混沌種子崩解後的余波如暗流涌動，在多元宇宙的底層空間撕開無數細小的裂縫。在以「光影鑄界」維系平衡的「映輝宇宙」中，光明與黑暗的邊界開始滲出血色暗紋，神聖的光之堡壘表面爬滿暗紫色藤蔓，將純淨的光芒扭曲成腐蝕一切的紫光。暗夜里，陰影生物獲得詭異的實體，它們吞噬光線，將城市拖入永夜。
「量子拓撲宇宙」遭遇了顛覆性危機。維系空間結構的量子節點被暗紫色物質侵蝕，穩定的蟲洞網絡開始瘋狂坍縮與重組。星球在扭曲的空間中被撕扯成量子碎片，科學家們的理論模型全部失效，整個宇宙的拓撲結構瀕臨瓦解，隨時可能墜入無序的量子泡沫之中。
文明樹網絡的監測根系在宇宙各處瘋狂顫動，金色的脈絡中浮現出不祥的暗紫色斑點。最新掃描顯示︰那些曾被摧毀的裂變孢子在量子層面發生重組，于空間裂縫中凝結成「虛痕晶簇」。這些晶簇以超越光速的速度增殖，其釋放的波動正在篡改宇宙的基礎常數。不完美之種殘留的意識在湮滅前，發出最後的悲鳴︰「虛痕滲透...規則重構...」
雷恩召集全宇宙最頂尖的智者與戰士，啟動「淨痕行動」。但虛痕晶簇的存在超越了常規物理法則，傳統武器對其完全無效。光影操縱者莉婭帶領團隊奔赴映輝宇宙，她們攜帶的「光蝕稜鏡」能將光線轉化為切割能量，卻在面對暗紫色藤蔓時，反而被其吸收強化。深入光之堡壘後，團隊遭遇由扭曲光影組成的「蝕光巨影」，它的每一次揮動利爪，都能將空間切割成流動的暗物質。
量子拓撲學家維克多率領小隊進入量子拓撲宇宙，試圖用「拓撲錨定儀」修復坍縮的節點。他們駕駛的「維度織網號」戰艦在混亂的時空亂流中如孤舟，維克多發現虛痕晶簇會將所有秩序能量轉化為加速拓撲崩潰的催化劑。他冒險提出「逆拓撲共鳴」方案，利用空間的無序性反制晶簇的侵蝕。
雷恩親自帶領精銳部隊，深入空間裂縫核心。這里漂浮著無數宇宙的殘骸，暗紫色的虛痕晶簇如惡性腫瘤般生長，混沌原始意志的殘識化作纏繞晶簇的鎖鏈︰「雷恩，虛痕是宇宙的傷疤，而你們正在加速它的潰爛！」
映輝宇宙中，莉婭的團隊在廢墟里尋得古老的「原初光核」。當她們將光核能量注入光蝕稜鏡時，純粹的金色光芒與暗紫色侵蝕激烈對抗，蝕光巨影的身軀開始崩解。但在接近光之堡壘核心時，所有暗紫色藤蔓突然匯聚成「永夜囚籠」，將整個宇宙的光明徹底隔絕。
量子拓撲宇宙里，維克多的小隊成功啟動逆拓撲共鳴裝置，暫時穩定了部分節點。然而在清除虛痕晶簇時，晶簇突然釋放出「量子坍縮波」，所到之處，物質瞬間退化為基本粒子。一名隊員為保護裝置，將自己的意識上傳至系統，以數據形態與坍縮波展開對抗。
雷恩在裂縫核心與混沌意志展開殊死搏斗，他將全宇宙文明對秩序的渴望注入存在之劍，斬出「秩序重鑄斬」。金色劍光與暗紫色晶簇踫撞，卻引發晶簇的瘋狂增殖。危急時刻，他引導文明樹傳遞的本源之力，凝聚成「溯源之光」。當光芒照亮虛痕晶簇的核心，終于發現其與混沌核心存在量子糾纏。
混沌意志見狀，強行引爆所有虛痕晶簇。暗紫色的能量如海嘯般席卷而來，試圖將多元宇宙徹底重構。雷恩當機立斷，指揮各小隊將淨化能量通過文明樹網絡匯聚，同時發動存在之劍的「混元歸零斬」。金色光芒與暗紫色能量劇烈踫撞，爆發出足以撕裂時空的力量。最終，虛痕晶簇在光芒中開始崩解，但混沌意志的殘笑仍在虛空中回蕩︰「混沌的印記...永遠無法消除...」戰後，宇宙千瘡百孔，雷恩深知，這場與混沌的戰爭，注定是一場沒有終點的守護。
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