混沌之種的危機平息後，秦逸與林婉並未迎來預想中的安寧。宇宙暗網突然流傳出一段加密影像︰林婉石化期間的意識曾被熵蝕會截取，她的記憶深處藏著足以重啟歸墟引擎的“女媧密鑰”。這則消息如投入死水的巨石，讓剛剛結盟的自由殘缺派與火種重啟派再次陷入猜忌，各方勢力的目光重新聚焦在林婉身上。
“他們不會放過我的。”林婉輕撫著仍未完全恢復的石化手臂，月光透過飛船舷窗灑在她蒼白的臉上，“女媧密鑰根本不存在，可沒人會相信。”秦逸將她輕輕攬入懷中，神農傳承的溫厚力量順著掌心流入她體內︰“有我在。我們先去觀星閣遺址，那里或許藏著破解記憶封印的線索。”
然而，當他們抵達時，觀星閣廢墟已被神秘組織“織夜者”佔領。這些身著銀黑戰甲的戰士周身纏繞著量子絲線，所過之處空間如布料般被割裂重組。“秦逸，林婉。”為首的織夜者掀開面罩，露出半張機械義臉，“交出女媧密鑰，否則你們將永遠困在時間褶皺里。”話音未落，無數銀絲如蛛網般籠罩過來，將兩人拖入扭曲的時空夾縫。
被困在時間亂流中的秦逸與林婉，發現自己不斷穿梭在過去與未來的片段中。他們目睹了初代神農創造醫道星核的場景，也看到了某個未來里宇宙被機械文明吞噬的末日景象。在一個破碎的時空中，林婉突然抓住秦逸的手︰“你看！”只見年幼的林婉正在接受神秘老者的傳承，老者手中握著的玉牌，竟與秦逸在青山村獲得的神農信物一模一樣。
“這不是巧合。”秦逸運轉醫道之力，試圖穩定紊亂的時空，“我們的命運從一開始就被編織在一起。”就在此時，時空裂縫中傳來白焰的呼喊。原來白焰感應到兩人的危機，帶著剩余的醫道星核趕來。星核的光芒與秦逸的神農之力共鳴，在亂流中開闢出一條通道，三人終于脫困。
織夜者的真實目的逐漸浮出水面。他們是一群被熵蝕會改造的“時間難民”，因承受不住混沌能量的侵蝕，企圖利用女媧密鑰重啟歸墟引擎，將時間撥回宇宙初始狀態。首領的機械義眼閃爍著瘋狂的紅光︰“只有歸零，才能終結所有痛苦！”他操控著時間絲線，將整片星域的時間流速調至極致——恆星的誕生與毀滅在剎那間循環，行星如塵埃般湮滅重生。
林婉的記憶封印在時間風暴中意外松動。她頭痛欲裂地抱住腦袋，大量陌生的信息涌入腦海︰女媧密鑰確實存在，卻是初代神農為防止醫道力量被濫用而設下的“偽鑰匙”，其真正作用是觸發歸墟引擎的自毀程序。“原來...我們一直被謊言推著走。”林婉虛弱地笑了笑，眼中卻燃起堅定的光，“這次，該由我們來書寫真相。”
秦逸、林婉與白焰兵分兩路。白焰帶著星核吸引織夜者的主力，在不斷變幻的時空戰場中游走；秦逸與林婉則直搗織夜者的母艦，尋找解除時間禁錮的核心裝置。途中，林婉石化的手臂突然產生共鳴，指引他們來到存放時間引擎的艙室。艙室內，巨大的齒輪裝置正在吞噬星辰的光芒，每一次轉動都伴隨著時空的震顫。
“讓我來。”林婉走上前，石化的手掌按在齒輪表面。她的意識順著紋路深入引擎核心，卻發現內部藏著無數被困在時間循環中的靈魂。“他們都是被熵蝕會拋棄的實驗品...”林婉哽咽著，調動體內殘留的星孩能量，“不能再讓悲劇延續。”她將神農醫道與星孩之力融合，在時間洪流中開闢出一條救贖之路，被困的靈魂如飛鳥般四散而逃。
與此同時，秦逸與織夜者首領展開生死對決。首領的時間絲線愈發凌厲，將秦逸的戰甲割裂出無數傷口。千鈞一發之際，林婉完成了對時間引擎的逆轉。齒輪開始反向轉動，失控的時間流速逐漸恢復正常。首領看著自己逐漸消散的身體，終于露出解脫的笑容︰“或許...我們從一開始就錯了。”
當一切塵埃落定，秦逸與林婉站在修復後的觀星閣遺址上。林婉將“女媧密鑰”的真相公之于眾，宇宙各方勢力終于放下猜疑。白焰帶來消息，那些被解救的時間難民在星核的幫助下，正在重建家園。“醫道的意義，終究是守護生命的可能。”秦逸握緊林婉的手，遠處，新生的恆星正在星雲中閃爍，如同希望的燈塔。
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