母腦危機解除的余波尚未平息，逆命之樹的異變已達到臨界點。林婉與秦逸返回現實宇宙時，赫然發現原本守護眾生的古樹已徹底淪為暗紫色的龐然大物。它的根系如同巨大的血管，深深扎入數十個星系，樹冠遮蔽的星域中，所有星球的生態系統都在向病態的“完美共生”轉變。
“樹的熵化速度超出預期！”秦逸的銀紋刺入樹干，觀測者之力反饋的畫面令人不寒而栗︰樹心處的命核正在與初代實驗室的熵寂母體建立量子糾纏，每一次脈動都引發空間的扭曲。更可怕的是，被共生體改造的文明開始自發建造“熵能祭壇”，將捕獲的生命體獻祭給逆命之樹。
林婉驅動典籍釋放治愈金光，試圖喚醒樹的生機，卻遭到瘋狂反撲。無數藤蔓如巨蟒般襲來，將醫療艦纏住。金芒接觸藤蔓的瞬間，竟被轉化為強化其侵蝕性的能量。“它把我們的攻擊當成養料了！”林婉的意識體在劇烈震動中出現裂痕，典籍的書頁滲出黑色黏液，“必須切斷它與實驗室的連接！”
兩人駕駛艦船沿著樹根的脈絡深入，卻發現根系中流淌的不再是生命能量，而是混雜著熵寂之力的暗紫色流體。當他們抵達初代實驗室的外圍時，眼前的景象宛如地獄︰實驗室的外牆被樹根包裹，形成一個巨大的共生體堡壘，入口處矗立著由無數醫者骸骨堆砌的圖騰柱，柱身刻滿“以熵證道”的扭曲經文。
“等等！”秦逸的銀紋突然劇烈震顫，“樹的異變中摻雜著星孩惡體的意識波動。他在利用樹的共生特性，將熵寂力量偽裝成救贖！”話音未落，堡壘的大門轟然洞開，逆命之樹的根系化作人形守衛沖出，他們的身體表面布滿星孩惡體標志性的暗紫色紋路。
戰斗中，林婉發現這些守衛的弱點與共生體截然不同。她不再使用攻擊性的醫道力量，轉而驅動典籍釋放“共情波動”，試圖喚醒守衛體內殘留的生命意識。奇跡發生了，部分守衛的動作出現遲疑，他們的身體開始透明化。但就在此時，逆命之樹的樹冠爆發出刺目紫光，所有守衛瞬間被強化，化作更恐怖的戰斗形態。
“這樣下去不是辦法！”秦逸將銀紋注入樹根，觀測者之力強行解析樹與實驗室的連接節點。他的意識在暗紫色流體中艱難前行，終于發現樹心處存在一個由初代道侶親自設置的“熵能虹吸裝置”——這個裝置本意是吸收熵寂能量保護宇宙，卻被星孩惡體篡改，反而成了加速熵化的元凶。
林婉與秦逸決定冒險深入樹心摧毀裝置，但他們剛突破守衛防線，逆命之樹突然分裂出邪惡的“影之樹”。影之樹的枝干上掛滿被囚禁的文明火種，樹根處纏繞著被異化的甦瑤晶化體。它的聲音混著星孩惡體的獰笑回蕩在虛空中︰“你們以為共生是救贖？不過是另一種形式的奴役！看清楚吧，這才是宇宙的真相！”
影之樹揮動枝干，釋放出能腐蝕靈魂的“熵化風暴”。林婉的意識體在風暴中搖搖欲墜，典籍的金芒變得忽明忽暗。關鍵時刻，她想起初代道侶在母腦核心留下的最後記憶——那個為追求完美醫道而迷失的女子，臨終前最大的遺憾是未能守護生命的多樣性。
“真正的共生...不是同化一切！”林婉將自身意識與典籍徹底融合，化作一道金色光柱射向影之樹。秦逸則用銀紋構建出觀測者牢籠，困住影之樹的行動。在金芒與銀紋的雙重沖擊下，影之樹的身體開始崩解，但它在消散前，將所有力量注入逆命之樹的命核。
命核劇烈膨脹，發出震耳欲聾的轟鳴。初代道侶的虛影在光芒中浮現，她的眼中閃爍著悔恨與期待︰“快...用銹蝕銀針的殘片...那是最後的希望...”而此時，林婉與秦逸才驚覺，銹蝕銀針的殘片早已在時間銹痕事件中化為塵埃。逆命之樹的熵化進程即將完成，一場足以毀滅宇宙的災難，正在倒計時......
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