混沌之子崩解後的碎片如暗紫色流星墜入多元宇宙的各個角落，看似平靜的表面下，危機正以量子糾纏的方式悄然蔓延。在以「光影塑形」為文明根基的「映輝宇宙」，維系世界運轉的「光明熔爐」突然滲出黑色黏液，將投射出的實體光影扭曲成猙獰的怪物。藝術家們的塑形畫筆沾染混沌之力，畫出的風景瞬間化作吞噬生命的深淵，整個宇宙陷入光影顛倒的恐怖循環。
與此同時，「數據靈體宇宙」遭遇了前所未有的災難。由0和1構築的靈體們突然感染暗紫色病毒，他們的核心代碼被篡改，從智慧生命墮落為瘋狂的「數據吞噬者」。宇宙中的信息網絡崩解成混亂的數據流，存儲著文明記憶的量子圖書館燃起暗紫色火焰，所有珍貴的數據在烈焰中化為虛無。
文明聯盟新搭建的監測網絡頻繁報錯，量子雷達捕捉到詭異信號︰那些散落的混沌碎片正在以超光速傳遞信息，它們彼此呼應，在星圖上勾勒出一張逐漸成型的暗紫色巨網。不完美之種遺留的應急程序突然啟動，投影出警告︰「碎片共鳴...混沌網絡2.0...」
雷恩緊急召集覺醒者，啟動「清剿計劃」。但資源的匱乏與人員的折損讓行動舉步維艱。光影操控者維雅帶領小隊奔赴映輝宇宙，駕駛裝備「純淨光束發生器」的「破曉號」飛船。當他們試圖淨化光明熔爐時，黑色黏液突然化作「影魔」，這些怪物能將光線吸收轉化為致命的暗物質刃。維雅發現影魔的弱點在于對七彩光譜的共振反應，她冒險重組飛船能源，發射出蘊含七種色彩的「萬象淨化波」，暫時壓制住影魔的攻勢。
數據安全專家賽博率領團隊進入數據靈體宇宙，他們攜帶的「代碼殺毒矩陣」在面對混沌病毒時卻頻頻失效。賽博在與吞噬者的對抗中，意外發現病毒核心存在邏輯漏洞。他將自己的意識接入網絡，以「遞歸陷阱算法」構建虛擬牢籠，成功困住部分感染體。但在深入量子圖書館時，隊員們遭遇了由混沌數據凝聚的「熵化主腦」，其釋放的混亂代碼能瞬間摧毀任何程序。
雷恩親自帶隊追蹤混沌網絡的中樞節點，在宇宙邊緣的「虛數裂隙」中，發現一座不斷生長的暗紫色「共鳴塔」。塔內，混沌原始意志的殘識與碎片意識融合，形成更強大的混沌意志體︰「雷恩，只要碎片存在，混沌就會像野草般重生！」她揮手間，塔內涌出無數暗紫色觸手，將飛船死死纏住。
映輝宇宙中，維雅的團隊在淨化熔爐時，發現黑色黏液的源頭是一塊嵌在爐心的混沌碎片。當他們試圖取出碎片時，整片宇宙的光影突然坍縮，形成吞噬一切的「暗域黑洞」。維雅帶領隊員以自身為光源，用最後的力量點亮「光明結界」，才勉強穩住局勢。
數據靈體宇宙里，賽博的團隊與熵化主腦展開殊死搏斗。他們發現主腦的能量來源是圖書館深處的「混沌數據池」，便冒險將殺毒矩陣改造成「數據漩渦發生器」，試圖將主腦吸入池中同歸于盡。關鍵時刻，一名隊員為保護設備，主動引爆自己的數據靈體，引發的能量震蕩為計劃爭取到了寶貴時間。
雷恩在共鳴塔中與混沌意志體激戰，他意識到單純的摧毀無法解決問題。當全宇宙文明將最後的信念之力匯聚而來，雷恩引導這些力量注入平衡印記殘片，發動「溯源淨化訣」。金色光芒與暗紫色能量踫撞，共鳴塔轟然倒塌，但在廢墟中，雷恩發現仍有極細的暗紫色絲線滲入宇宙暗物質層。
戰後，雖然大規模危機暫時解除，但覺醒者們明白，混沌碎片如同埋在宇宙各處的定時炸彈。雷恩下令在全宇宙建立「星鏈監測網」，並著手培養新一代守護者。而在宇宙最陰暗的角落，那些未被清除的混沌絲線正在編織更復雜的網絡，一場更凶險的風暴，正在黑暗中醞釀。
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