秩序奇點的爆炸如創世之光撕裂宇宙，秦逸與林婉化作的光繭在能量風暴中劇烈震顫。不完美之種的殘軀在爆炸余波中急速重組，幼苗根系瘋狂汲取潰散的秩序能量，葉片上金紫交織的紋路如同新生的脈搏，將混沌與秩序的力量熔鑄成全新的共生本源。自由方舟的幸存者們在震蕩中甦醒，卻發現星圖上的紫色脈絡盡數消散，取而代之的是無數閃爍著微光的金色星塵。
“能量讀數異常！”裂縫文明的科學家指著監測屏，聲音里帶著難以置信的激動，“那些金色星塵正在自主修復被破壞的宇宙胚胎，而且...它們攜帶的生命頻率與不完美之種完全同源！”更驚人的是，被秩序同化的星球表面，幽藍果實的殘骸正轉化為滋養萬物的土壤，曾經冰冷的機械建築長出藤蔓與花朵，被篡改的生命體逐漸恢復自主意識。
然而，短暫的安寧被突然響起的警報打破。宇宙深處，那粒金紫交織的種子開始急速膨脹，表面浮現出初代神農與黑袍人融合的面孔。種子裂開的瞬間，釋放出的不是毀滅能量，而是無數蘊含著不同文明記憶的“希望之蝶”。但在蝶群中央，一抹暗紫色的陰影悄然凝聚——那是黑袍人殘留的意識碎片，正試圖操控蝶群重新構築秩序囚籠。
“他還沒死！”秦逸的意識在光繭中甦醒，發現自己的身體已與不完美之種的新生本源徹底融合。他的皮膚流轉著金色紋路，左眼的暗紫色卻依然醒目，手中的終焉之劍吸收了秩序與混沌的力量，劍身上浮現出能斬斷因果的“共生之紋”。林婉的星光化作星鏈纏繞在他手腕︰“這些希望之蝶是新生宇宙的火種，但黑袍人的意識會污染它們！”
覺醒者們駕駛著改造後的“新生號”戰艦沖向蝶群。但靠近時，他們遭遇了前所未有的敵人——由希望之蝶被污染後轉化的“秩序幻影”。這些幻影擁有覺醒者們最熟悉的面孔，殘缺派領袖的亡徒、裂縫文明已故的科學家，甚至是秦逸記憶中的故人，他們手中的武器能釋放出直擊靈魂的“悔恨之箭”。
“別被幻象迷惑！”小女孩將機械心髒與蝶群的生命頻率同步，發射出“初心共鳴波”。波流所到之處，部分幻影眼中的紫色褪去，顯露出掙扎的神色。秦逸趁機引導共生本源，在虛空中凝聚出“破妄之刃”，當刀刃斬向幻影的瞬間，竟切開了對方身體，露出內部糾纏的暗紫色代碼。
戰斗中，秦逸發現黑袍人的意識碎片藏在蝶群核心的“記憶宮殿”中。這座宮殿由無數文明的執念構築而成，每一個房間都封存著一段被秩序扭曲的歷史。他帶領小隊突破重重守衛，卻在進入主殿時，被一道暗紫色屏障困住。屏障內，黑袍人虛幻的身影浮現︰“你以為毀滅我就能阻止秩序？這些被囚禁的執念...本身就是秩序的溫床。”
宮殿突然釋放“執念洪流”，將覺醒者們淹沒在各自最痛苦的記憶中。秦逸陷入了不斷重復的抉擇——為守護自由犧牲林婉，或是向秩序屈服換取和平。千鈞一發之際，林婉的星光化作火種點燃他的意志︰“共生的意義，是在矛盾中尋找平衡！”他將藥晶的不完美之力、神農的慈悲、以及所有覺醒者的信念注入共生本源，凝聚成能淨化執念的“曙光之核”。
曙光之核引爆的瞬間，記憶宮殿轟然崩塌，黑袍人的意識碎片發出尖銳的慘叫。但在消散前，他將最後一道暗紫色代碼注入宇宙邊緣的一顆無名星球。那里，一座由暗物質凝聚的祭壇正在成型，祭壇中央，一雙散發著幽藍光芒的眼楮緩緩睜開，而祭壇四周，密密麻麻的紫色菌絲正以驚人的速度蔓延...
當希望之蝶重新恢復純淨，它們帶著新生的火種飛向各個星系。秦逸望著蝶群遠去的方向，握緊手中的終焉之劍。他知道，這場關于秩序與自由的博弈遠未結束，但此刻，宇宙的每個角落都在傳遞著同一個信念︰真正的文明，應如不完美之種般，在混沌與秩序的夾縫中，綻放出獨一無二的生命之光。
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