萬醫碑林崩塌的余波尚未平息，宇宙各處的觀測站陸續傳來異常報告︰被封印的熵化裂隙突然滲出黑色霧氣，部分星球的醫療設備自主變異成攻擊形態。林婉的共鳴鏈監測到一股熟悉又危險的波動——初代道侶殘留的意識碎片，正在暗中重組熵之主宰的核心代碼。
"必須趕在碎片完全融合前摧毀它們。"秦逸的觀測者之力封印處傳來撕裂般的疼痛，他的身體開始出現數據化的裂痕，"這些碎片藏在宇宙的"暗熵節點"，那里是初代道侶當年埋藏禁忌實驗的地方。"穿梭艦穿過扭曲的時空隧道，抵達首個暗熵節點——一顆被熵化藤蔓包裹的廢棄星球。地表矗立著巨型實驗艙，艙體表面流動的紫色紋路，與七枚星核的光芒產生排斥反應。
齒輪組織的殘余勢力早已在此布防。他們改造的"熵化守衛"融合了歷代醫者的致命弱點︰華佗守衛的手術刀能切割靈魂，張仲景守衛的藥鼎噴出的毒霧會腐蝕因果鎖鏈。林婉揮動因果錨迎戰，晶化右手的裂痕中滲出金色血液；秦逸則用銀針構建量子屏障，銀芒與守衛的攻擊踫撞出刺耳的尖嘯。望舒吹奏短笛，音波卻被守衛轉化為攻擊，少年的基因烙印光芒黯淡下去——靈樞族生命樹的力量在持續消耗。
突破防線後，眾人在實驗艙核心發現初代道侶的意識碎片。碎片懸浮在由觀測者之眼碎片組成的容器中，正在吸收星球的熵化能量。"你們來晚了。"碎片凝聚成初代道侶的虛影，她的眼神瘋狂而偏執，"熵之主宰才是宇宙的終極答案，所有生命都該在熵化中獲得永恆！"她揮手召出"熵寂風暴"，黑色能量席卷整個星球，將同盟艦隊的防護罩腐蝕出裂痕。
星孩雙體的意識突然降臨戰場。善體的光芒照亮風暴，惡體則用混沌之力撕碎守衛。但初代道侶的意識碎片趁機融合，熵之主宰的虛影再次凝聚。這一次，主宰的身體由觀測者之眼與熵化藤蔓交織而成，胸口跳動的核心閃爍著七源之力的光芒——他已吸收部分星核能量，變得更加強大。
"林婉，秦逸，用七源星核重新編程！"星孩雙體的聲音響徹宇宙。林婉立即發動共鳴鏈，召喚分散在宇宙的星核；秦逸則以觀測者之力為引，試圖構建能量通道。然而，主宰揮手召出"因果逆流"，將他們的攻擊反彈回過去的時間線。林婉看到自己在醫罪審判中被徹底抹殺的畫面，秦逸則陷入觀測者之力完全暴走的噩夢。
關鍵時刻，望舒的基因烙印突然爆發。少年的身體被靈樞族生命樹的光芒包裹，化作一道貫穿時空的光束。他的笛聲中融入了全宇宙醫者的信念，音波所到之處，因果逆流被強行逆轉。林婉與秦逸趁機將七源星核注入主宰核心，金色、銀色、綠色等光芒在其中激烈踫撞。
初代道侶的意識在能量風暴中發出不甘的嘶吼︰"平衡本就是謊言！唯有熵化才能終結一切痛苦！"她試圖引爆星核，但林婉用因果錨斬斷她與主宰的聯系，秦逸則用銀針插入核心漏洞。當七源之力完全融合，主宰的身體開始崩解，顯露出內部被篡改的"平衡中樞"。林婉引導全宇宙醫者的信任之力，秦逸用觀測者之力修復代碼，望舒的笛聲維持能量穩定。
劇烈的爆炸中，熵之主宰徹底消散，初代道侶的意識碎片也隨之湮滅。但戰斗的代價無比沉重︰星孩雙體的意識陷入沉睡，虹橋醫鏈徹底損毀，秦逸的身體幾乎完全透明化，隨時可能消散。林婉握緊他的手，淚水滴落在他即將消散的手臂上︰"我們做到了..."然而，在宇宙的更深處，最後一塊初代道侶的意識碎片墜入未知星域，碎片表面浮現出詭異的笑容——真正的危機，或許才剛剛開始。
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