翡翠星重歸平靜的三個月後，無醫書院的草藥園里，靈植在治愈能量的滋養下綻放出璀璨光芒。秦逸手持銀針為一株瀕臨枯萎的「回魂草」施針，林婉則用治愈能量編織成網，溫柔地包裹住植株。然而，當銀針觸及草葉的瞬間，葉片竟詭異地化作暗紫色粉末，懸浮在空中組成扭曲的符文。
“這符文的波動...”秦逸瞳孔驟縮，“和終焉觀測者殘留的氣息如出一轍！”兩人立刻趕往熵鐘聖殿，卻見混元熵鐘表面新生成的紋路正滲出細密的暗紫色液體，滴落在地後迅速腐蝕出深不見底的孔洞。青崖遺留的量子監測站警報大作，全息屏幕上，銀河系邊緣的某個無名星域，一個散發著幽光的暗紫色漩渦正在緩慢成型。
“根據計算，這個漩渦的引力場強度是黑洞的萬倍，”明淵看著星圖上不斷擴大的紅色區域，熵刃在手中發出不安的嗡鳴，“但光譜分析顯示，其中蘊含著與星籽同源的能量波動。”他調出一段模糊的影像，畫面中，戴兜帽的神秘人身影再次出現，這次他手中捧著一顆暗紫色的種子，正將其埋入扭曲的時空裂縫中。
秦逸與林婉決定駕駛「溯光號」先行探查，星艦的引擎注入了創世神明本源的部分力量。當他們接近漩渦時，舷窗外的景象開始瘋狂扭曲︰恆星被拉伸成線條，行星化作流動的光帶。更詭異的是，艦內的時間流速與外界產生巨大差異，船員們的手表指針有的快如飛轉，有的卻逆向旋轉。
“這不是自然形成的天體，”林婉的治愈能量形成探測波，卻在接觸漩渦的瞬間被反彈回來，“是某種超越維度的生物，正在用星籽的殘能構建新的軀體！”話音未落，漩渦中心伸出無數暗紫色觸須，觸須表面布滿眼楮，每只眼楮都映出船員們驚恐的面容。觸須纏繞住星艦，開始吸收艦體上的神明本源力量。
在激烈的對抗中，秦逸突然發現觸須的排列規律與翡翠星草藥園的符文完全一致。他將銀針化作數據流注入觸須，試圖尋找其弱點，卻在意識空間中看到驚人一幕︰無數被囚禁的文明意識正在被轉化為暗紫色能量，而這些意識中，竟有初代道侶殘留的一縷意識碎片。
“他們還在利用初代道侶的力量！”秦逸大喊，“必須救出這些意識，才能切斷敵人的能量來源！”林婉釋放全部治愈能量，在星艦周圍形成淨化領域，暫時逼退觸須。兩人將意識體分離，順著觸須的能量脈絡潛入漩渦核心。那里矗立著一座由暗紫色晶體堆砌的祭壇，祭壇中央，那顆暗紫色種子正在瘋狂吸收宇宙輻射，表面浮現出模糊的人臉輪廓。
與此同時，翡翠星上的混元熵鐘突然逆向旋轉，鐘體內部傳來齒輪錯位的刺耳聲響。無醫書院的學徒們集體陷入昏迷，他們的夢境中重復著相同的畫面︰暗紫色的潮水淹沒宇宙，所有文明在絕望中湮滅。明淵帶領支援小隊駕駛熵刃號趕來，卻發現漩渦周圍的空間被一層法則屏障籠罩，熵刃的攻擊在觸及屏障的瞬間就被反彈成致命的回波。
在祭壇深處，秦逸與林婉遭遇了由暗紫色能量凝聚而成的守衛。這些守衛的形態不斷變化，時而化作終焉觀測者的虛影，時而重組為歸墟之主的殘識。激烈的戰斗中，林婉的治愈能量意外觸及祭壇角落的一塊晶體，晶體中封存著初代道侶最後的記憶︰原來在創造星籽時，她就預見到了可能的災難，因此在宇宙各處埋下了「希望火種」，只有集齊這些火種，才能真正摧毀暗紫色種子。
就在此時，暗紫色種子突然裂開，一個形似孩童的身影從中走出。他的皮膚半透明，內部流動著暗紫色與金色的能量，臉上卻帶著超越年齡的冷漠︰“你們以為能阻止進化？這顆種子，是新宇宙的胎動。”他抬手召喚出更強大的暗紫色洪流，整個祭壇開始崩塌。千鈞一發之際，秦逸與林婉啟動了混元典魄的應急程序，典魄化作一道光柱，暫時壓制住了種子的力量。
但在宇宙的另一頭，暗紫色漩渦的波動引發了連鎖反應。更多的時空裂縫開始出現，裂縫中隱約傳來詭異的低語︰“平衡已死，新生當立...”而在翡翠星的地下深處，一株暗紫色的藤蔓正順著熵鐘的根系悄然生長，藤蔓上結滿了與那顆種子相似的果實。新的危機，正在看似平靜的表象下，醞釀著足以顛覆一切的風暴。
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