混沌余燼形成的暗紫色漩渦如毒瘡般在多元宇宙蔓延，首個爆發危機的是以「維度折疊」為文明核心的「疊界宇宙」。維系宇宙穩定的「維度錨點」接連崩解，不同維度的空間毫無征兆地重疊交錯。古老的遺跡從異度空間中浮現，瞬間將現代都市碾成齏粉；深海生物與星際戰艦在同一空域廝殺，物理法則在維度踫撞中徹底失效。不完美之種最後的監測器在扭曲中發出尖銳警報︰混沌力量正在撕裂維度屏障，試圖打通通往「原初混沌海」的通道。
與此同時，以「靈魂共鳴」為根基的「心淵宇宙」里，所有生靈的靈魂突然產生劇烈震顫。暗紫色的紋路爬上人們的靈台，將善意扭曲為惡意，信任異化為猜忌。曾經攜手對抗混沌的族群，因靈魂共鳴網絡的污染而相互殘殺，空氣中彌漫著絕望與瘋狂的氣息。宇宙深處，混沌余燼匯聚成的「熵寂心髒」正在緩緩跳動，每一次搏動都向各個維度傳遞著毀滅的波動。
秦逸的平衡印記泛起撕裂般的劇痛，意識被強行拽入疊界宇宙的維度亂流中。這里是一片由破碎空間拼湊的混沌領域，暗紫色的閃電不斷劈裂虛空，將物質分解成量子塵埃。混沌原始意志化作由無數維度碎片組成的巨像，聲音裹挾著空間撕裂的轟鳴︰「秦逸，當維度屏障崩塌，原初混沌海的力量將讓一切重歸虛無！」巨像揮手間，秦逸的周圍瞬間出現無數個空間陷阱，試圖將他永遠困在維度夾縫中。
為阻止維度崩塌，覺醒者們啟動「維度穩定計劃」。小女孩帶領科技小隊駕駛「界域號」戰艦，深入疊界宇宙的核心。他們攜帶的「維度校準儀」能暫時穩定重疊的空間，但每一次啟動都會消耗巨大能量。在修復維度錨點的過程中，戰艦遭遇「混沌維度獸」的攻擊——這些怪物由扭曲的空間能量構成，有的能將物體壓縮進二維平面，有的則能開啟黑洞吞噬一切。當「界域號」的能源即將耗盡時，小女孩冒險啟用備用方案，將戰艦的量子引擎與維度校準儀連接，以超負荷運轉的代價暫時壓制住了維度獸的攻勢。
另一支由靈魂修行者組成的隊伍奔赴心淵宇宙，他們在「靈魂聖殿」布下「淨心大陣」，試圖淨化被污染的靈魂共鳴網絡。但混沌力量在此展現出詭異特性︰被淨化的靈魂會在短時間內再次被腐化。經過反復嘗試，修行者們發現必須同時切斷混沌余燼與靈魂網絡的精神連接。他們以自身靈魂為引，發動「靈魂鎖鏈術」，強行將混沌余燼的意識從共鳴網絡中剝離，過程中數位強者因靈魂負荷過重而魂飛魄散。
秦逸在維度亂流中與混沌原始意志展開殊死搏斗。他發現巨像的弱點在于維度碎片間的連接縫隙，于是揮動終焉之劍，斬出蘊含空間法則的「裂界斬」。金色的劍光撕裂暗紫色的維度能量，巨像出現裂痕。然而，混沌原始意志在崩潰前，將所有力量注入正在成型的維度裂隙，一道連接著「原初混沌海」的漆黑裂縫在宇宙中央緩緩張開，從中傳出令人心悸的咆哮。
千鈞一發之際，秦逸引導全宇宙文明的力量注入平衡印記，發動「秩序維度壁壘」。璀璨的金色光芒化作巨大屏障，試圖阻擋混沌海的力量溢出。但裂縫中涌出的混沌能量太過強大，壁壘開始出現裂痕。危急時刻，各個宇宙的強者紛紛貢獻出自身最珍貴的寶物與力量——疊界宇宙的維度核心、心淵宇宙的靈魂聖物、以及初代神農遺留的最後一道守護之力。這些力量匯聚在一起，與秦逸的秩序之力融合，形成「混元維度枷鎖」，終于將裂縫暫時封印。
戰後，雖然維度危機解除，但那道漆黑的裂縫仍在宇宙深處若隱若現，如同懸在所有文明頭頂的達摩克利斯之劍。更令人不安的是，在封印裂縫時，有一縷混沌海的力量滲透而出，不知去向。秦逸望著殘破的宇宙，握緊手中滿是裂痕的終焉之劍，他知道，真正的終局之戰，或許才剛剛拉開序幕。
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