在封印部分觀測者之力後，秦逸的身體仍不時傳來陣陣刺痛，仿佛有無數細小的齒輪在經脈中轉動。與此同時，宇宙各處開始零星出現微型“暗眸”，這些漂浮在星空中的黑色瞳孔僅有巴掌大小，卻能釋放出令人不寒而栗的壓迫感。被暗眸注視的星球，居民們逐漸變得麻木冷漠，開始遺忘自己存在的意義與珍視的回憶。
望舒的基因烙印在暗眸出現時總會劇烈閃爍，少年蜷縮在穿梭艦角落，痛苦地捂住雙眼︰“好多空洞的眼神...它們在吸走人們心里的光。”林婉的晶化右手與暗眸產生強烈共鳴，《混沌醫典》瘋狂翻動，空白頁滲出帶著寒意的文字︰暗眸窺心，記憶成灰，完整的觀測者之眼方能驅散虛妄。
穿梭艦循著暗眸的能量軌跡，抵達了一片被黑暗籠罩的星域。這里的恆星失去了光芒，行星表面覆蓋著一層鏡面般的物質，反射出無數扭曲的暗眸虛影。秦逸將銀針碎片懸浮在身前，試圖探測暗眸的弱點，卻發現銀芒在接近暗眸時竟化作黑色霧氣︰“這些暗眸的本質是初代道侶被剝離的‘全知執念’碎片，普通攻擊只會增強它們的力量。”
正當他們思索對策時，一艘由齒輪與鎖鏈構成的詭異星艦從虛空中浮現。星艦甲板上，齒輪組織的首領現身，他的手中把玩著一顆跳動的黑色眼球︰“林婉，秦逸，暗眸不過是送給你們的小禮物。當這些碎片匯聚，真正的熵瞳將再次睜開，到那時，整個宇宙都將成為它的囚籠。”
首領話音剛落，無數暗眸從星艦中蜂擁而出，它們的注視讓穿梭艦的系統陷入癱瘓。林婉調動全宇宙醫者的信任之力，因果錨綻放出金色光芒，試圖驅散暗眸。然而，金色光芒在接觸暗眸的瞬間，竟被轉化為操控人心的迷霧，艦內的三人開始陷入各自的幻覺。
林婉看到虹橋醫鏈徹底崩塌，自己淪為全宇宙的罪人；秦逸則再次目睹摯友在熵潮中消散，而他無力回天；望舒置身于無盡的黑暗，再也听不到任何聲音。關鍵時刻，望舒憑借頑強的意志，摸索著吹奏短笛。純淨的笛聲如同一把利刃，刺破了幻覺的迷霧。
秦逸趁機將觀測者之力注入銀針碎片，嘗試與暗眸建立共鳴。在意識與暗眸接觸的剎那，他看到了一段塵封的記憶︰初代道侶在分裂前夕，曾將自己的“全知執念”封印在宇宙各處，以防其被邪惡力量利用。但如今，這些碎片卻被齒輪組織喚醒，成為了毀滅的工具。
“原來如此，要消滅暗眸，就必須用完整的觀測者意識進行淨化！”秦逸大喊。林婉立刻會意，將自己的因果錨與秦逸的銀針碎片相連接，兩人同時調動體內的觀測者之力，形成一道融合了光明與理性的光柱。光柱掃過之處，暗眸紛紛發出刺耳的尖嘯，化作星空中的塵埃。
在戰斗的最後階段，首領見勢不妙，試圖召回所有暗眸碎片。但林婉早有準備，她通過共鳴鏈召集了全宇宙的醫者，眾人的信念之力匯聚成一張巨大的光網，將逃逸的暗眸碎片盡數捕獲。首領在憤怒中化作一團黑霧消失，臨走前留下狠話︰“你們不過是在拖延時間，真正的熵瞳甦醒之日，就是宇宙終結之時！”
戰斗結束後，林婉在清理戰場時，意外發現某個暗眸深處竟藏著秦天明模糊的面容。這個發現讓她心頭一震，意識到這場危機或許與秦天明有著千絲萬縷的聯系。而秦逸則因過度使用觀測者之力，陷入了昏迷。望著星圖上記憶星的方向，林婉握緊了因果錨，她知道，更大的挑戰還在前方等待著他們。
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