混沌種子如瘟疫般散布宇宙，所到之處，空間法則開始出現詭異扭曲。機械文明的精密儀器自動拆解重組為混沌圖騰，魔法世界的元素精靈陷入自相殘殺的狂亂，就連最原始的部落也開始崇拜起散發著腐臭氣息的混沌祭壇。萬界醫盟的“明心燈塔”在混沌侵蝕下接連熄滅，最後一座燈塔在崩塌前，投射出一張由暗紫色紋路編織的星圖，直指宇宙核心區域的“秩序之源”。
林婉的《萬界醫典》徹底失去光芒，化作一團不斷變幻形態的混沌光團，內部隱約傳來遠古魔神的嘶吼。光團表面浮現出一行行不斷湮滅又重生的文字︰“當秩序根基動搖，混沌即為真理；一切修復，皆是虛妄的拖延。”秦逸的神農血脈與混沌種子產生共鳴，每一次心跳都伴隨著劇痛，他的皮膚上逐漸浮現出與混沌圖騰同源的紋路，仿佛正在被改寫成混沌的容器。
兩人帶領精銳小隊深入宇宙核心，卻發現“秩序之源”已被一層暗紫色的混沌膜包裹。這層膜如同活物般蠕動，將所有靠近的能量轉化為混沌之力。小隊成員剛發動攻擊，手中的武器便扭曲成尖銳的骨刺，指向自己的同伴。“這不是單純的力量對抗。”秦逸強撐著意識，“混沌正在利用我們對秩序的執念，將攻擊反彈回自身。”
就在局勢陷入絕境時，秦天明的殘魂突然爆發出耀眼光芒，在混沌膜上灼燒出一道細小的裂縫︰“進入秩序之源的核心，那里藏著...對抗混沌的最終答案...”裂縫中涌出的並非秩序之力，而是一種介于混沌與秩序之間的“原初能量”，這種能量既包含著毀滅一切的狂亂，又蘊含著創造萬物的生機。
林婉咬破舌尖，將精血融入原初能量，試圖解析其本質。她的意識瞬間被卷入一場跨越時空的幻象︰在宇宙誕生之初，混沌與秩序本為一體，是生命的出現打破了這種平衡，導致兩者不斷對抗。“我們一直都錯了。”林婉從幻象中驚醒，“混沌與秩序並非對立，而是需要重新融合！”
秦逸與林婉將融合法器徹底拆解，與《萬界醫典》的混沌光團、原初能量融為一體，創造出全新的“混元法器”。法器表面流轉著黑白交織的紋路，象征著混沌與秩序的共存。他們帶領小隊成員組成“混元大陣”，以法器為引，強行將混沌膜撕開一道巨大的裂口。
然而，當眾人進入秩序之源核心時，卻看到了令人絕望的景象。這里懸浮著一顆正在崩解的“秩序核心”，表面布滿被混沌侵蝕的裂痕。核心中央，觀測者的虛影正瘋狂吸收著秩序之力，他的形態變得更加詭異，一半是象征秩序的金色光流，一半是代表混沌的暗紫色漩渦。“愚蠢的醫者們，”觀測者的聲音撕裂空間，“你們守護的秩序，本就是囚禁宇宙的牢籠！”
觀測者揮手間，無數混沌種子在核心內爆發，將整個空間轉化為混亂的戰場。機械族的戰士、魔法世界的巨龍、原始部落的神獸，所有被混沌侵蝕的生命都向小隊發起攻擊。秦逸與林婉運轉混元法器，施展出“太素混元歸一訣”，法器的光芒所到之處，混沌與秩序開始融合，被侵蝕的生命逐漸恢復清明。
在激烈的戰斗中，秦逸發現觀測者的弱點——他瘋狂吸收秩序之力的同時，也在被混沌反噬。兩人抓住機會，將混元法器的力量注入秩序核心，強行啟動核心的“自我修復程序”。秩序核心爆發出耀眼的光芒，與觀測者的混沌力量激烈踫撞。
當光芒消散，觀測者的虛影徹底崩解，但在他消散前，將最後的混沌力量注入宇宙深處。而在秩序之源核心，修復後的秩序核心與混元法器產生共鳴，形成一個新的“平衡樞紐”。然而，在宇宙最幽暗的角落，混沌種子並未完全消滅，它們正在孕育著更強大的混沌生命體，等待著下一次顛覆平衡的時機。秦逸與林婉握緊手中的混元法器，深知這場關乎宇宙存亡的戰爭，遠未到結束的時刻。
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