混沌核心遁入宇宙深處後，幸存的文明在滿目瘡痍中艱難求生。以「基因傳承」維系文明的「靈樞宇宙」里，生物的dna鏈被殘留的混沌能量侵蝕，新生的生命出現詭異的畸變，古老的物種在變異中滅絕。基因學家們的實驗室淪為戰場，他們研發的穩定藥劑被混沌污染，反而加速了生物的異化。
「能量矩陣宇宙」則陷入了能源枯竭的絕境。曾經縱橫交錯的能量傳輸網絡支離破碎，暗紫色的腐蝕痕跡爬滿巨型能量站。殘存的機械生命體為爭奪最後一點能源相互廝殺，宇宙中回蕩著金屬踫撞的轟鳴與程序崩潰的哀嚎。
在這片絕望的廢墟中，文明聯盟發射的「火種核心」在虛空中漂泊百年後，墜入一顆荒蕪的行星。核心內部儲存的全宇宙文明記憶與科技結晶，意外激活了行星深處的神秘力量——地底涌出金色的「本源之泉」，其散發的光芒不僅治愈了行星的荒蕪，更在地表生長出連接各個維度的「文明樹」。樹的枝葉閃爍著不同宇宙的文明符號，根系則深深扎入時空的裂縫。
雷恩通過宇宙守望者聯盟的監測網絡發現異常，帶領團隊前往調查。他們抵達時，發現來自不同宇宙的幸存者已聚集在此，圍繞文明樹自發形成新的聚落。但混沌的陰影並未遠去，暗紫色的孢子順著時空裂縫滲透而來，感染了部分靠近樹根的居民，將他們轉化為無意識的「混沌傀儡」。
基因學家薇爾帶領團隊在靈樞宇宙研發「基因淨化劑」，卻發現混沌對dna的影響已深入量子層面。他們冒險提取文明樹分泌的金色汁液，與淨化劑融合，創造出能修復基因損傷的「靈樞血清」。但在量產過程中，混沌傀儡突然發動襲擊，試圖摧毀實驗室。薇爾與隊員們以血清為武器，在戰斗中發現混沌傀儡的弱點在于對高頻基因共振波的敏感。
能源工程師洛克斯在能量矩陣宇宙重組能源網絡，利用文明樹產生的特殊能量波動，設計出「混沌抗性矩陣」。新的能量站以金色晶體為核心，能將暗紫色的混沌能量轉化為純淨動力。然而，當他們試圖啟動最大的「曙光能源樞紐」時，潛伏在矩陣深處的混沌病毒突然爆發，將整個樞紐的控制系統篡改。
雷恩在文明樹聚落建立「新方舟指揮部」，協調各宇宙的重建行動。他發現文明樹不僅是物質能量的源泉，更是連接不同文明意識的橋梁。通過樹的共鳴，他召集全宇宙的智者進行精神對話，共同探討對抗混沌的新策略。但混沌原始意志的殘識悄然入侵精神網絡，化作蠱惑人心的低語︰「你們不過是在廢墟上搭建沙堡，混沌終將再次吞噬一切。」
靈樞宇宙中，薇爾的團隊駕駛裝備「基因共振炮」的飛船，對混沌傀儡的巢穴發動總攻。當共振炮的金色光束擊中巢穴核心時，暗紫色的感染源突然分裂成無數孢子，向宇宙擴散。千鈞一發之際，文明樹投射出金色屏障，將孢子盡數攔截。
能量矩陣宇宙里，洛克斯與隊員們深入被病毒控制的曙光樞紐。他們利用混沌抗性矩陣的特性，編寫了一段「遞歸淨化程序」，將病毒引入無限循環。在程序運行的關鍵時刻，樞紐核心的混沌能量暴走，一名隊員為保護主系統，將自己的機械意識與程序融合，以數據形態對抗病毒。
雷恩在精神網絡中追蹤混沌意志的殘識，發現其根源連接著混沌核心的方位。他凝聚全宇宙文明通過文明樹傳遞的信念之力，在虛空中勾勒出「溯源坐標」。當金色的坐標光芒亮起時，混沌核心在遙遠的星域產生共鳴，透露出危險的波動。
戰後，新的文明在文明樹的庇護下逐漸繁榮，但雷恩知道，混沌核心的威脅如同一把懸在頭頂的達摩克利斯之劍。他將文明樹的種子送往各個宇宙，建立起星羅棋布的「文明燈塔」，同時組建「混沌獵人」小隊，踏上了尋找並徹底摧毀混沌核心的征途。而在宇宙深處，暗紫色的核心正積蓄著力量，等待著向新生文明發起致命一擊的時機。
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