平衡仲裁庭成立後的第三年，宇宙表面一片祥和。神農星上，“平衡之花”的種子被播撒到各個星域，機械文明與魔法世界合作開發的共生醫療艙投入使用，菌裔們擔任起不同文明間的“醫療信使”。但在這平靜之下，暗潮正悄然涌動。
洛璃作為仲裁庭最年輕的委員，在例行巡查時發現了異常。在邊緣星域的“遺忘回廊”，幾艘標有仲裁庭徽記的運輸艦失去了聯絡。當她帶領小隊抵達時，眼前的景象令人毛骨悚然︰艦體表面布滿暗紫色腐蝕痕跡，船員們的尸體呈現出半機械半菌絲的扭曲形態，仿佛被某種力量強行融合。更詭異的是，他們手中緊握著殘破的晶片，上面刻錄著與終末核心同源的代碼。
“這不是普通的襲擊。”洛璃的紫色血液微微發燙，她感知到暗處有一雙眼楮在窺視。就在此時，仲裁庭的緊急通訊響起，機械文明的核心數據庫遭到不明攻擊，所有共生醫療艙的操作權限被篡改；魔法世界的元素之泉突然干涸，取而代之的是散發著腐臭的暗紫色液體。
仲裁庭緊急召開會議，各方代表卻陷入信任危機。機械文明的代表拍案而起︰“菌裔的血液能接觸所有醫療系統，一定是你們監守自盜！”魔法議會的大巫師則冷笑道︰“誰知道是不是機械文明在程序里留了後門？”火種派的新任首領沉默不語，卻悄悄啟動了隱藏的監控網絡。
洛璃試圖平息爭吵，卻發現自己也成了懷疑對象。她體內的素璃結晶突然發出尖銳的警報，意識中浮現出碎片化的畫面︰一個披著黑袍的身影在陰影中操控著暗物質，他的面容模糊不清，手中卻握著初代神農的權杖。“有人在利用終末核心的余波制造混亂！”她大喊道，但質疑聲淹沒了她的解釋。
危機迅速升級。在農業星球“綠潮七號”，經過共生改良的作物突然瘋狂生長，將城市吞噬成一片扭曲的叢林；在科研空間站，正在進行的基因實驗體集體暴走，進化成兼具魔法抗性與機械裝甲的怪物。整個宇宙的醫療系統瀕臨崩潰，患者們的病癥不僅無法治愈，反而在治療過程中加速惡化。
洛璃決定獨自追查真相。她循著晶片上的代碼痕跡，來到了宇宙的“數據墳場”——這里堆積著被淘汰的遠古服務器，是所有廢棄程序的歸宿。在銹蝕的金屬迷宮中，她遭遇了神秘黑袍人的伏擊。黑袍人釋放出的暗物質觸手與她的共生菌絲激烈交鋒，戰斗中，洛璃瞥見對方脖頸處的特殊紋身——那是被抹去的火種派舊徽記。
“火種派...你們為什麼要這麼做？”洛璃喘息著質問。黑袍人發出沙啞的笑聲︰“平衡？不過是弱者的幻想！只有絕對的秩序，才能避免被終末核心吞噬。”話音未落，更多黑袍人從陰影中現身，他們啟動了隱藏的“秩序重構”裝置，數據墳場的服務器開始瘋狂運轉，生成足以覆蓋整個宇宙的精神控制波。
千鈞一發之際，卡爾帶領的機械救援隊及時趕到，用電磁脈沖暫時癱瘓了裝置；艾琳與魔法議會的巫師們布下元素結界，隔絕了精神污染的擴散。洛璃則抓住機會，將素璃結晶的力量注入服務器核心，試圖摧毀控制程序。但她很快發現，程序的根源竟連接著仲裁庭的中樞系統——有人在仲裁庭內部設下了更深的陰謀。
隨著服務器的崩潰，黑袍人的真實身份終于揭曉。他們是火種派的極端分子，自始至終都認為共生理念是對秩序的褻瀆。為首的黑袍人摘下兜帽，赫然是仲裁庭的元老之一。“你們太天真了，”他獰笑著，“終末核心的威脅從未消失，而我們...將成為新世界的造物主。”
就在局勢陷入僵局時，神農星突然傳來強烈的能量波動。那顆由終末核心轉化的水晶，竟開始逆向生長，重新凝聚出暗紫色的物質。洛璃意識到，極端分子的所作所為，正在喚醒核心深處的毀滅意志。宇宙再一次站在了崩潰的邊緣，而這一次，平衡仲裁庭能否在信任崩塌的危機中，找到真正的破局之道？
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