三界重歸平靜後的數年，修真界表面祥和安寧，各大門派廣收門徒，靈氣復甦之地草木蔥蘢。然而在青鸞宗後山禁地，一株通體漆黑的樹苗正以肉眼可見的速度生長，樹皮上纏繞著紫色紋路，每片葉子都流轉著幽光，樹下堆積的落葉竟化作骷髏形狀。林婉例行巡查時，發絲突然不受控地纏向樹苗，驚覺異常後立即召集眾人。
陳陽指尖剛觸踫到樹苗，識海便炸開無數畫面︰修士們雙眼赤紅自相殘殺，宗門化作火海，而這棵樹在烈焰中瘋狂汲取魔氣。“是九幽余孽！”他猛地抽回手，發現指尖已結出黑色冰晶，“混沌心魔雖滅，但它將怨念種入天地靈脈，如今在各處生根發芽。”話音未落，天空突然飄來墨色烏雲，雲層中傳來孩童嬉笑，卻透著刺骨寒意。
烏雲化作萬千黑蝶俯沖而下，蝶翼扇動間釋放出腐蝕靈氣的毒霧。甦清瑤玉簫吹奏《清風曲》試圖驅散，音波卻被黑蝶組成的漩渦吞噬；秦逸長劍燃起祝融殘火，金色光芒剛觸及蝶群，火焰便轉為詭異的幽藍。林婉軟劍舞出赤色劍幕，朱雀虛影卻被黑蝶撕成碎片，劍身上浮現出細密的裂痕。
更糟的是，附近的修士被毒霧沾染後，瞳孔變成豎瞳，手持兵器沖向眾人。這些被控制的修士招式狠辣，且能巧妙避開自身要害，陳陽銀針雖能暫時擊退，卻無法根除他們體內的魔氣。“它們在消耗我們的靈力！”陳陽急速翻閱識海中的《九幽真解》殘韻，發現黑蝶翅膀的紋路與混沌心魔的怨念波動一致。
此時，漆黑樹苗突然發出尖嘯，樹干裂開血盆大口，無數藤蔓如觸手般襲來。藤蔓表面布滿眼楮與嘴巴，噴出的紫色黏液能瞬間腐蝕法寶。林婉的軟劍被黏液觸踫後，劍身寸寸碎裂；秦逸的長劍也出現凹痕，雷獄本源之力竟無法灼燒藤蔓。危機時刻，陳陽將體內靈氣注入銀針，以《九幽真解》道韻為引，刺入樹苗根部符文節點。
樹苗發出痛苦的嘶吼，藤蔓開始收縮。然而，烏雲中傳來一陣狂笑，一個身著黑袍、懷抱漆黑燈籠的身影踏空而來。黑袍人面容被陰影籠罩，燈籠表面刻滿猙獰面孔，每盞燈籠都囚禁著修士的魂魄。“你們以為斬斷靈脈就能根除魔氣？”黑袍人聲音忽男忽女，“這些‘九幽之種’，本就是你們道心裂隙中滋生的惡念！”
黑袍人揮動燈籠，被控制的修士眼中紅光暴漲，聯手結出魔陣。地面浮現出血色符文，形成巨大的牢籠將眾人困住。甦清瑤玉簫吹奏《破陣曲》，音波沖擊符文卻反震回來；林婉與秦逸發動道韻共鳴，雙生熾焰在牢籠中四處踫撞，卻無法突破。陳陽強運功法探查，發現符文核心竟是眾人曾經壓抑的恐懼與欲望。
“他在利用我們的心魔！”陳陽咬破舌尖保持清醒，“唯有直面恐懼，才能破局！”他率先沉入識海，面對自己對力量失控的擔憂，以道韻將其淨化；林婉則再次經歷青鸞宗覆滅，這次她揮出蘊含新生之意的一劍；秦逸直面屠戮蒼生的幻象，用雷獄本源將心魔劈成齏粉；甦清瑤在音道盡毀的絕望中，重新領悟到聲音的本質。
隨著眾人道心穩固，牢籠符文開始崩解。黑袍人見狀，將所有燈籠拋向樹苗，漆黑樹苗瘋狂吸收魔氣，化作百丈高的魔樹。樹冠遮蔽天空，樹根如巨蟒般破土而出，纏繞住附近的山峰。魔樹張開巨口，噴出的黑色霧氣所到之處，岩石化為齏粉，靈氣凝結成冰。
“以心燈為引，焚盡虛妄！”陳陽雙手結印，識海中的《九幽真解》道韻化作一盞金色心燈。林婉、秦逸與甦清瑤也同時凝聚心燈，四盞心燈的光芒相互呼應，金紅光芒與純淨靈氣融合，形成驅散黑暗的曙光。心燈光芒所到之處，黑蝶消散，被控制的修士恢復清明，魔樹的藤蔓開始枯萎。
黑袍人發出憤怒的嘶吼，自身化作萬千黑霧融入魔樹。魔樹力量暴漲，樹干上浮現出混沌心魔的面孔，它揮動樹枝，掀起遮天蔽日的魔氣風暴。陳陽高呼︰“道韻共鳴，萬法歸心！”四人將心燈之力注入道韻，金紅光芒化作一柄蘊含天地大道的光劍，直刺魔樹核心。
光劍與魔樹相撞的瞬間，天地劇烈震顫。魔樹發出淒厲的慘叫，身體開始崩解，化作漫天黑色碎片。黑袍人在消散前留下狠話︰“只要人心有暗，九幽便永不消亡！”戰斗結束後，陳陽撿起軟劍殘片，望著逐漸消散的魔氣深知︰這場與心魔的戰爭，將是永恆的修行。而在世界的另一處，新的“九幽之種”，正在悄然萌發……
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