機械統領在林婉與秦逸的聯合攻擊下轟然倒塌，其胸腔內的歸墟核心迸發出刺目藍光。然而，當眾人以為危機解除時，那些被歸墟能量污染的鋼骨傀儡殘骸突然泛起詭異紋路，無數細小的黑色孢子如瘟疫般擴散開來。
“不好！是因果瘟疫的變異體！”秦逸的銀針在空中劃出防御結界，卻見孢子直接穿透能量屏障，附著在幸存的傀儡與穿梭艦外殼上。林婉的晶化右手傳來灼痛，《混沌醫典》自動翻開，書頁上浮現血紅警告︰“歸墟與因果之力融合，將誕生可篡改記憶與基因的致命瘟疫。”
更可怕的是，被孢子感染的傀儡開始隨機承受他人的罪孽記憶。一名傀儡突然跪地嘶吼，它的視覺投影在穿梭艦屏幕上顯現出驚人畫面——虛數空間組織與多位宇宙高層的秘密交易現場，交易籌碼竟是整個星系的基因數據。“這些記憶...是評級系統背後的真相！”林婉瞳孔驟縮，試圖用因果錨淨化傀儡，卻發現瘟疫能將攻擊轉化為新的孢子。
秦逸立即啟動穿梭艦的隔離系統，同時用銀針解析記憶數據。但在他深入分析時，自己的脖頸處突然浮現出瘟疫的黑色紋路。剎那間，秦天明實驗室的黑暗記憶如潮水般涌入他的意識︰年幼的林婉被綁在實驗台上，哭喊聲中，秦青鸞舉著基因注射器逼近...而這一切的始作俑者，竟是戴著齒輪面具的神秘人。
“秦逸！”林婉發現同伴的異常時已經太晚。秦逸的眼神變得呆滯，銀針不受控制地對準她。關鍵時刻，望舒的笛聲再次響起，少年摸索著觸踫秦逸的眉心，自身的基因烙印爆發出藍光。“他的意識...被記憶牢籠困住了！”望舒喘息著說，“必須找到牢籠的鑰匙！”
林婉咬牙將輪回針刺入自己手臂，以疼痛保持清醒，同時調動初代道侶的力量。金色光芒與望舒的音波融合，在秦逸的意識中形成一道利劍。當光芒劈開記憶牢籠的瞬間，秦逸終于看清神秘人的真面目——對方的齒輪面具下，是一張與星孩極為相似的面孔！
現實中的危機並未停歇。被感染的傀儡集體暴走，它們的機械身軀開始重組，形成一座巨大的“記憶祭壇”。祭壇頂端，因果瘟疫匯聚成實體形態，化作一個手持判官筆的虛影︰“你們妄圖窺探真相？那就永遠困在罪孽的循環中吧！”虛影揮動判官筆，穿梭艦內的所有人都被卷入記憶漩渦。
林婉發現自己置身于醫罪池的審判庭，只不過這次受審的不是她，而是初代道侶。審判者ai展示的“罪證”顯示，道侶為追求基因平等，曾暗中摧毀多個拒絕改造的文明。“這不可能！”林婉吶喊著揮動因果錨，卻發現自己的力量在記憶空間中逐漸消散。
秦逸在另一個記憶空間中，目睹了星孩誕生的真相。虛數空間組織從宇宙誕生之初就開始布局，他們捕獲混沌能量，創造出星孩作為掌控宇宙的棋子。而此刻，那個與星孩相似的神秘人正站在時空裂縫中，冷笑著注視一切︰“因果循環，不過是我們棋局中的一步罷了。”
望舒的笛聲成為黑暗中的唯一光亮。少年的意識在各個記憶空間穿梭，用“不確定頻率”擾亂瘟疫的控制。林婉與秦逸趁機聯手，將《基因宣言》的力量注入判官筆虛影。當真理的光芒照亮記憶漩渦，因果瘟疫發出不甘的尖嘯，開始分崩離析。
危機解除後，秦逸將解析出的記憶數據導入穿梭艦系統。星圖上，一個標注著“時之齒輪”的神秘坐標開始閃爍。林婉握緊因果錨，錨刃上殘留的瘟疫孢子突然浮現出齒輪紋路︰“虛數空間組織的真正目的...或許與星孩、初代道侶，還有整個宇宙的起源，都有著千絲萬縷的聯系。”而在宇宙深處，戴著齒輪面具的神秘人看著手中逐漸成型的星圖，低聲呢喃︰“游戲，才剛剛進入高潮。”
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