混沌危機看似平息，宇宙各處卻暗潮涌動。在以「信仰之力」構築神國的「聖歌宇宙」，供奉秩序之神的神殿突然滲出暗紫色黏液，神像的瞳孔轉為詭異的紫色。虔誠的信徒們在祈禱時，腦海中不斷閃過毀滅的幻象，部分人甚至開始自發雕刻暗紫色圖騰，將混沌奉為「真正的主宰」。不完美之種遺留的監測裝置在被同化前，傳回一段扭曲的禱文︰「秩序是枷鎖，混沌方為解脫……」
與此同時，機械文明的「星網中樞」再次出現異常波動。維護人員發現，被清除的邏輯病毒竟以量子疊加態的形式卷土重來，它們潛伏在星網的底層協議中，篡改著文明的科技藍圖。新型飛船的反物質引擎在測試時突然失控爆炸，殖民星球的生態穹頂毫無征兆地崩解，這一切都指向某個隱藏在暗處的「混沌編程者」。
秦逸的平衡印記泛起扭曲的鎖鏈紋路，他被召喚至「秩序仲裁庭」——由各宇宙強者組成的最高決策機構。庭上，不同陣營的代表激烈爭執︰修真者主張徹底毀滅所有混沌能量，科技文明則堅持將其轉化利用，而靈韻宇宙的使者擔憂情緒失控，提議封鎖與外界的聯系。正當爭論陷入僵局時，仲裁庭的防護罩突然被暗紫色能量擊穿，一位身披黑袍、面容模糊的「混沌代言人」現身，他的聲音帶著令人戰栗的蠱惑力︰「你們以為馴服了混沌？不過是在養虎為患罷了。」
為了追查混沌力量的新動向，覺醒者們分成四支特遣隊。小女孩帶領科技小隊深入星網的「量子海溝」，這里漂浮著無數廢棄的數據殘片，暗紫色的邏輯病毒如游魚般穿梭其中。他們駕駛的「代碼淨化者」戰艦不斷遭受病毒群的攻擊，船身的防火牆一次次瀕臨崩潰。關鍵時刻，小隊啟用從熵能研究所改良的「秩序算法」，將病毒程序困在無限循環的邏輯陷阱中。
修真者們前往聖歌宇宙，試圖淨化被腐化的信仰之力。在秩序神殿的地下密室，他們發現了一座由暗紫色晶體構築的「混沌祭壇」，祭壇中央懸浮著一顆跳動的「信仰核心」，正將信徒們的虔誠轉化為毀滅能量。修真長老們結成「萬法歸一陣」，以自身道基為引，施展淨化秘術。但隨著儀式推進，祭壇突然釋放出「虛妄心魔」，這些心魔化作修士們內心深處最恐懼的事物，有人看到師門覆滅，有人直面道心破碎的場景，陣法險些崩潰。
在靈韻宇宙，情感調控師們組成「心緒防線」，對抗失控的情緒浪潮。他們發現，混沌力量正通過「情緒共鳴網絡」傳播一種「絕望病毒」，能將最樂觀的人瞬間拖入抑郁深淵。調控師們冒險深入情緒風暴的中心，用音樂、詩歌和藝術喚醒人們內心的希望，以積極的情緒對沖混沌污染。
秦逸則追隨混沌代言人留下的能量痕跡，來到宇宙邊緣的「遺忘星域」。這里布滿破碎的星球殘骸，暗紫色的霧靄中，矗立著一座由扭曲時空構成的「熵寂堡壘」。堡壘內部，混沌代言人揭開真實身份——他竟是初代神農創造不完美之種時，意外產生的「混沌意識體」。「從誕生起，我就背負著毀滅的使命。」他獰笑著激活堡壘核心，無數暗紫色的「終焉孢子」噴涌而出，這些孢子一旦接觸文明，便會引發信仰崩塌、科技失控、情感暴走的連鎖反應。
千鈞一發之際，秦逸融合全宇宙文明賦予的信任之力，揮動終焉之劍斬出「逆命聖裁」。金色的光芒與暗紫色孢子激烈踫撞，爆發出足以撕裂空間的能量。戰斗中，秦逸突然領悟到︰真正的平衡不是消滅混沌，而是讓其與秩序各司其職。他引導各方特遣隊匯聚力量，在孢子擴散前構建起「混元平衡結界」，將混沌能量重新納入可控範圍。
戰後，雖然危機暫時解除，但混沌代言人在消失前留下預言︰「當文明的裂痕足夠深，我將帶著真正的毀滅歸來。」與此同時，在各個宇宙的角落，零星的暗紫色晶體仍在悄然生長，而部分覺醒者開始對秩序產生動搖，混沌與秩序的較量，正在更深的層面展開。
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