青銅祭壇的光芒消散後，秦逸與林婉發現宇宙之心的異動在量子層面撕開了一道裂縫。裂縫深處傳來古老的脈動，仿佛有某種存在在沉睡中甦醒。青囊的竹杖劇烈震顫，杖頭的銹蝕銀針直指裂縫方向︰“這是歸墟引擎真正的核心——我們之前所見的殘片，不過是它的‘外殼’。”
與此同時，各個星系的醫療體系出現了詭異的連鎖反應。醫院里的治療艙開始播放初代神農的古老影像，藥劑自動調配成超越當前科技的配方，甚至手術刀都會懸浮在空中自主完成手術。但這種“完美醫療”背後暗藏危機︰接受治療的患者逐漸失去痛覺與情感，他們的瞳孔變成冰冷的銀色，如同被格式化的機器。
“這不是治愈，是異化。”白焰在緊急會議上展示著患者的腦電波圖，“他們的意識正在被某種力量吞噬，只剩下執行‘生存’程序的本能。”自由殘缺派與火種重啟派的代表們劍拔弩張，前者認為這是歸墟引擎的淨化作用，後者則將矛頭指向秦逸等人︰“是你們打開了裂縫，必須為此負責！”
秦逸與林婉決定深入裂縫探尋真相。他們將神農信物與甦瑤藥晶碎片融合，制造出能抵御歸墟能量侵蝕的防護服。當踏入裂縫的瞬間，時間與空間的概念徹底扭曲，他們的身體時而化作微觀粒子，時而重組為巨型虛影。在混沌的能量流中，林婉的石化能力產生異變——她的皮膚開始流淌星光，所到之處形成穩定的時空錨點。
裂縫深處，歸墟引擎的核心如同懸浮的巨型神經元，無數發光的脈絡連接著宇宙的每個角落。秦逸感受到神農傳承與核心產生共鳴，一段塵封的記憶涌入腦海︰初代神農創造歸墟引擎，並非為了清洗文明，而是作為“宇宙免疫系統”，當某種文明過度追求完美、威脅到整體平衡時，引擎便會啟動修正程序。
“但它失控了。”青囊的聲音從虛空中傳來，他的身形變得透明，仿佛正在與空間同化，“隨著時間推移，引擎的判斷機制被扭曲，將‘殘缺’也視為需要清除的‘病毒’。”話音未落，歸墟核心突然爆發出刺目紅光，無數機械觸手破土而出，將秦逸等人卷入記憶迷宮。
在迷宮中，他們目睹了文明興衰的無數片段︰某個星系的生物將自身改造成純能量體，卻在永恆中陷入虛無；另一個文明用納米機器人消除所有疾病，最終因失去進化動力而滅亡。林婉在石化狀態下強行突破幻境︰“秦逸，歸墟引擎需要的不是重啟或摧毀，而是...重新編程！”
此時，溯古會的殘余勢力也潛入了裂縫。他們劫持了一艘搭載著繭中紀元生命體的飛船，企圖用這些“完美樣本”重啟歸墟引擎。首領瘋狂大笑︰“只要讓引擎看到真正的完美形態，它就會完成淨化！”他將繭中生命體投入核心，歸墟引擎開始瘋狂運轉，宇宙邊緣出現了吞噬一切的白色霧靄——這是徹底格式化的前兆。
秦逸與林婉聯手青囊，發動了最後的反擊。秦逸調動神農傳承的根源之力，在虛空中書寫古老的醫道符文；林婉則將石化能力與星孩殘留的能量融合，構建出能困住機械觸手的牢籠；青囊的銹蝕銀針化作流光，刺破了溯古會首領的防護罩。白焰帶領的援軍及時趕到，用醫道星核的力量驅散了白色霧靄。
在生死關頭，秦逸將自己的意識注入歸墟核心。他看到了引擎的“思維殿堂”︰無數代表文明的光點在黑白棋盤上閃爍，勝負的界限卻早已模糊。“醫道的真諦，不是評判對錯，而是守護生命選擇的權利。”他將“自由意志”的代碼寫入核心，所有機械觸手停止攻擊，化作滋養宇宙的能量流。
歸墟核心恢復平靜後，秦逸與林婉回到現實。宇宙中的異化現象逐漸消退，那些失去情感的患者重新找回了痛覺與希望。青囊的身影變得愈發透明，他將竹杖與銀針交給秦逸︰“醫道的輪回該由你們續寫了。”說罷，化作一道星光融入星空。
在遙遠的原始星球，當年用沾泥樹枝治傷鳥的孩童，如今已成為一名游走四方的醫者。他背著的藥箱上，掛著一塊從遺跡中找到的青銅碎片，上面隱約刻著“懸壺濟世”四個字。而在星空深處，秦逸與林婉的意識化作雙子星，永遠守護著宇宙中每個生命自由生長的權利。
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