘章的爭奪，即將在三界掀起新的腥風血雨......
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