宇宙重歸平靜的假象下，暗潮洶涌。星孩沉睡後形成的新宇宙胚胎懸浮在星核之心，散發著柔和卻不穩定的光芒。林婉的晶化右手與胚胎產生共鳴，《混沌醫典》自動翻開，空白書頁浮現警告︰“胚胎尚未完全穩定，任何劇烈能量波動都可能導致崩解。”與此同時，秦逸的銀針檢測到宇宙深處傳來規律的齒輪轉動聲——虛數空間組織的殘余勢力仍在暗處蟄伏。
為守護來之不易的和平，林婉與秦逸聯合各文明代表，在虹橋醫鏈的廢墟上搭建臨時議會大廳。全息投影中，數百個文明的領袖齊聚一堂，卻因利益分歧爭吵不休。“我們不能讓f級基因者參與決策！”一位高等文明的執政官怒拍桌子，“他們的存在就是對秩序的威脅！”話音未落，地面突然震動，望舒摸索著走到大廳中央，他的笛聲化作聲波，將執政官的基因烙印投影在空中——眾人震驚地看到，這位口口聲聲維護秩序的領袖，竟偷偷進行著非法的基因改造實驗。
“夠了！”林婉將因果錨重重插入地面，金色光芒照亮整個大廳，“星孩用生命換來的覺醒，不是讓你們繼續內耗！”她展示從記憶回廊獲取的《基因宣言》，逐條闡述初代道侶對平等的構想。就在討論漸入佳境時，議會大廳的防護罩突然響起刺耳警報，虛數空間組織的標志出現在所有屏幕上。
一個經過變聲處理的聲音回蕩在大廳︰“林醫生，真以為摧毀齒輪裝置就能終結一切？”畫面中，戴著齒輪面具的神秘人坐在由無數星圖構成的王座上，他的腳下是蜷縮的機械生命體，“宇宙需要秩序，而你們所謂的平等，不過是幼稚的幻想。現在，我代表‘時之議會’發出最後通牒︰立即解散所有跨文明組織，交出星孩胚胎，否則...”神秘人揮動手臂，屏幕切換至多個文明星球的實時畫面，隱藏在地下的歸墟炸彈逐一顯現。
會場陷入死寂。一位文明領袖顫抖著開口︰“你們...什麼時候埋下這些炸彈的？”神秘人冷笑︰“從你們誕生的那一刻起，時之議會就注視著一切。星孩的出現是意外，但也讓我們看到了宇宙的脆弱——既然無法掌控，那就徹底摧毀。”他身後的齒輪裝置開始運轉，歸墟炸彈的倒計時同步啟動。
秦逸迅速用銀針解析信號來源，臉色蒼白︰“信號經過至少十七層加密，根本追蹤不到！”林婉握緊因果錨，初代道侶的殘片在錨刃中瘋狂躁動，她感受到一股熟悉又陌生的力量——那是比歸墟更古老、更冰冷的存在。望舒突然抓住她的手腕，少年的基因烙印亮起︰“我...能‘看見’那些炸彈的位置。它們被藏在時空的褶皺里，和星孩胚胎的能量頻率有共鳴。”
在望舒的指引下，林婉與秦逸帶領精英小隊穿梭于各個星球。他們發現，每一枚歸墟炸彈都連接著一個神秘的“時之錨點”，這些錨點由虛數空間組織用初代道侶的禁術制造，一旦引爆，不僅會摧毀星球，還會撕裂時空，引發連鎖反應。在拆除火星的炸彈時，小隊遭遇機械守衛伏擊，這些守衛的攻擊方式融合了林婉與秦逸的戰斗特點，顯然是通過分析他們的基因數據定制而成。
“這樣下去不是辦法！”林婉在戰斗間隙查閱《混沌醫典》，發現對抗時之錨點的關鍵在于“創造與毀滅的平衡”。她調動星孩善體的治愈之力，秦逸則用銀針引動歸墟能量，兩種極端力量在他們手中化作穩定的調和波，成功關閉第一個錨點。但隨著時間推移，他們發現炸彈的啟動程序與星孩胚胎產生了更深的綁定——拆除炸彈，胚胎會加速崩解；保留炸彈，整個宇宙將被炸成碎片。
當最後通牒的倒計時進入最後24小時，神秘人再次現身︰“做出選擇吧，林醫生。是犧牲一個胚胎，還是讓全宇宙為你們的理想陪葬？”他的話語如毒蛇般滲入每個文明的心中，議會大廳里的爭吵聲再次響起，甚至有人提議向時之議會投降。林婉看著手中微微發燙的因果錨，突然想起初代道侶在記憶回廊中的遺言︰“真正的秩序，從不是強加的規則。”她深吸一口氣，做出了一個驚人的決定...
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