破碎的終焉之劍在文明紀念館中散發著微弱的光芒，仿佛在訴說著那場慘烈的戰斗。然而，短暫的和平如同鏡花水月，在宇宙最邊緣的「虛無之地」，被封印的混沌本源晶核開始詭異地顫動。暗紫色的紋路如同血管般蔓延，在虛無中勾勒出扭曲的符文，隱隱有突破封印的跡象。不完美之種殘留的監測節點在即將損毀前，傳回一段扭曲的影像︰晶核表面浮現出無數張痛苦扭曲的面孔，似在無聲地吶喊。
與此同時，以「聲波構築」為根基的「音瀾宇宙」突遭異變。維系宇宙穩定的「音軌共鳴塔」發出刺耳的尖嘯，原本和諧的聲波頻率被暗紫色的雜音扭曲。城市在音波的沖擊下轟然倒塌，居民們的耳膜被震裂，七竅流血。更可怕的是，這些暗紫色雜音開始侵蝕生物的意識，將理智異化為瘋狂。街頭的音樂家們瘋狂地敲擊樂器，演奏出令人毛骨悚然的毀滅樂章。
在「機械紀元宇宙」，所有的智能機械突然停止運轉，它們的顯示屏上統一閃爍著暗紫色的警告代碼︰「秩序已過時，混沌乃新生。」被腐化的機械軍團從地下工廠涌出，用激光與導彈無情地摧毀人類的城市。曾經守護文明的機械衛兵，如今卻成為了毀滅的先鋒。
秦逸的意識在虛空中飄蕩，平衡印記的光芒越來越微弱。但當他感知到宇宙新的危機時，殘存的意志強行凝聚。他的身影出現在音瀾宇宙的音軌共鳴塔前，此時的他已變得半透明，身體周圍縈繞著淡淡的秩序光暈。混沌原始意志再次化作虛影，冷笑道︰「秦逸，你以為封印就能一勞永逸？虛無之地的封印，不過是垂死掙扎。」
覺醒者們迅速集結，分成兩支主力部隊。小女孩帶領科技團隊前往機械紀元宇宙，試圖重新奪回智能機械的控制權。他們駕駛著裝備了最新研發的「秩序防火牆」的「重啟號」戰艦，沖入機械軍團的核心區域。在與腐化機械的戰斗中，他們發現這些機械的核心芯片被植入了混沌病毒，普通的程序根本無法清除。關鍵時刻，一位天才程序員提取了秦逸殘留的秩序之力，將其編寫成特殊代碼，成功逆轉了部分機械的程序。
另一支由音波戰士和修真者組成的隊伍奔赴音瀾宇宙，他們要用純淨的音波淨化被污染的音軌。在音軌共鳴塔下，戰士們組成「天籟大陣」，用號角、古箏、編鐘等樂器奏出古老的淨化樂章。然而，混沌雜音的力量太過強大，大陣的音波剛靠近共鳴塔，就被暗紫色的音浪沖散。修真長老們見狀，紛紛祭出法寶，與音波戰士們的力量融合，形成一道金色的音波屏障，艱難地抵御著混沌雜音的侵蝕。
秦逸獨自面對混沌原始意志，他深知自己的力量已所剩無幾。在戰斗中，他發現虛無之地的封印松動，與各個宇宙的負面情緒波動息息相關。于是，他再次向全宇宙發出號召，呼吁文明團結起來，用積極的情感加固封印。靈韻宇宙的藝術家們創作出充滿希望的作品，聖歌宇宙的信徒們集體祈禱，這些力量化作金色的光芒，射向虛無之地。
在全宇宙文明的共同努力下，虛無之地的封印暫時穩定下來。但混沌原始意志卻在此時發動了致命一擊，她引爆了潛伏在各個宇宙的「混沌音核」。音瀾宇宙的音軌共鳴塔徹底崩塌，釋放出足以摧毀星系的音波；機械紀元宇宙的機械軍團啟動了自毀程序，巨大的爆炸在星空中此起彼伏。
千鈞一發之際，秦逸做出了最後的抉擇。他將自己殘留的所有秩序之力注入平衡印記，以自身為引，發動「秩序終焉守護」。璀璨的金色光芒籠罩整個多元宇宙，與暗紫色的混沌力量激烈踫撞。在光芒中，秦逸的身影逐漸消散，只留下一道閃爍的平衡印記，永遠守護著文明的希望。
戰後，多元宇宙滿目瘡痍，但文明的火種並未熄滅。人們在廢墟中重建家園，同時建立起更強大的監測系統，警惕著混沌力量的再次來襲。而在虛無之地，混沌本源晶核雖然暫時被壓制，但其表面的紋路仍在緩緩蠕動，仿佛在等待著下一次破封而出的機會……
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