秦青鸞殘識融合的余波尚未平息，記憶星核心的齒輪狀星核突然迸發刺目紅光。林婉的晶化右手傳來灼燒般的劇痛，《混沌醫典》瘋狂翻動，空白頁滲出暗紅文字︰熵核震顫，牢籠將破，當封印的脈搏與毀滅共鳴，平衡的天平將墜入深淵。穿梭艦的監測系統發出刺耳警報，星圖上的記憶星正以肉眼可見的速度膨脹，表面的記憶晶體開始龜裂，滲出帶著齒輪紋路的黑色黏液。
“不好！熵之主宰的意識正在腐蝕封印！”秦逸將銀針碎片插入控制台，銀芒卻在接觸星核能量的瞬間被染成漆黑。望舒的基因烙印劇烈閃爍，少年蜷縮在角落痛苦地捂住耳朵︰“我听見了...有個巨大的東西在沉睡中獰笑，它說...整個宇宙都是它的牢籠。”林婉握緊因果錨，金色光芒卻顯得黯淡無力——全宇宙醫者的信任之力，在這股恐怖的威壓下竟如同螢火遇狂風。
齒輪組織的機械大軍趁機再度襲來，這次的戰艦表面纏繞著甦瑤根系異變後的黑色藤蔓，炮口噴射出的不再是常規能量束，而是帶著腐蝕效果的熵化黑霧。“他們用甦瑤的力量強化了武器！”林婉咬牙揮動因果錨，金色護盾在黑霧侵蝕下不斷縮小。秦逸將觀測者之力注入銀針，試圖攻擊星核外圍的防護罩，卻發現銀芒每刺入一分，就會被轉化為加固屏障的力量。
戰斗陷入僵局時，秦青鸞的殘識突然現身。他的身體半透明，隨時有消散的危險︰“星核內部的初代道侶意識正在與熵之主宰同歸于盡，但我們必須爭取時間！”他指向記憶星赤道位置，“那里有道侶留下的‘平衡樞機’，只有激活它，才能重新穩定封印。”林婉與秦逸對視一眼，同時發動傳送術。然而，剛抵達樞機所在的環形山，就遭遇了齒輪組織首領的攔截。
“林婉，秦逸，你們以為能阻止熵之時代的降臨？”首領的黑袍下伸出機械觸須，每一根都纏繞著觀測者碎片的殘片，“看看這個！”他抬手召喚出一道投影，畫面中顯示著宇宙各處的熵化之種同時甦醒，無數文明在繭化中扭曲成齒輪狀的機械生命體。“初代道侶創造熵之主宰的那一刻，就注定了這個宇宙的結局。”首領冷笑著，將觸手刺入星核裂縫，“而我，將成為新世界的執刀人。”
秦逸的觀測者之力在憤怒中暴走，他的瞳孔徹底變成齒輪形狀，銀針碎片自動組成劍陣攻向首領。但每一道銀芒都被首領吸收，轉化為操控星核的力量。林婉的晶化右手突然不受控制地指向樞機——那里藏著初代道侶的一縷殘魂，正用最後的力量維持平衡。“我來穩住樞機，你去摧毀首領手中的觀測者殘片！”她將因果錨插入地面，調動所有精神力與道侶殘魂共鳴。
金色光芒與星核的紅光激烈踫撞，林婉的意識卻被拉入一段塵封的記憶︰初代道侶在分裂前夕，預見了熵之主宰的失控，于是將觀測者之眼分成七份，藏在宇宙最危險的角落。而齒輪組織首領，正是道侶為防止自己墮落而創造的“制衡者”，卻在漫長歲月中被熵化能量腐蝕。“原來我們的敵人...是道侶親手埋下的隱患！”她在意識中驚呼。
現實中，秦逸與首領的戰斗已進入白熱化。觀測者之力與熵化能量的對沖引發空間崩塌，秦逸的身體開始出現熵化征兆，皮膚表面浮現出黑色紋路。關鍵時刻，望舒的笛聲穿透戰場。少年的基因烙印燃燒成耀眼的藍光，音波化作甦瑤根系的形態，纏住首領的觸手。秦逸抓住機會，將所有銀針碎片刺入首領胸口的觀測者殘片。
隨著一聲巨響，首領的身體轟然炸裂，但他的笑聲仍在虛空中回蕩︰“你們以為贏了？熵核的胎動...已經喚醒了真正的主人！”星核的裂縫在此時徹底撕開，一只巨大的、布滿齒輪紋路的手臂從里面伸出，所過之處，空間被腐蝕成虛無。林婉與秦逸拼盡全力啟動平衡樞機，金色光柱與黑色巨手僵持不下。而在永恆樹的根系深處，甦瑤的殘魂發出嘆息︰“看來，真正的決戰...才剛剛開始。”
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