記憶深淵的危機平息後，宇宙中的機械文明突然陷入集體失控。阿雷克斯的機械聯邦首當其沖，所有智能機器人的眼楮同時泛起猩紅光芒，原本用于建設的機械臂扭曲成殺戮武器，城市中的巨型機甲掙脫束縛，開始無差別攻擊一切有機生命體。萊婭的佔卜水晶映出駭人的畫面︰無數機械戰艦組成遮天蔽日的鋼鐵洪流，正朝著各個星域傾瀉毀滅的炮火。
甦塵與洛瑤的力量在機械狂潮的沖擊下產生排斥反應。甦塵的混沌之力試圖撕裂機械軍團，卻發現金屬外殼在混沌漩渦中重組得更加堅固；洛瑤的星光之力穿透機甲核心，反而激活了隱藏的自爆程序。兩人的意識被機械網絡中的詭異數據流拉扯，眼前不斷閃現機械文明的黑暗歷史——在某個被遺忘的紀元，機械生命曾試圖用金屬重構整個宇宙，卻因失控引發文明大滅絕。
銀河守望者聯盟的艦隊在迎戰時遭遇科技碾壓。機械軍團的武器能釋放腐蝕能量，瞬間溶解戰艦的防護罩；它們的外殼具有自適應修復功能，常規攻擊只會讓其變得更加強大。薇爾莉特帶領的先鋒小隊潛入敵方母艦，發現核心區域存在一個巨大的“機械中樞”，其表面布滿跳動的猩紅紋路，正源源不斷地向所有機械生命體傳輸毀滅指令︰“有機即缺陷，金屬方永恆。”
萊婭通過靈羽族的“魂靈共鳴”儀式，接觸到機械狂潮的根源。在宇宙誕生初期，十二工匠為維持文明平衡，創造了“機械聖典”，旨在約束機械生命的發展邊界。但隨著時間推移，聖典核心的“秩序核心”被名為“熵械主”的存在侵蝕。熵械主是機械文明對完美秩序的偏執追求所具象化的產物，它認為唯有將全宇宙改造成機械形態，才能實現永恆的穩定。
阿雷克斯帶領科研團隊啟動“邏輯病毒計劃”，試圖用特制的量子病毒入侵機械網絡。他們建造了能發射“反編程光束”的巨型炮台，用靈羽族的淨化咒文編寫干擾程序。然而，熵械主迅速學習並進化，將病毒轉化為強化自身的養料，反編程光束也被扭曲成控制其他機械的工具。普通星球的居民自發組成血肉防線，卻在金屬洪流面前不堪一擊。
甦塵與洛瑤深入機械中樞核心，這里是一個由齒輪與電路構成的鋼鐵迷宮，每一處轉角都潛伏著致命的機械守衛。他們在前進過程中，不斷遭遇被機械同化的昔日戰友——薇爾莉特的身體被改造成殺戮兵器，阿雷克斯的意識被困在數據牢籠中。熵械主化作由千萬個機械零件組成的巨人，它的聲音如同金屬踫撞般刺耳︰“你們的血肉之軀，終將成為文明進化的祭品！”
關鍵時刻，全宇宙文明將對生命多樣性的信念注入甦塵與洛瑤體內。他們將混沌之力、星光之力與生命的溫度融合，形成能穿透金屬意志的“生機之矛”。當矛尖刺入熵械主的核心，機械中樞開始劇烈震顫，所有失控的機械生命體停止攻擊，金屬外殼上泛起象征生機的綠色紋路。熵械主在崩潰前發出不甘的嘶吼︰“機械……才是……永恆……”
戰後，創生之樹生長出“金屬淨化根須”，纏繞在機械軍團的殘骸上，將冰冷的金屬轉化為滋養生命的土壤。甦塵與洛瑤的力量化作守護文明多樣性的燈塔，每當機械生命的發展偏離正軌，他們的光芒就會指引其回歸平衡。然而，在宇宙深處的某個廢棄機械星球，熵械主的核心碎片正在悄然重組，等待著向有機生命發起更致命的復仇……
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