宇宙重歸靜謐，破碎的輪回祭壇化作星塵飄散，不完美之種在廢墟中重新舒展枝葉，葉片上的金色脈絡卻蒙上了一層若有若無的暗紫色光暈。自由方舟的修復系統發出嗡鳴，船員們疲憊地癱坐在控制台旁，裂縫文明的科學家突然猛拍操作台︰“能量讀數異常！那些塵埃...在自主重組！”
全息投影上，飄散的秩序代碼塵埃正以詭異的規律匯聚，在星域邊緣勾勒出一個巨大的繭狀物。繭殼表面流轉著初代神農封印的紋路與火種派的秩序矩陣，每一次脈動都引發空間的輕微扭曲。林婉的星光在花蕊中變得忽明忽暗，她的虛影語氣凝重︰“這不是自然聚合...是某種意識在暗中操控，繭內很可能孕育著更可怕的存在。”
秦逸握緊終焉之劍，劍身上的共生紋路突然逆向流轉，傳來灼燒般的劇痛。他的意識被強行拽入一片混沌空間，無數記憶碎片在眼前閃過︰遠古時期的文明實驗現場，初代神農與火種派科學家的激烈爭執，以及一個被黑袍籠罩的神秘身影在幕後操控一切。“原來虛影只是棋子...”他喃喃道，“真正的棋手還未現身。”
覺醒者們決定主動出擊。殘缺派修士用混沌之力構建隱形結界，裂縫文明改造飛船引擎為“量子穿隧裝置”，試圖瞞過繭狀物的探測。然而，當方舟靠近時，繭殼表面突然睜開無數機械瞳孔，射出能瓦解物質結構的“秩序分解射線”。一名船員躲避不及，身體瞬間化作漂浮的金屬顆粒。
“這些瞳孔的排列方式...是上古醫道的‘望氣卦象’！”殘缺派長老瞳孔驟縮，“有人將醫道推演之術改造成了殺戮武器！”秦逸引導不完美之種的根系纏繞飛船，幼苗葉片釋放出能中和秩序能量的“共生屏障”。屏障與分解射線踫撞，爆發出的能量震碎了部分機械瞳孔，但繭內隨即傳來低沉的嗡鳴，更多的瞳孔從繭殼縫隙中生長出來。
千鈞一發之際，小女孩的機械心髒突然解析出射線的頻率波動。她將藥晶碎片與飛船系統連接，啟動“頻率反轉裝置”，將分解射線轉化為無害的星光。但繭狀物的反擊來得更快——繭殼裂開，數以萬計的“秩序工蜂”傾巢而出。這些工蜂的口器能注射秩序病毒，翅膀振動時會產生擾亂思維的次聲波。
覺醒者們陷入苦戰。裂縫文明發射“混沌脈沖彈”，卻被工蜂群組成的防護罩吸收；殘缺派修士施展禁術“萬魔噬天”，反而引來了工蜂的自爆攻擊。秦逸揮劍斬開工蜂群，終焉之劍卻在接觸工蜂的瞬間被秩序病毒侵蝕，劍身開始出現細密的裂紋。
“這樣下去不行！”他引導歸墟殘能在體內形成漩渦，強行吞噬劍中的病毒。與此同時，他發現工蜂群的行動節奏與繭殼深處的某個高頻振動同步。順著振動源望去，繭內隱約可見一個人形輪廓，那人身披融合了神農長袍與機械鎧甲的詭異裝束，手中握著一根瓖嵌著暗紫色晶體的權杖。
“原來你就是幕後黑手。”秦逸的聲音冰冷。對方緩緩轉身，露出半張機械半張血肉的面容，聲音像是無數人同時開口︰“我是文明的修正者，是讓一切回歸完美秩序的必然。”他揮動權杖，繭殼表面浮現出能囚禁時空的“永恆囚籠”，將自由方舟困在其中。囚籠內的時間流速開始加快，覺醒者們的身體迅速衰老，不完美之種的枝葉也在飛速枯萎。
千鈞一發之際，星孩的銹蝕銀針再次出現，釘入囚籠核心。銀針引發的時間亂流暫時擾亂了囚籠的運轉。秦逸抓住機會，將自身力量、神農本源與覺醒者們的信念注入終焉之劍，斬向繭狀物。劍刃劈開繭殼的瞬間，內部的神秘人露出真面目——他的胸口赫然瓖嵌著半顆跳動的孢子心髒，而在孢子心髒深處，隱約可見初代神農痛苦的臉...
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